Данные условия в целом способствовали развитию негативных явлений как на микро-, так и макроуровнях. Например, существенное повышение доли прибыли, оставляемой в распоряжении предприятий, подталкивало их руководство под давлением коллективов на сворачивание инвестиционных программ, направление средств в фонды экономического стимулирования, главным образом на повышение заработной платы. Рост прибыли предприятий при условии сокращения капиталовложений обеспечивался за счет повсеместного завышения цен на продукцию, отказа предприятий от производства низкорентабельной продукции. Подобное положение способствовало ухудшению макроэкономических показателей. На фоне устойчивого роста занятых в промышленном производстве работников происходило «проедание» ресурсов предприятий, что вело к замедлению общих темпов развития производства, нарастанию инфляционных явлений. Развитию инфляции, пока еще в подавленном виде, способствовало и сохранение системы государственных субсидий, несмотря на решительные попытки перевода предприятий в режим самофинансирования.
Еще одним негативным последствием реформы стал рост криминализации экономики, не в последнюю очередь связанный с предоставленной руководству предприятий возможностью самостоятельного использования его средств при одновременном ослаблении системы централизованного контроля за их расходованием. Средства предприятий, а также часть государственных средств «перекачивались» в кооперативные структуры, создававшиеся при государственных предприятиях. Эффект от этой финансовой схемы получали члены кооператива, а предприятие и государство лишались значительной части средств.
Преобразования, коснувшиеся сельскохозяйственных предприятий, сводились к перестройке системы управления, расширению самостоятельности колхозов и совхозов, внедрению арендных договоров, т. е. предоставлению крестьянским семьям права арендовать угодья на длительный срок и распоряжаться произведенной продукцией. Как и в промышленности, преобразования в аграрном секторе в целом не способствовали развитию заинтересованности в эффективном ведении хозяйства. Совхозы и колхозы находились под опекой вновь созданной управленческой суперструктуры – Государственного агропромышленного комитета, в то время как крестьяне-арендаторы ощущали постоянный дефицит в финансировании, технике и т. д. И здесь причина негативного эффекта преобразований крылась в неразрешенности проблемы собственности. Надежды на возрождение села с помощью развития арендных отношений не оправдались. В итоге к лету 1991 г. хозяйства арендаторов охватывали лишь 2 % земельных угодий и 3 % поголовья скота.
В развитие Закона об индивидуальной трудовой деятельности был принят Закон СССР от 26 мая 1988 г. № 8998-XI «О кооперации в СССР», легализовавший мелкое предпринимательство. Основная масса кооперативов была сосредоточена в сфере производства товаров народного потребления, строительстве и торгово-посреднической деятельности. Кооперативное движение приняло широкий размах, к началу 1991 г. в нем было занято приблизительно 5 % самодеятельного населения СССР. Его развитию способствовал нараставший год от года дефицит на рынке потребительских товаров и услуг, высокий уровень совокупного спроса с учетом постоянно растущего объема накоплений граждан. Это обстоятельство приводило к резкому взвинчиванию кооперативных цен, которые все более стали ориентироваться на сегмент потребительского рынка с неэластичным по цене спросом (зажиточные слои населения).
В кооперативном секторе в тот период формировались капиталы, сыгравшие в последующем определенную роль в период приватизации. Слабость законодательных основ функционирования сектора, его относительно высокая рентабельность в условиях нарастающей дестабилизации потребительского рынка, финансово-кредитной системы в целом способствовали росту криминализации и в этой сфере хозяйства.