Через девяносто лет после Халкидонского собора монофизиты стали подвергаться преследованиям. Имперское правительство постепенно прекратило преследования несторианцев, поскольку ведущие члены этого сообщества перебрались за границы империи в Персию, и обратило все свои ресурсы против монофизитов, которые в Египте и Палестине выступали в открытой оппозиции. Около 540 г. монофизитская церковь оказалась в чрезвычайно опасном положении: александрийский патриарх был пленником в Византии, где ему не позволялось посвящать в духовный сан епископов. Создалось впечатление, что, когда оставшиеся епископы умрут, епископский порядок исчезнет, и монофизиты прекратят свое существование как церковь, несмотря на то что у них было много сторонников в Египте и Сирии. Однако монофизитству отдавала предпочтение императрица Феодора. Судя по всему, его поддерживали – это был фактор политики, – чтобы не позволить монофизитам прибегнуть к экстренным мерам. В 548 г. глава племени Бану Гассан, жившего на сирийской границе, прибыв в Византию по своим делам и воспользовавшись случаем, обратился к императрице с просьбой посвятить в сан епископа монофизитов для арабских племен, которые не желают следовать государственной церкви. Феодора устроила так – и правительство наверняка было в курсе ее плана, но не вмешивалось, – чтобы ссыльный александрийский патриарх посвятил в сан двух епископов. Феодор должен был стать епископом Боеры и взять под свое крыло арабские племена, а Яков – епископом Эдессы, где уже был епископ, принадлежавший к государственной церкви. Яков должен был посвящать в сан священнослужителей всех монофизитских сообществ, где их не было. Яков никогда не выполнял епископские функции в Эдессе, но в течение тридцати лет, до самой своей смерти в 578 г., путешествовал по Палестине, Сирии и Малой Азии, организуя монофизитские церкви, посвящая в сан священников, если это было необходимо. На первых порах ему помогали епископы Армении, которые в тот период были монофизитами. Эти путешествия часто бывали чрезвычайно рискованными, и он подвергал свою жизнь нешуточному риску. Его усилия увенчались успехом. Благодаря им монофизитская церковь реорганизовалась и приобрела иерархию. Правда, ее епископам, по крайней мере на византийской территории, приходилось выполнять свои функции тайно. Яков Барадей – Яков в «лошадином чепраке», как его часто называли, – был настоящим основателем монофизитской церкви в том виде, в каком она существует по сей день. Поэтому церковь нередко называют яковитской.
Наиболее сильны яковиты были в Египте, где, несмотря на суровые меры государства, основные силы церкви оставались монофизитскими. Но монофизиты были сильны также в Сирии и Малой Азии, да и все арабы сирийских пограничных территорий были их приверженцами. Довольно скоро они перешли через границу на персидскую территорию, где Тагрит был строго монофизитским. Они сделали монастырь Мар-Маттаи, расположенный севернее, за Мосулом, своим штабом. Там же находилась резиденция митрополита, епископа Тагрита, позже названного мафрианом. Из Мар-Маттаи и Тагрита миссионеры отправлялись во всех направлениях. Это было нетрудно, потому что несторианская церковь в 497–540 гг. пришла в упадок. Ее раздирали противоборствующие фракции, поддерживавшие соперничавших претендентов на престол Селевкии, и, когда Мараба провел свои реформы, уже было слишком поздно пытаться лишить яковитов положения, которое они заняли. Несторианцы обратились к персидскому царю, и в течение некоторого времени велась совершенно неуместная борьба при персидском дворе, в которой обе христианские секты пытались привлечь на свою сторону как можно больше сторонников. Теоретически положение несторианцев было более прочным, благодаря полученным ими привилегиям. Но в придворных интригах теоретические привилегии значат немного в сравнении с сильной и искушенной личностью, каковую яковиты получили в лице Гавриила из Шиггара, который был придворным врачом Хосрова II (596–628) и имел большое влияние на царя и его министров.
Шиггар, расположенный к югу от Нисибиса, родина Гавриила, всегда был монофизитским регионом, как Тагрит, и успел прославиться развитием науки, в первую очередь медицины. Со времен Гавриила он сделался еще известнее. Нам известен целый ряд яковитских ученых и врачей, которые стали достойными соперниками несторианских ученых.