1894 г., он женился на купеческой дочери и по ее совету принял духовный сан. Сначала его рукоположили в дьяконы, а затем в священники, назначив в бесприходную церковь Всех Святых при полтавском кладбище. Здесь молодой священник проявил истинный талант проповедника, старался в меру своих сил и возможностей помогать нуждающимся, бесплатно совершал требы для бедных и неимущих.
В 1894 г. жена Гапона внезапно умерла, после чего он решил поступить в Санкт-Петербургскую духовную академию при Александро-Невской лавре. Но академию он так и не закончил, покинув ее в 1899 г. Вместо учебы Гапон начал участвовать в благотворительных миссиях среди рабочих и читать проповеди в церкви Милующей Божьей Матери, что в Галерной гавани на Васильевском острове. В 1890 г. его назначили настоятелем приюта Святой Ольги и священником приюта Синего Креста. При этом благотворительную работу среди петербургских рабочих он не бросил, приобретя в рабочей среде огромную популярность и уважение. Отстаивая их интересы, он часто говорил: «До царя дойду, а своего добьюсь!».
В конце 1902 г. Гапон познакомился с начальником Особого отдела Департамента полиции С. В. Зубатовым. Тот его привлек к работе по созданию в Петербурге легальной рабочей организации, негласно подконтрольной полиции. В Москве, Минске и Одессе такие организации Зубатовым уже были созданы. Поддерживая мысль о необходимости создания рабочих организаций, Гапон возражал против ее реализации в зубатовском варианте. Он считал, что связь с полицией такие организации дискредитирует, и их надо создавать по образцу английских профсоюзов.
Из-за ссоры с министром внутренних дел В. К. Плеве летом 1903 г. С. В. Зубатова отправили в отставку, и он уехал в Москву. После этого Гапон приступил к переформатированию созданной Зубатовым в Петербурге рабочей организации. В представленном Министерству внутренних дел докладе он подчеркивал, что рабочая организация не должна быть подотчетна полиции, а являть собой пример рабочей самодеятельности, основанной на понимании необходимости реализации собственных интересов.
Деятельность Гапона в этом направлении в целом была одобрена, после чего П. Н. Дурново (товарищ министра) подписал подготовленный устав «Собрания русских фабрично-заводских рабочих г. Санкт-Петербурга». Контроль над организацией по этому уставу полностью отходил к Гапону. Назначенный вскоре начальником петербургского охранного отделения А. В. Герасимов по этому поводу позднее писал («На лезвии с террористами»): «Поставленный руководителем политической полиции на такое ответственное место Гапон почти с самого начала был предоставлен самому себе, без опытного руководителя и контролёра… О контроле полиции за деятельностью общества давно уже не было и речи. Это было обычное общество с настоящими рабочими во главе».
Став во главе Собрания, Гапон начал активную работу по объединению рабочих, чтобы поднять их на борьбу за свои экономические и политические права. Всестороннюю поддержку новой организации оказывал петербургский градоначальник генерал-адъютант И. А. Фуллон. К концу 1904 г. в Петербурге действовало уже 11 отделений Собрания. На собраниях рабочих начала активно проводиться мысль о необходимости подачи петиций про их нужды и требования. При этом подчеркивалось, что экономические требования следует увязывать с политическими.
В декабре 1904 г. мастер Тетявкин уволил четырех рабочих, являвшихся членами Собрания. Это происшествие было рассмотрено в Нарвском отделении Собрания и по результатам бурного обсуждения признано незаконным. Гапон заявил, что Собрание непременно должно вступиться за своих членов. Решили послать делегации к директору завода С. И. Смирнову, фабричному инспектору С. П. Чижову и петербургскому градоначальнику И. А. Фуллону. Им предъявлялось требование восстановить уволенных рабочих и уволить мастера Тетявкина. В противном случае было обещано объявить забастовку сначала только на Путиловском заводе, а затем, если потребуется, и на других предприятиях Петербурга.
Рабочим отказали в их требовании, и 3 января 1905 г. Путиловский завод остановился. Одновременно со стороны Собрания был подготовлен довольно широкий перечень экономических требований, дополнительно к первоначальным требованиям. Одним из требований являлось, например, установление 8-часового рабочего дня. На состоявшемся у министра финансов графа В. Н. Коковцева 4 января совещании эти требования признали невыполнимыми, после чего забастовали другие предприятия столицы.
Гапон попытался попасть на прием к министру внутренних дел генерал-адъютанту князю П. Д. Святополк-Мирскому, но тот отказался его принять. Тогда он решил обратиться прямо к Николаю II. Но обратиться не просто лично, а так, чтобы петицию царю вручила пришедшая к дворцу масса рабочих.