В связи с этим обращением император распорядился, чтобы средства на устройство церкви выделялись из средств, отпущенных на возведение нового Исаакиевского собора. Внутреннее убранство должно было быть благолепным, но без излишеств. Проектные работы поручили О. Монферрану. Представленный им проект понравился Александру I, и он распорядился церковь сделать постоянной.
Церемонию освящения выстроенного храма провел 12 декабря, в день Святого Спиридона, наместник Александро-Невской лавры архимандрит Товий (Моисеев). Церковь во имя Святого Спиридона Тримифийского (с октября 1858 г. — Санкт-Петербургский Адмиралтейский, во имя Святого Спиридона Тримифийского собор) распоряжением императора была приписана к Морскому ведомству. Дальнейшие богослужения причта еще строившегося Исаакиевского собора стали совершаться в приделе Святого Исаакия Далматского (до освящения Исаакиевского собора в мае 1858 г.). Местоположение церкви в здании Адмиралтейства отмечено на фронтоне крестом на державе, изготовленным по рисунку И. К. Риглера, и двумя большими иконами у входа.
Церковь (затем — собор) представляла собой двухсветный трехнефный зал с 26 колоннами ионического ордера, поддерживающими хоры. Он вмещал 6 тысяч человек. С восточной стороны, по центру, располагались главный алтарь и деревянный, украшенный позолотой иконостас. Иконостас включал в себя иконы Спасителя, Божьей Матери, преподобного Исаакия Далматского, святого Спиридона Тримифунтского, архангела Гавриила и архистратига Михаила. Из дерева были сделаны и резные позолоченные царские врата. Над алтарем располагался написанный на холсте образ Распятия Христа.
Алтарь придела Исаакия Далматского отделяла от главного алтаря простая тканевая завеса. Здесь иконостас также был резной деревянный позолоченный.
В церкви, в особом ковчеге с серебряной крышкой, хранился деревянный крест с частичками ризы Святого Спиридона, креста, на котором распяли Христа и частичками мощей святых Константина и Елены. Ковчег стоял под написанным на доске образом Константина и Елены, заключенным в серебряный оклад. А в 1860 г. с острова Корфу великий князь Константин Николаевич привез бархатную туфлю Святого Спиридона. До этого она была на ноге мощей святого, хранимых на острове. Князь привез также подушку, на которой покоилась голова святого.
В церкви хранились также четыре старинных Евангелия (1703, 1735, 1745 и 1771 гг.), изготовленное в 1755 г. серебряное кадило и старинный потир с дискосом, древняя икона Знамения Божьей Матери в массивном серебряном окладе, написанная в 1776 г. икона Ахтырской Божьей Матери в позолоченном окладе, старинная икона Покрова Богоматери, образ Николая Чудотворца и пр. В память спасения генерал-адмирала великого князя Константина Николаевича от руки террориста в Польше художник Ф. Г. Солнцев для храма в 1862 г. написал образ Спасителя. Для него ювелиры Ф. А. Верховцев и Ф. Бутц изготовили серебряный оклад, украшенный бриллиантами. Этот образ был вставлен в богатый киот на металлической подставке. Первым настоятелем храма стал протоиерей А. Дьяконов.
Помещение закрытого в 1920 г. собора сохранилось до наших дней. Его церковный интерьер, разумеется, уничтожен, поскольку помещение сначала передали морскому музею, а через некоторое время в нем устроили актовый зал перебравшегося в здание Адмиралтейства Высшего военно-морского инженерного училища.
История Адмиралтейства после 1825 г.
После завершения строительства «третьего Адмиралтейства» в его истории произошло еще множество самых разных событий.
Этот период начался для здания Адмиралтейства с утрат. Уже в 1830-х гг. сбили фриз на главном фасаде. Вместо него пробили окна третьего этажа, ранее предназначавшегося для хранения архивов. На этом изменения в скульптурном убранстве здания не прекратились.
В 1850-х гг. медными копиями заменили 28 оригинальных скульптур из пудостского камня на центральной башне, которые к этому времени сильно обветшали. А чуть позже, в 1860-х гг. сняли и скульптуры, изображавшие Европу, Азию, Африку и Америку. Убрали и скульптуры, аллегорически изображавшие великие русские реки. Вместо них на постаментах позднее были установлены якоря.
Все эти скульптуры, к сожалению, были утрачены. Изготовленные из мягкого пудостского камня, они существенно пострадали от петербургского климата и, с согласия Александра II, вместо требовавшейся реставрации были разбиты. Их обломки и металлические крепления продали в качестве строительного камня всего за 24 руб. 35 коп.