В этих случаях речь скорее всего шла о вирусных инфекциях верхних дыхательных путей. Однако в 1799 году клиническая картина выглядела более грозно. Наряду с сильным кашлем он жаловался на боль в груди, которая при кашле или глубоком дыхании усиливалась. В связи с этим первый консул Бонапарт посетил своего доверенного врача профессора Корвизара, который смог избавить его от этих жалоб, однако мы не знаем о примененных им методах лечения. Протокол вскрытия, при котором было обнаружено левостороннее сращение обеих долей плевры, свидетельствующее о перенесенном плеврите, не оставляет сомнения в природе этого заболевании. Мы даже можем с уверенностью предположить, что этот плеврит 1799 года имел туберкулезное происхождение, поскольку при вскрытии наряду с описанными выше спайками плевры был обнаружен более ранний по времени туберкулезный процесс верхней доли левого легкого, выразившийся в туберкулах и ряде изменений кавернозного характера. В 1803 году этот туберкулезный процесс, по-видимому, протекал в открытой форме, поскольку в этот период имело место кровохаркание, причину которого Корвизар усмотрел в застойных явлениях в легких. Первый консул был молод, сердце его было здорово, и предположить у него наличие застойного легкого было бы совершенно неправдоподобно. С другой стороны, наличие туберкулезного очага в верхней доле легкого говорит о том, что выхаркиваемая пациентом кровь могла быть только из каверны. Судя по всему, туберкулез легких в дальнейшем протекал необычайно благоприятно, поскольку, несмотря на все перегрузки во время военных походов, у Наполеона больше никогда не возникало подобных жалоб. Предположение о том, что между 1799 и 1803 годами у Наполеона был туберкулез легких в открытой форме, носит отнюдь не спекулятивный характер. Ведь известно, что на рубеже XVIII и XIX веков более 90 % всех молодых людей еще до достижения восемнадцатого года жизни успевали переболеть туберкулезом, который врачи того времени, как правило, идентифицировали как неспецифический воспалительный процесс в верхних дыхательных путях. Поэтому, говоря о Наполеоне, можно почти с полной уверенностью исходить из того, что и он в молодости не избежал туберкулезной инфекции, тем более, что этому благоприятствовала его конституция («тощий как жердь»). Повторная вспышка туберкулезного процесса во взрослые годы представляла собой, как это почти всегда бывает, не результат повторного инфицирования, а реактивацию старого очага при ослаблении защитных сил организма.
На боль в желудке Наполеон впервые пожаловался во время египетской кампании. В 1970 году Поль Ильман в своем подробном исследовании «Pathologie de Napoleon» («Патологии Наполеона») в качестве причины этих жалоб указывает язву желудка, которая, как известно, часто встречалась в семье Бонапарт. Доказательством этого предположения может служить тот бесспорный факт, что Наполеон, начиная с 1802 года, постоянно жаловался на боли в желудке, которые немедленно проходили после приема пищи. Поэтому рядом с его постелью всегда находился столик с закусками, предназначенными для снятия ночных приступов. Ильман отваживается даже предположить, что в 1802 году у Наполеона произошла перфорация, то есть прободение желудка в области малой кривизны, однако никакие факты в доказательство этого утверждения не приводятся. Совершенно недопустимым представляется истолкование типичного движения руки Наполеона как попытки облегчить боли в желудке, прижимая к нему ладонь, уже в тот период, когда он был первым консулом. Ильман имеет в виду левую руку, хотя на большинстве портретов Наполеона такое положение занимает правая рука, что с учетом расположения пуговиц на мужской одежде представляется более достоверным.
Предметом дискуссии стал также вопрос о том, не привела ли, уже начиная с 1802 года, «каллёзная язва» к сужению выхода из желудка за счет образования соединительной ткани, то есть к стенозу выше привратника, обнаруженному при вскрытии. В подтверждение этого тезиса приводится высказывание Наполеона о том, что он никогда не переедал и очень точно аил свою «дозу» при питье, ибо ему было известно, что желудок сразу вернет назад лишнее.
Сколь дисциплинирован он был в этом, столь же неразумно относился к темпу еды. Он не только принимал пищу в очень горячем виде, но и слишком быстро заглатывал ее, не успев как следует разжевать. В 1808 году в ответ на жалобу Наполеона на сильные боли в желудке Корвизар объяснил это вредными привычками в еде. Несомненно, однако, что язва была не единственной причиной его жалоб на желудок, о чем мы можем узнать из сообщения доктора Ивана генералу де Сегюру: «Конституцию императора можно охарактеризовать как чрезвычайно нервную. На эмоциональные перегрузки он реагировал спазмами желудка и мочевого пузыря».