В 1920–1921 гг. – начальник оперативного штаба Грозненской, Терской ЧК, начальник агентуры Особого отдела Владикавказской ЧК, с января 1922 г. – начальник агентуры и начальник оперативного штаба по борьбе с бандитизмом Пятигорской ЧК. Непосредственно руководил уничтожением повстанческих («бело-зелёных») группировок «Союза трудовых крестьян». С февраля 1922 г. – зам. председателя Рыбинской губернской ЧК, затем врио начальника Рыбинского губернского отдела ГПУ, с мая по октябрь 1922 г. – начальник Контрразведывательного отдела Полномочного представительства ГПУ при НКВД по Приволжскому военному округу. С октября 1922 г. по март 1924 г. – начальник Секретно-оперативной части, зам. начальника Кубано-Черноморского областного отдела ГПУ. Затем, до января 1926 г., последовательно исполнял обязанности начальника Амурского губотдела ГПУ, заместителя начальника и начальника Приморского губотдела ОГПУ, участвовал в ликвидации банд хунхузов. В марте 1926 г. был назначен начальником Таганрогского окружного отдела ОГПУ. В декабре 1927 г. Президиум ЦИК СССР постановил наградить орденами Красного Знамени 32 старых работников ВЧК – ОГПУ. В их числе ордена удостоился и Бухбанд.
Но таганрогский период службы Бухбанда закончился громким скандалом, даже получившим в истории органов НКВД название «Дело Бухбанда».
В течение 1927 г. в партийные и советские органы Юго-Восточной области РСФСР поступали многочисленные жалобы трудящихся города Таганрога (центра Таганрогского округа) на то, что городская верхушка ведет разгульную, пьяную жизнь, получая из лимитов продукты и товары сверх всякой меры. Неожиданно за расследование жалоб рьяно взялся глава окружного отдела ОГПУ Я. А. Бухбанд, который арестовал руководящих хозяйственных работников, судей, прокуроров и начальника уголовного розыска Розенберга. Пострадавшее руководство города начало жаловаться на Бухбанда в Центральную контрольную комиссию ВКП(б): обвиняли в пьянстве (в том числе в участии в тех самых пьянках, за которые он арестовал своих коллег), в садизме, сведении личных счетов и доведении ряда лиц до самоубийства. Окружная контрольная комиссия установила, что пьянки среди группы руководящих работников таганрогской организации в период 1926 г. и первой половины 1927 г. имели место. Всего в них участвовали 8 человек, включая Бухбанда и Розенберга. Бухбанд не отрицал неоднократные выпивки с Розенбергом, заявляя при этом, что считал его, по приезде в Таганрог, хорошим товарищем, а когда убедился, что Розенберг «зашёл далеко», порвал с ним и завёл на него уголовное дело. Розенберг, узнав, что на него заведены два дела одновременно – и по линии ОГПУ, и по линии контрольной комиссии, застрелился. Вторым самоубийцей был агроном Голубь. Его, как бывшего офицера, следователь вербовал в секретные осведомители, Голубь обещал дать ответ на следующий день, но, приехав домой, покончил жизнь самоубийством. Бухбанд утверждал, что не участвовал в допросах Голубя. Третьей жертвой стал комендант Таганрогского отдела ОГПУ Тоша, основной функцией которого было приведение приговоров в исполнение. По материалам комиссии, Тоша «имел половую связь с женой арестованного, о чём Бухбанд узнал… из поданного женой Тоша заявления, вызвал Тоша и в резкой форме вёл с ним разговор, разоружил, но не арестовал, сам же ушёл на митинг, где должен был выступать по случаю смерти т. Дзержинского. Тоша, взяв обманным образом маузер у жены Бухбанда якобы для Бухбанда, придя в свою комнату, застрелился. Товарищи, работавшие с ним, характеризуют Тоша как человека сильно психически расстроенного (больного), одно время находящегося на излечении в доме умалишенных». Таким образом, по мнению комиссии, к трём самоубийствам Бухбанд не имел отношения.
Обвинения Бухбанда в садизме комиссия объясняла его излишней нервозностью и торопливостью. Один из сотрудников ГПУ показал, что Бухбанд «любил участвовать в исполнении смертных приговоров». Сам же Бухбанд пояснял, что участвовал в исполнении приговоров лишь тогда, когда надо было показать пример «новичкам», присылаемым для работы с курсов ГПУ. Рассматривался также вопрос о том, что Таганрогское ГПУ регулярно расстреливало людей под окнами тюрьмы для того, чтобы подследственные были сговорчивей на допросах. Это контрольная комиссия объясняла тем, что «сарай, в котором приводились приговора в исполнение, находился в этом же дворе недалеко от камер заключенных, так что выстрелы, возможно, были слышны… несмотря на то, что при этом заводили автомашину». Другой сотрудник сообщил комиссии, что «имеющиеся сводки секретной агентуры мы Бухбанду не всегда докладывали из боязни, что он сейчас же даст распоряжение дело форсировать, и в результате получить провал. По этому делу мы докладывали тогда, когда видели, что дело совершенно ясное, вполне оформившееся».