Елизавета прекрасно понимала сложившуюся ситуацию. Она знала, что убийство королевской особы, одобренное законодательным актом парламента, изменит будущее монархии на Британских островах. Правитель станет в большей степени подотчетен парламенту, навсегда утратив «божественность, венчающую короля». Но это почти не беспокоило Сесила, который почти двадцать лет добивался казни Марии, что гарантировало бы передачу трона протестантам.
Мария заболела и слегла. Когда Паулет явился, чтобы конфисковать ее наличные деньги, она обрушилась на него и его хозяев. Последовала душераздирающая сцена — Мария отказалась отдавать ключи от шкафа, но Паулет приказал взломать дверь. Тогда Мария уступила и попросила камеристок отдать ключ. Когда люди Паулета забирали деньги, Мария встала с кровати и «не надев шлепанцев или туфель, последовала за ними, с трудом дотащившись до шкафа». Какое-то время она пыталась разжалобить их, но сердце Паулета было сделано из камня.
Тем временем в Виндзорском замке ежедневно собирался Тайный совет. Елизавета требовала наказания Марии, но отвергала все предложения. Сесил писал Уолсингему, который болел и не покидал своего дома в Лондоне: «Мы по-прежнему много спорим, но решения не держатся долго, переменчивые как погода… и, таким образом, мы еще далеки от согласия о переводе королевы Шотландии в подходящее место, где может быть выслушано ее дело и она сама». Елизавета отвергла Тауэр как слишком близкий к Лондону. Затем все согласились на замок Хартфорд, но на следующий день Елизавета передумала.
В конечном счете выбор пал на замок Фотерингей. После смерти Генриха VIII его использовали в основном как тюрьму, однако он поддерживался в приличном состоянии. Замок находился не слишком далеко от Лондона — но и не слишком близко. Расстояние от Стаффордшира тоже было небольшим, что уменьшало риск побега Марии при переезде.
Мария выехала из Чартли в Фотерингей 21 сентября. Она выглядела гораздо старше своих сорока трех лет. Ревматизм у нее обострился, отеки ног усилились, и поэтому двигаться пришлось медленно — потребовалось целых четыре дня, чтобы добраться до пункта назначения. Сломленная физически, Мария настаивала на поддержании «величия», насколько это было возможно. Даже в таком бедственном положении, когда у нее не было денег заплатить за необходимое, не говоря уже о роскоши, для перевозки багажа Марии потребовалось около двадцати мулов и повозок.
Сесил тщательно готовился к суду. Его люди старались предусмотреть каждую мелочь: измерили помещения, реквизировали мебель, составили план рассадки участников судебных слушаний. Кроме того, были сделаны необходимые запасы продуктов и топлива, приготовлены столовые и спальни. В соответствии с Актом о безопасности королевы Марию должна была судить комиссия, состоящая не менее чем из двадцати пяти аристократов и членов Тайного совета, с советниками и помощниками из числа судей общего права. В данном случае комиссия состояла из сорока человек, но семь или восемь из них не пришли. К великому неудовольствию Елизаветы, они не явились на вызов под предлогом болезни. Они тоже не хотели участвовать в цареубийстве.
Для судебных заседаний выбрали приемную в старых королевских апартаментах на втором этаже; помещение длиной 61 фут и шириной 21 фут было разделено на две неравные части барьером высотой по пояс. Большая часть помещения перед барьером служила залом суда. У дальней стены на помосте установили кресло под балдахином, украшенным гербом Англии. Кресло, символизировавшее трон Елизаветы, оставалось пустым на протяжении всех слушаний. Вдоль трех остальных сторон отгороженной части располагались скамьи для аристократов и членов Тайного совета, а в центре — стол и скамьи для судей, адвокатов и нотариусов. Обтянутое красным бархатом кресло с высокой спинкой, предназначенное для Марии, установили чуть в стороне, за главными судьями, перед аристократами, сидевшими справа от трона, если смотреть из центра зала. Другая, меньшая часть помещения была выделена под стоячие места для рыцарей и джентльменов графства, которым разрешили наблюдать за судебными заседаниями.
Большинство членов комиссии собрались в Фотерингее во вторник, 11 октября, а Сесил прибыл рано утром на следующий день. С самого начала он принял руководство, отправив маленькую делегацию в покои Марии. Они передали шотландской королеве письмо от Елизаветы, в котором сообщалось, что ее предадут суду. Прочтя письмо, Мария категорически отказалась предстать перед комиссией. «Я единовластная королева и не буду делать ничего, что может нанести ущерб моему королевскому Величеству, всем прочим государям моего положения и ранга или моему сыну». Она была спокойной и сосредоточенной, говорила медленно, но уверенно. «Я пока еще не ослабела умом, — заявила она, — и не склонюсь под тяжестью моих несчастий».