Мария сначала обдумала идеи, которые изложила в роковом для себя ответе. Потом записала некоторые мысли и села за стол в своем кабинете, чтобы обсудить их с двумя секретарями. Старшим из них был Клод Но, брат хирурга, который своим искусством спас ей жизнь после прободения язвы желудка в Джедборо. Он делал заметки, а потом составил черновик письма Бабингтону на французском языке. Затем перевел на английский. В данном случае «аутентичная» окончательная версия ответа была на английском, а не на французском. Причина заключалась в том, что шифр, которым пользовался Бабингтон, был основан на английском языке. Оригинальный французский черновик Но не сохранился, но в любом случае Уолсингему требовался не он, а тот текст, который отправили Бабингтону. Тем не менее это было зашифрованное послание, а не документ, написанный рукой Марии.
Мария закончила письмо поздно вечером 17 июля, а отправила ранним утром следующего дня. Его быстро извлекли из пивного бочонка и доставили для расшифровки к агенту Уолсингема. Расшифрованный текст на английском — важная улика, которая будет предъявлена во время суда над Марией, — отправили Уолсингему 19 июля. Чтобы подчеркнуть его важность, дешифровщик, не чуждый черного юмора, нарисовал на внешней стороне листа виселицу.
Прочитав письмо Марии, Уолсингем сразу же понял, что это гораздо более серьезная улика, чем ее предыдущее послание к зарубежным сторонникам перед Северным восстанием. Там она ограничилась общими фразами и намеками. Здесь выражалась открыто:
После того, как все будет готово, и силы собраны как за пределами, так и внутри королевства, отправьте шестерых джентльменов выполнять их работу, приказав, чтобы, как только они исполнят свой план, меня немедленно увезли из этого места, а все Ваши силы одновременно выступили, чтобы присоединиться ко мне в ожидании иностранной помощи, которая должна прибыть как можно скорее.
Смысл этого фрагмента абсолютно ясен. Мария соглашалась на убийство Елизаветы и иностранное вторжение. Формально она не указала, что за «работу» должны выполнить шесть джентльменов, но в письме Бабингтона, на которое отвечала королева, имелась недвусмысленная фраза: «Для устранения узурпатора, от подчинения которой нас освободило отлучение ее от церкви, шесть благородных джентльменов, моих близких друзей, ради католической веры и дабы оказать услугу Вашему Величеству, совершат эту трагическую казнь».
Если сопоставить оба письма, соучастие Марии в заговоре становится неопровержимым. На суде она заявляла, что все улики против нее косвенные. Она требовала, чтобы учитывались только сказанное и написанное ей самой, настаивая, что в ее словах и письмах нет ни согласия на убийство, ни подстрекательства к нему. Она не соглашалась, чтобы два письма рассматривались вместе.
Это стало основой ее защиты и одновременно источником обвинений в подделке. Большие сомнения вызывал постскриптум, который главный дешифровщик Уолсингема добавил к «аутентичной» окончательной версии письма, прежде чем спрятать его в коробочку в пивном бочонке для последующей передачи Бабингтону. Вся теория заговора основывалась именно на нескольких строчках примечания — на этом основании дешифровщика обвиняли в «фабрикации» основной части письма с намерением сделать Марию соучастницей заговора с целью убийства. Однако не существует никаких доказательств того, что текст самого письма был изменен, и поэтому постскриптум — явная и наглая подделка, которой Филипс хвастался, о чем осталась его запись в архивах — не использовался против Марии. На самом деле это был неуклюжий тактический ход: попытка заставить Бабингтона раскрыть «имена и звания» упомянутых «шести джентльменов», а также их сообщников, чтобы Сесил и Уолсингем могли арестовать всех. Хитрость не сработала — у Бабингтона возникли подозрения, и он бежал. Десять дней спустя его поймали в амбаре; он коротко остриг волосы и испачкал лицо, чтобы его приняли за батрака.
Уолсингем не торопился предать заговорщиков суду. Его главной добычей была Мария, которую перевезли в дом сэра Уолтера Астона в Тиксолле, приблизительно в трех милях от Чартли. Цель этой уловки — разлучить ее с секретарями и захватить все документы и шифры, прежде чем она узнает, что Бабингтон и его сообщники пойманы и приговорены к смерти. Мария пребывала в необычно приподнятом настроении. Когда Паулет пригласил ее участвовать в охоте на оленя в близлежащем парке, принадлежавшем сэру Уолтеру, она с радостью воспользовалась этой возможностью. Боль в ногах уменьшилась, и Мария смогла сесть верхом на лошадь — последний раз в жизни.