Верфи во дворе здания Адмиралтейства работали до 1844 г., после чего строительство кораблей на них окончательно остановили. Всего здесь построили 78 линейных кораблей, 39 фрегатов и более 100 других кораблей и судов. Но сами эллинги и прочие дворовые постройки убрали только к 1870 г. После этого территорию верфей застроили гражданскими зданиями, а вдоль берега Невы проложили улицу и устроили набережную. Полноценным хозяином Адмиралтейства стали Главный морской штаб и Морское министерство с подчиненными ему структурами (Гидрографическое управление и пр.).
Находившийся в здании Адмиралтейства Адмиралтейский совет, роль которого была принижена еще в царствование Александра I, к этому времени окончательно превратился в прибежище престарелых, мало дееспособных адмиралов. По петербургским светским салонам ходил печально остроумный ответ князя А. С. Меншикова Николаю Павловичу. Когда император спросил у него, почему так часто умирают члены Адмиралтейского совета, князь ответил: «О! Ваше величество, они давно уже умерли, а в это время их только хоронили!».
В 1836 г. Морское министерство объединили с Главным морским штабом, и просуществовало оно в таком виде до 1855 г. После де Траверсе четвертым по счету морским министром стал вице-адмирал А. В. фон Моллер 2-й, а пятым — адмирал князь А. С. Меншиков (правнук светлейшего князя А. Д. Меншикова).
А в период с 1853 по 1905 г. флотом и вовсе руководили генерал-адмиралы — великие князья Константин Николаевич, второй сын Николая I (1855–1881 гг.), и Алексей Александрович, четвертый сын Александра II (1881–1905 гг.). Морское министерство находилось у великих князей в подчинении, а руководил им так называемый управляющий Морским министерством.
При Константине Николаевиче была проведена коренная модернизация российского флота, который из парусного стал броненосным паровым. При нем же произошло значительное сокращение численности береговых команд, учреждены специальные минные и артиллерийские классы, срок службы сокращен с 25 до 10 лет, отменены телесные наказания.
Будучи человеком либеральных взглядов, князь являлся председателем Комитета по освобождению крестьян от крепостной зависимости, участвовал в разработке судебной реформы Александра II, выступал за уничтожение в армии телесных наказаний. Между прочим, именно по инициативе Константина Николаевича Россия продала САСШ Аляску.
При Алексее Александровиче введен морской ценз, согласно которому звания присваивались в первую очередь по выслуге, а не по способностям, было построено много броненосцев и крейсеров, качество которых далеко не всегда отвечало требованиям времени, устроены Севастопольский и Порт-Артурский порты и т. д. После разгрома русского флота под Цусимой он подал в отставку, а общественное мнение посчитало князя одним из главных виновников поражения России в войне с Японией.
Надо сказать, что это мнение во многом было обосновано. Алексей Александрович больше времени уделял светской жизни, нежели флоту, а флотом распоряжались управляющие министерством. Это признавали даже многие члены императорской семьи. Так, например, его двоюродный брат великий князь Алексей Михайлович в своих мемуарах написал о нем: «Светский человек с головы до ног, lе Beau Brummeir, которого баловали женщины, Алексей Александрович много путешествовал. Одна мысль о возможности провести год вдали от Парижа заставила бы его подать в отставку Но он состоял на государственной службе и занимал должность не более не менее, как адмирала Российского Императорского флота. Трудно было себе представить более скромные познания, которые были по морским делам у этого адмирала могущественной державы. Одно только упоминание о современных преобразованиях в военном флоте вызывало болезненную гримасу на его красивом лице. <…> Это беззаботное существование было омрачено, однако, трагедией: несмотря на все признаки приближающейся войны с Японией, генерал-адмирал продолжал свои празднества и, проснувшись в одно прекрасное утро, узнал, что наш флот потерпел позорное поражение в битве с современными дредноутами Микадо. После этого Великий Князь подал в отставку и вскоре скончался» (Алексей Михайлович, вел. кн. Книга воспоминаний. Париж, 1933).
С 1860 по 1884 г. в структуре управления военно-морскими силами России был упразднен даже Главный морской штаб. Генерал-адмиралы являлись главными начальниками флота, а на управляющего возлагалось заведование главным образом хозяйственной частью. В состав министерства в это время входили канцелярия, инспекторский, кораблестроительный, комиссариатский и гидрографический департаменты, кораблестроительный, технический и морской ученый комитеты, артиллерийское, строительное и медицинское управления.
Управляющими Морского министерства в период с 1855 по 1905 г. последовательно являлись: