Любовь Марии к изображениям животных отражает то обстоятельство, что в своем одиночестве она обращалась за утешением к домашним питомцам. Вскоре после переезда в Шеффилд Лодж она попросила своего посла в Париже связаться с ее дядей, кардиналом Лотарингским, который удалился в Лион. «Я уверена, что он пришлет мне пару милых маленьких собачек, а Вы купите для меня еще несколько штук, потому что кроме чтения и вышивания я нахожу радость только во всех маленьких животных, которых мне удается получить. Вы должны прислать их в корзинах и держать в тепле». Когда собак доставили, Мария призналась: «Я очень люблю маленьких собак, но боюсь, что они вырастут довольно большими».
Любовь Марии к животным также стала инструментом ее дипломатии. Кастельно, знавший ее еще с юности, в 1575 г. был назначен французским послом в Лондоне. Он написал Марии через несколько месяцев после прибытия — просил помощи в поиске английских охотничьих собак. «Я сразу же попросила графа Шрусбери помочь мне, — ответила Мария. — Он дал мне трех спаниелей и двух других собак, выразив уверенность, что они хороши». Когда Кастельно собаки были уже не нужны, Мария послала их своим кузенам из семьи Гизов, в качестве подарка для Генриха III, нового короля Франции, который в 1574 г. в возрасте двадцати двух лет унаследовал престол от своего болезненного брата, Карла IX, после того, как год пробыл избранным королем Польши. Единственное, о чем жалела Мария, — что она сама не может посмотреть собак в деле. «Ведь я пленница, и могу лишь оценить их красоту, поскольку мне не разрешено ездить на лошади или охотиться», — жаловалась она.
В Шеффилде Мария решила завести птичник. Она привыкла к экзотическим птицам при дворе Генриха II и начала с того, что обратилась к своему представителю в Париже найти для нее родительские пары горлицы и барбарийской утки. «Я хочу, — писала она, — проверить, смогу ли я вырастить их в этой стране, поскольку Ваш брат говорил мне, что когда жил с Вами, ему это удалось… Я получу огромное удовольствие, если они будут жить у меня в клетках, подобно мелким птицам, которые у меня уже есть. Это займет время пленницы».
Мария часто возвращалась мыслями во Францию. Несмотря на то что ее письма вскрывали, она писала чиновникам французского посольства в Лондоне, своему дяде кардиналу Лотарингскому, герцогу и герцогине Немур, а также — хотя и реже — пятерым кузенам, детям ее убитого дяди, герцога де Гиза. Поначалу она не знала, что ее письма перехватывают и направляют для проверки или расшифровки агентам нового главного секретаря Елизаветы, сэра Фрэнсиса Уолсингема. Сорокачетырехлетний секретарь пользовался покровительством Сесила еще со времен учебы в Кембридже. Уолсингем был самым твердолобым идеологом при дворе Елизаветы, убежденным кальвинистом, который при любой возможности восхвалял Реформацию. Сесил рекомендовал его Елизавете на должность главного секретаря в декабре 1573 г. Около пяти лет молодой человек работал на него в качестве специалиста по разведке и руководителя шпионской сети. Письма Марии аккуратно вскрывали, копировали, а затем отправляли адресатам — с неповрежденными печатями.
Мария была потрясена и испугана реакцией на ее письма. На многие из них она даже не получала ответа. Даже от ее тети Анны, герцогини Немур, вдовы ее убитого дяди, которая всегда с сочувствием относилась к Марии, но и ее письма постепенно иссякли. К середине 1570-х гг. семья Гизов утратила былое могущество; их оттеснили соперники, наследники и преемники коннетабля Монморанси и его давнего союзника Антуана де Бурбона. Влияние кардинала Лотарингского практически сошло на нет. Он и кузен Марии, Генрих, герцог де Гиз, покинули Париж и удалились в Жуанвиль и Медон.
В декабре 1574 г. в Авиньоне в возрасте пятидесяти лет умер кардинал Лотарингский, и оборвалась главная ниточка, связывающая Марию с Францией. Печальное известие пришло к ней в феврале, через месяц после того, как она написала дяде длинное письмо, уговаривая его не бросать попыток вернуть благосклонность Екатерины Медичи. Мария была очень расстроена. «Сначала я не могла сдержать чувств или остановить потоки слез, — писала она, — но мои долгие несчастья приучили меня надеяться на утешение всех горестей в лучшей жизни».
В живых оставался только один из ее дядей, Клод, и Мария понимала, что судьба семьи перешла в руки нового поколения. Она стала печальной и подавленной, сильно горевала из-за утраты. Мария боялась, что кузенов не интересует ни ее судьба, ни ее дело, которое они, по всей видимости, считали проигранным. Екатерина, по-прежнему сохранившая влияние на короля, оставалась ее врагом. Такой же далекой и бесполезной была патриарх семьи, Антуанетта де Бурбон, некогда ангел-хранитель Марии, а теперь испытывавшая горькое разочарование бабушка, продолжавшая винить внучку в опрометчивых браках, и втором, и третьем.