После того как Мария удалилась, Сесил объявил перерыв в заседаниях на десять дней. Он получил письмо от Елизаветы с приказом отложить приговор, даже если Марию признают виновной. Елизавета стремилась избежать поспешности. Членам комиссии было предписано собраться 25 октября в «Звездной палате» Вестминстера. Там были подробно рассмотрены все свидетельства, а секретари Марии принесли клятву, что их письменные признания подлинны. Затем секретарей допросили члены комиссии, чтобы проверить их показания. Марию признали виновной — в ее отсутствие.
Теперь Сесил настаивал, что в соответствии с Актом о безопасности королевы следует обнародовать вердикт, чтобы можно было издать указ о казни Марии. Но Елизавета остановила его. Сесил и Уолсингем составили черновик указа, но ничего не произошло. 29 октября должен был собраться парламент — бурная сессия была гарантирована. Дебаты сразу же сосредоточились вокруг приговора Марии, и множество ораторов произнесли заранее подготовленные речи с ее осуждением. Старые обвинения в прелюбодеянии с Босуэллом и убийстве Дарнли соседствовали с новыми. Марию демонизировали в обличительных речах, использовавших лексику библейского фундаментализма.
Парламент, побуждаемый Сесилом и Уолсингемом, открыто обратился к Елизавете с просьбой казнить Марию. Но за кулисами шла серьезная битва. Елизавета была готова прислушаться к просьбе, но настаивала, чтобы действия против ее кузины основывались на договоре об Ассоциации. Она предпочитала, чтобы Марию тайно убили частные лица из тех, кто поддерживает договор, тогда как Сесил хотел, чтобы Елизавета подписала указ, рассчитывая утвердить публичную казнь как средство совершения цареубийства. На кону было будущее божественного права монархии на Британских островах. Если Марию убьет гражданин, подписавший договор, он будет действовать в частном порядке, тогда как официальная казнь, санкционированная Елизаветой согласно Акту о безопасности королевы, оправдает цареубийство как судебный прецедент и передаст парламенту часть прерогатив монарха.
Елизавета попросила Сесила удостовериться, что петиция парламента содержит ссылку на договор об Ассоциации. Сесил солгал. Он ответил, что подобное изменение формулировки невозможно из-за недостатка времени. На самом деле формулировка, которую требовала Елизавета, была в первом черновике петиции, но Сесил лично вычеркнул ее. В результате ситуация зашла в тупик. Ответ Елизаветы на просьбу парламента о казни был неопределенным. «Если скажу, что не удовлетворю Вашу просьбу, это, возможно, будет не совсем точным выражением моих мыслей, а сказав, что я это сделаю, я, возможно, поставлю под угрозу то, что Вы стараетесь сохранить». Она сама назвала это «ответ без ответа».
Сесил решил действовать самостоятельно. Он хотел во что бы то ни стало настоять на своем. 4 декабря был оглашен обвинительный приговор Марии. Елизавета дала согласие, руководствуясь своими соображениями. Год назад она настаивала на внесении своих формулировок в Акт о безопасности королевы. Согласно акту, после обнародования вердикта против заговорщика призванный виновным человек «на основании упомянутого Акта и указания Ее Величества» должен быть выслежен и убит. Но в окончательном варианте, одобренном Елизаветой, в королевском указе необходимости не было. Те, кто подписал договор об ассоциации,
Когда Елизавете посоветовали вдвое увеличить количество телохранителей, она уступила. 1 февраля она вызвала секретаря и приказала принести указ о казни Марии. Потом попросила перо и чернила и подписала документ. И даже пошутила насчет Уолсингема, который был болен и не выходил из дома. «Сообщите ему, — сказала она, — потому что „горе“ будет таким сильным, что может убить его!»