Развивая свою теорию, Дарвин указывает, что все эти явления могли возникнуть благодаря эволюционизму и естественным способам перемещения. И в поддержку общего положения, что каждый новый вид возникает только однажды, он разворачивает детальное обсуждение того, могли или не могли организмы перемещаться по земному шару, и если могли, то как, а заодно размышляет о таких явлениях, как последствия ледникового периода. Как и следовало ожидать, географическому распространению организмов на Галапагосских островах Дарвин уделил особое внимание, убедительно доказав, что эволюционизм, и только он, может дать удовлетворительный анализ этого явления. «Нам становится ясно, почему все обитатели архипелага, хотя и различаются на разных островах в видовом отношении, но тесно связаны между собой и связаны, но в меньшей степени, с обитателями ближайшего материка или другого места, откуда могли произойти иммигранты» (с. 409).
Предпоследняя глава – «Взаимное родство организмов; морфология; эмбриология; рудиментарные органы» – это всякая всячина под одним заголовком. Естественная система здесь трактуется как функция механизма общего происхождения. Да и морфологические проблемы тоже решаются в том же духе. Взять хотя бы классическую гомологию между рукой человека, лапой крота, ногой лошади, плавником бурого дельфина и крылом летучей мыши. Сославшись на Оуэна в поддержку своей позиции, Дарвин заявляет, что эта проблема слишком неподъемна для учения о конечных причинах (с. 435; Оуэн вряд ли бы принял это решение Дарвина!). Но она легко объяснима с помощью теории происхождения, особенно с учетом модификаций, вызываемых естественным отбором. То же верно и для существующих серийных гомологий. Как я говорил выше, относительно теории черепа позвоночных животных Дарвин встал на сторону Гексли (с. 438). Однако если исходить из того, что организмы – пусть даже посредством достаточно бесполезных гомологий между отдельными частями тела – указывают на метаморфозу, исходной точкой которой была более примитивная, повторяющаяся структура, то это как раз свидетельствует в пользу трансмутации. Вопрос серийной гомологии – это обоюдоострый меч. Он критичен для позиции Оуэна, но если его использовать на практике, не критичен для позиции Дарвина. Поэтому он пользуется им, где это уместно, но при этом считает себя вправе указывать, что у моллюсков повторяемость и серийная гомология очень мала (с. 438; разумеется, будь серийная гомология универсальна, она бы в теории Дарвина воспринималась как аномалия).
Возвращаясь к эмбриологии, Дарвин заявляет, что различия между зародышами и взрослыми особями легко объяснимы с позиции естественного отбора, которым они и обусловлены (с. 439–450). А новые признаки, утверждает он, различимы только у взрослых особей, поскольку зародыши различных видов, в отличие от взрослых особей, не подвержены давлению естественного отбора, и именно поэтому зародыши какого-либо вида, представленного самыми разнообразными взрослыми особями, часто очень схожи между собой. Отбор разделяет только взрослых особей, не затрагивая зародыши. Дарвин подтверждает этот довод многочисленными ссылками на явления из мира домашних животных, указывая при этом, что из его объяснений должно быть ясно, почему ключом к классификации является именно эмбриология. Классификация имеет свое конечное обоснование в родословной, где организмы классифицируются в зависимости от того, насколько они близки к линии своего происхождения. Но зародыши современных форм сохраняют тенденцию ничем не отличаться от зародышей анцестральных (предковых) форм; следовательно, два ныне существующих организма с похожими эмбрионами имеют, вероятно, общих предков, хотя взрослые формы сильно отличаются (с. 449). Таким образом, именно Дарвин оказался в состоянии предложить теоретическое обоснование той методологии, которую так превозносил Гексли.
Более того, допустив, что только взрослых особей эволюция наделяет дополнительными признаками, не затрагивая при этом зародыши, мы получаем вполне резонное обоснование того, почему зародыши нынешних видов так напоминают взрослых предков. Благодаря онтогенезу древняя форма остается неизменной; изменяется лишь ныне существующая взрослая особь. Тем самым подтверждается параллелизм Агасси, хотя Дарвин, никогда не забывавший о Гексли, осторожно добавляет, что он лишь надеется, что «когда-нибудь истинность этого закона будет доказана» (с. 449). Но Дарвин не был трансцендентальным рекапитулянтом. Как эмбриолог он был последователем Фон Бэра, а как палеонтолог был близок к позиции Оуэна.