Делегация ушла ни с чем, и Сесил решил сменить тактику. Весь следующий день он пытался убедить Марию переменить мнение, направив к ней более многочисленную делегацию, которая несколько раз приходила в ее покои. Утром Мария повторила свои возражения. «Я королева, — сказала она, — а не подданная… Если я предстану перед судом, то предам достоинство и величие королей, и это будет равносильно признанию, что я должна подчиниться законам Англии, даже в том, что касается религии. Я готова ответить на все вопросы, если меня будут расспрашивать перед свободным парламентом, а не перед членами этой комиссии, которых, вне всякого сомнения, тщательно отбирали и которые, вероятно, уже осудили меня, не выслушав». Мария посоветовала им подумать о том, что они делают. «Обратитесь к своей совести, — сказала она, — и вспомните, что мир не ограничивается королевством Англия».
Услышав эти слова, Сесил (которого Бургойн называет «неистовым человеком») резко перебил ее. Он напомнил о доброте, проявленной к ней Елизаветой, а затем сообщил, что юристы считают возможным для комиссии вынести вердикт и в отсутствие Марии. «Будете ли Вы отвечать, — спросил он, — или нет? Если Вы откажетесь, то члены комиссии продолжат порученное им дело». — «Я королева», — мгновенно парировала Мария. Но у Сесила был готов ответ: «В этом королевстве, моя госпожа, есть только одна королева». Несколько минут он развивал эту мысль, но Мария проигнорировала его.
Делегация вернулась во второй половине дня, и сэр Кристофер Хаттон взял более примирительный тон. Он сказал, что при таких обвинениях, которые предъявляют ей, королевское звание не защищает от необходимости ответа, и хитро прибавил: «Если Вы невиновны, то лишь погубите свою репутацию, избегая суда». Мария ответила, что не отказывается отвечать. Она не предстанет перед членами комиссии, но готова ответить перед всем парламентом, если ее протест против законности суда будет принят, а ее права признаны — как ближайшей родственницы Елизаветы и наследницы английского трона.
Сесил решил, что с него довольно. Комиссия, заявил он, «начнет рассматривать дело завтра, даже если Вы будете отсутствовать, упорствуя в неповиновении суду». — «Вспомните о своей чести! — воскликнула Мария. — Господь воздаст Вам за Ваше предубеждение против меня».
Однако на следующее утро ее одолели сомнения. Она боялась предстать в качестве ответчика на открытом судебном заседании, но в то же время не сомневалась, что в ее отсутствие члены комиссии признают ее виновной в заговоре с целью убийства Елизаветы. Рано утром в пятницу Мария потребовала пригласить новую, расширенную делегацию. Среди пришедших был Уолсингем, которого она видела впервые. После некоторых уступок, сделанных обеими сторонами, Сесил спросил, явится ли она на суд, если ее официальный протест будет принят и письменно подтвержден членами комиссии. Мария с неохотой согласилась. Она так сильно желает очистить себя от выдвинутых обвинений, что принимает его условия.
В начале десятого утра члены комиссии заняли свои места в зале суда, где вскоре появилась Мария в черном бархатном платье и белом батистовом чепце, к которому была прикреплена длинная белая вуаль из полупрозрачного газа. Когда она медленно, но решительно вошла в зал, присутствующие в знак уважения сняли шляпы. Она любезно поприветствовала всех собравшихся, заняла предназначенное для нее место и принялась с интересом разглядывать зал, пытаясь понять, кого включили в состав комиссии и кто из них может быть на ее стороне.
Когда все расселись, Мария подала официальный протест, после чего слово взял адвокат обвинения. Он изложил, как сказано в официальном протоколе, «историю» заговора Бабингтона, а затем объявил, что Мария знала о заговоре, одобряла его, дала на него свое согласие, обещала помощь и «предложила пути и способы его осуществления».
Одно из возражений Марии против легитимности суда состояло в том, что его процедура соответствовала процедуре дел о государственной измене. Ей не полагался адвокат, она не могла вызывать свидетелей, вести записи и использовать документы для своей защиты. Несмотря на эти строгие ограничения, смещавшие баланс явно не в ее пользу, она была готова защитить себя. Мария все решительно отрицала. Клерк, который вел записи, был явно впечатлен, отмечая ее «непоколебимую отвагу».