Большую часть главного фасада занимали различные управления Морского ведомства. Интерьеры их помещений до наших дней не дошли, впрочем, особого интереса они и не представляли. Организованное в 1802 г. Морское министерство, после значительного сокращения объемов кораблестроения на адмиралтейских верфях, вообще стало основным хозяином здания. А первым морским министром Александр I назначил графа Н. С. Мордвинова.
Граф — сын адмирала С. И. Мордвинова и еще мальчиком был определен отцом на службу во флот. Три года он совершенствовался в искусстве кораблевождения в Англии. Первым кораблем, поступившим под его начало в 1781 г., стал линейный корабль «Георгий Победоносец». Во время Русско-турецкой войны 1787–1791 гг. в чине контр-адмирала Мордвинов командовал Лиманской флотилией, осаждавшей с моря крепость Очаков.
Назначенный Александром I военно-морским министром, он пробыл на этом посту всего три месяца. Затем, в разное время, Мордвинов являлся предводителем Московского ополчения, членом Государственного совета, председателем департамента государственной экономии, председателем департамента гражданских и духовных дел Госсовета, членом Финансового комитета и Комитета министров. Будучи членом Верховного уголовного суда, он стал единственным, кто отказался подписать декабристам смертный приговор. В 1823 г. Мордвинова избрали председателем Вольного экономического общества, которое он возглавлял до самой своей смерти в 1840 г.
С. И. Мордвинова на посту военно-морского министра сменил адмирал П. В. Чичагов. Он приходился сыном адмиралу В. Я. Чичагову, известному мореплавателю. В 1779 г., в возрасте 22 лет, юноша поступил на военную службу в чине сержанта. Спустя три года, уже в чине поручика, он в качестве адъютанта собственного отца, возглавившего Средиземноморскую эскадру, ушел в плавание. В 1788 г. он уже капитан 2-го ранга и командир корабля «Ростислав». Участвовал в Ревельском и Выборгском морских сражениях и в сражении при Эланде.
Будучи назначен Александром I военно-морским министром, Чичагов не нашел общего языка с большинством командного состава флота и подал прошение об отставке. Это прошение в 1811 г. удовлетворено. В 1812 г., во время войны с Наполеоном, император назначил бывшего министра командующим Дунайской армией. Его задачей было воспрепятствовать переправе отступавших французов через Березину. Однако эту задачу не выполнили, и французская армия смогла уйти от преследования российских войск.
Данное обстоятельство было поставлено П. В. Чичагову в вину. Он стал предметом насмешек и даже обвинений в измене. В Петербурге появилось множество язвительных шуток и эпиграмм, а И. А. Крылов написал даже басню «Квартет». Под мартышкой в этой басне выведен именно Чичагов. Не вынеся этого, он подал прошение о бессрочном заграничном отпуске для лечения и остаток жизни провел в Италии и Франции. В 1849 г. он умер в Париже.
Ну а адмирала П. В. Чичагова на посту военно-морского министра сменил уже знакомый нам маркиз Ж. Б. де Траверсе.
Западное крыло Адмиралтейства вновь заняло основанное в 1798 г. Училище корабельной архитектуры (с 1898 г. — Морское инженерное училище императора Николая I). Устроенная в этом крыле лестница вела к церкви Святого Спиридона Тримифунтского. История появления этой церкви, занимающей помещение в юго-западной части второго этажа Адмиралтейства, на месте запланированной А. Д. Захаровым второй парадной лестницы, довольно интересна.
В 1821 г. обер-прокурор Святейшего Синода князь А. Н. Голицын обратился к военно-морскому министру с просьбой выделить помещение для устройства временной церкви в связи с начавшейся разборкой ринальдиевского здания церкви Исаакия Далматского. К разборке пришлось приступить из-за значительных повреждений кое-как достроенного при Павле I храма. Предназначенные для него материалы изъяли на возведение Михайловского (Инженерного) замка, и наполовину готовая церковь наскоро достраивалась плохим кирпичом и не по оригинальному проекту архитектора А. Ринальди.
По этому поводу в городе ходила едкая эпиграмма, за которую, говорят, автора били кнутом и сослали в Сибирь:
В 1814 г. причт церкви Исаакия Далматского был вынужден совершать богослужения в церкви Сената. В 1818 г. к аварийной церкви сделали пристройку. Некоторое время богослужения проводились в ней. Но поскольку уже приняли решение о строительстве нового собора и начата разборка ринальдиевской церкви, службы в пристройке продолжались недолго. Престол, иконостас и церковную утварь временно передали на хранение в Никольский Морской собор, а для оставшегося вновь бездомным причта стали искать новое место для совершения богослужений. Вот тогда-то князь А. Н. Голицын и обратился к морскому министру.