Однако история возникновения Москвы уходит в более далёкие времена. Исследования археологов позволяют заключить, что в Московском крае шел интенсивный рост сельских поселений еще до ХII века. Возникали они и на территории современной Москвы. Так, археологами подтверждено существование поселений около Сретенских ворот (Кузнецкая слобода), около Петровских ворот (Высокое), в верховьях правого берега реки Неглинной (Сущово) и др. На территории будущего Кремля также существовало поселение. По мнению историков (И.Е. Забелина и М.Н. Тихомирова) в устье Яузы находилось древнее поселение, которое можно соотнести с селом боярина Кучки, который, согласно преданиям, являлся владельцем этих земель. Это подтверждает Ипатьевская летопись, в которой под 1176 г. Москва упомянута с пояснительной запиской, что ранее это место называлось Кучково. Именно князь Юрий Долгорукий дал этому населённому пункту название Москва, построил здесь город и стал его основателем. Юрий Долгорукий был младшим сыном великого князя Киевского Владимира Мономаха, от которого получил в надел земли Ростово-Суздальского княжества. К началу его правления в Ростово-Суздальском княжестве (1108 г.) современная территория Московской области была разделена между Новгородом Великим (северо-запад), Ростово-Суздальским княжеством (северо-восток), Муромским княжеством (юго-восток), Черниговским княжеством (юг) и Смоленским княжеством (запад). Благодаря решительным действиям к 1135 г. Юрию Долгорукому удалось закрепиться на территории среднего течения реки Москвы. В 1146 г. он вмешался в междоусобную борьбу Черниговских князей на стороне князя Новгород-Северского Святослава Ольговича. Последний, при поддержке Ростово-Суздальского князя, совершил поход в верховья Протвы и Москвы-реки. Это позволило закрепить западное Подмосковье за Ростово-Суздальским княжеством. В целях укрепления завоеванных земель Юрий Долгорукий построил ряд новых крепостей: Лобынск в верховьях реки Рожай (современное село Любучаны), Неринск на реке Наре (современный посёлок Пролетарский) и Москву.
Первое упоминание в летописях о Москве как раз и связано со временем междоусобной войны в Черниговском княжестве. Согласно Ипатьевской летописи, Юрий Долгорукий пригласил Новгород-Северского князя на встречу: «Приди ко мне, брате, в Москов». Встреча состоялась 4 апреля 1147 г.
Таким образом, датой основания Москвы считается 1147 г. Как упоминалось ранее, поселения на территории Москвы существовали задолго до возведения крепости. О сравнительно больших размерах поселения к 1147 г. говорит и тот факт, что Москва смогла принять трёх князей (Юрия Владимировича, Святослава Ольговича и Владимира Святославича, князя рязанского) с дружинами.
Согласно легенде, записанной в «Повести о начале Москвы», Юрий Долгорукий, возвращаясь из Киева во Владимир, остановился в землях, принадлежащих боярину Кучке Ивановичу. Боярин, не оказавший князю достойного приёма, был казнён, а на месте его владений Юрий Долгорукий распорядился основать город Москву. Исторически достоверных фактов о существовании боярина Кучки не имеется. Однако известно, что в 1174 г. в убийстве сына Юрия Долгорукого, Андрея Боголюбского, принимали участие дети боярина Кучки (Кучковичи) и его зять Пётр. Все это говорит о том, что в основе легенды о боярине Кучке имеются некоторые достоверные сведения.
Древнерусские летописи однозначно называют основателем Москвы Юрия Долгорукого. Необходимость строительства крепости объяснялась не только попыткой закрепиться на новых землях. Москва защищала Ростово-Суздальское княжество от походов соседних князей, с которыми Юрий Долгорукий имел вооружённые конфликты, обострившиеся после предъявления им прав на Киевский престол. Новая крепость находилась на кратчайшем пути из Северо-восточной Руси в Киев и Чернигов и стала местом остановки войск Владимиро-Суздальских князей в частых походах на соседей и в Южную Русь. В Тверской летописи упоминается, что в 1156 г. Юрий Долгорукий заложил город Москву в устье Неглинной: «Того же лета князь великий Юрий Володимировичь заложил град Москву, на устни же Неглинны, выше реки Аузы». Историк Б.М. Тюльпаков видит в поселении в устье Яузы податной центр Кучково, который существовал еще с 30-х гг. XII в., то есть со времени господства смоленских князей в районе реки Москвы. По мнению Тюльпакова, здесь Юрий Долгорукий и принимал Святослава Ольговича, а в 1156 г. начал строительство новой крепости на Боровицком холме.
Таким образом, изначально Москва являлась приграничной крепостью, площадь которой не превышала 3–3,5 га. Крепость была деревянной, имела не менее трёх оборонительных стен и не более двух проездных ворот. Со стороны мыса Боровицкого холма крепость была защищена оборонительным валом. Постройка Москвы – характерный этап в распаде Древнерусского государства на удельные княжества и формировании новых территорий и границ.