В конечном итоге, в 1806–1823 гг. вместо старого здания «второго Адмиралтейства» по проекту А. Д. Захарова возвели новое, величественное здание «третьего Адмиралтейства», которое получило высокую оценку у современников. В 1826 г., например, появилась статья будущего конференц-секретаря Академии художеств В. И. Григоровича «О состоянии художеств в России», в которой говорилось следующее: «Главное Адмиралтейство в С.-Петербурге — здание огромнейшее и, можно сказать, единственное по чистоте архитектуры, согласию частей, соразмерности во всем и изящному стилю… Захаров утвердил вкус чистый, нынешним художникам остается идти прямым путем».
При его постройке максимально полно сохранили и использовали старые здания Адмиралтейства. Новое здание, как и предыдущее, состоит из двух, как бы вложенных друг в друга «П»-образных корпусов. Между ними проходил канал, засыпанный во второй половине XIX в. Во внешнем, парадном корпусе размещались административные учреждения флота. Длина его главного фасада составляет 407 м, а боковых крыльев — по 163 м. Во внутреннем корпусе были производственные мастерские. Во дворе находилось пять доков.
В центре главного фасада основного корпуса, на месте старой («коробовской») башни, по проекту А. Д. Захарова была сооружена новая высокая башня с часами. Точнее говоря, новую башню возвели вокруг старой, которая оказалась как бы в футляре. Расстояние между старой башней и стенами новой башни составляет 1–2 м.
Установленные в 1815 г. часы имели три циферблата, обращенные на запад, на восток и на юг. Они были белого цвета, и на этом фоне хорошо выделялись синие цифры и стрелки. Четвертый циферблат (со стороны Невы) опять не установили, оставив вместо него окно, хотя его тоже изготовили. Захаров планировал их украсить воинской гарнитурой — изображениями шлемов, кольчуг и лат. Некоему титулярному советнику Стоцкому даже выплатили 100 руб. за изготовление шаблонов, но на этом все и закончилось.
Нижнюю часть башни прорезает арка ворот, а среднюю часть окружает строгая колоннада. Как и раньше, башню завершает высокий шпиль с флюгером-корабликом. На позолоту 65-кило-граммового кораблика ушло 2 кг золота. Высота башни со шпилем осталась прежней — 72 м (высота самого шпиля — 23 м). Фонарь под шпилем использовался в качестве наблюдательного поста для дежурного пожарного.
Все здание Адмиралтейства, а особенно его центральная башня, было богато украшено работами выдающихся русских скульпторов — Ф. Ф. Щедрина, С. С. Пименова, В. И. Демут-Мали-новского, И. И. Теребенева, А. А. Анисимова и др. Всего установили 56 выполненных ими скульптур.
На фасаде нижнего яруса главной башни, над въездной аркой, видны летящие гении Славы со скрещенными знаменами. Выше, на аттике, расположен горельеф (скульптор И. И. Теребенев). Он изображает Нептуна, вручающего Петру I символ власти над морем — трезубец. Рядом с царем стоит богиня мудрости Минерва, которая смотрит на строящих корабли нимф и тритонов.
Этот горельеф является аллегорическим изображением на тему «Заведение флота в России».
По углам парапета нижнего яруса башни установили высеченные из пудожского камня фигуры античных героев — Ахиллеса, Александра Македонского, Пирра и Аякса (скульптор Ф. Ф. Щедрин).
Средний ярус части башни окружен колоннадой ионического ордера. По верху средний ярус также украсили скульптурами, изготовленными из пудостского камня. Их 28 — по числу колонн. Эти скульптуры изображают четыре стихии (огонь, землю, воду и ветер), четыре времени года, четыре направления ветра (четыре стороны света) и двух богинь — Изиду (покровительницу кораблестроения) и Уранию (покровительницу астрономии). Каждая фигура повторена дважды (скульпторы С. С. Пименов, B. И. Демут-Малиновский и А. А. Анисимов).
Перед центральной башней, по обеим сторонам въездной арки, на кубических постаментах установили скульптурные группы нимф, поддерживающих земную и небесную сферы (скульптор Ф. Ф. Щедрин). Эти группы символизируют древнюю богиню Гекату, которая имела три облика — воды, земли и неба.
Перед боковыми портиками главного фасада на гранитных постаментах поставили скульптуры, аллегорически изображавшие великие русские реки — Неву и Днепр (скульптор