Впрочем, иногда в затуманенной болезнью голове Иоанна Антоновича наступало просветление, о чем свидетельствует история с присвоением ему монашеского сана. Он поддался уговорам, но протестовал против предложенного ему монашеского имени Гервасия и настаивал на том, чтобы его звали Феодосием.
План пострижения в монахи свергнутого императора опрокинул Мирович. Подпоручику Смоленского пехотного полка Василию Яковлевичу Мировичу довелось отвечать за грехи своего деда, переяславского полковника Федора Мировича, переметнувшегося вместе с Мазепой к Карлу XII еще в 1708 году. Федор Михайлович после полтавской катастрофы шведского короля бежал в Польшу, оставив на Украине жену и двоих сыновей. Начались мытарства детей изменника, пока наконец они не оказались в Сибири. У одного из сыновей опального Мировича, Якова, родился сын Василий, вошедший в историю как организатор заговора с целью свержения с престола Екатерины, освобождения Иоанна Антоновича и возведения его на трон.
Побудительные мотивы, которым руководствовался Василий Мирович, были далеки от идейных. За 24 года жизни он убедился в безысходности своего положения — на пути его карьеры стояли тени деда и отца. Дважды он подавал прошения Екатерине, чтобы ему или его жившим в нужде сестрам была возвращена хотя бы часть конфискованных у деда земель, но получал отказ. 19 апреля 1764 года Екатерина наложила резолюцию: «По прописанному здесь просители никакого права не имеют, и для того надлежит Сенату отказать им».
У озлобленного Мировича, погрязшего в карточных долгах, возникла дерзкая мысль достичь благополучия столь же рискованным, как и безнадежным способом — водрузить корону на слабоумную голову Иоанна Антоновича, который в знак признательности тут же, как он полагает, облагодетельствует своего освободителя щедрыми пожалованиями — «деньгами и вотчинами». На память заговорщику приходили события двухлетней давности, когда сама Екатерина с легкостью овладела троном, на который не имела ни малейших прав.
Мысль совершить переворот осенила Мировича 1 апреля 1764 года. Осторожный и скрытный подпоручик после долгих колебаний решился посвятить в свою тайну поручика Великолукского пехотного полка Аполлона Ушакова, своего приятеля. Заговорщики составили план действий, решив реализовать его в дни, когда императрица выедет из Петербурга в Прибалтику.
Неделю спустя после ее отъезда Мирович должен был напроситься караульным офицером в Шлиссельбург, к нему якобы в качестве курьера прибывает Ушаков и вручает манифест, зачитываемый перед строем солдат. Те покорно подчиняются воле командира, идут в казарму, где содержался узник, освобождают его и вместе с ним отправляются в Петербург, где на Выборгской стороне расположен артиллерийский лагерь. Там Иоанна Антоновича признают императором, присягают ему и привлекают на свою сторону весь гарнизон столицы.
Случай внес в этот безрассудный план существенные коррективы, значительно сократившие и без того скудные шансы на успех. Ушаков, отправленный Военной коллегией в Казань, утонул в пути. Это, однако, не удержало Мировича от попытки совершить переворот. Привлечь кого-либо в сообщники вместо Ушакова он не рискнул, опасаясь доноса, и решил приводить план действия в одиночку.
9 июля 1764 года Екатерина, находившаяся в Риге, получила извещение о трагедии в Шлиссельбурге, разыгравшейся 5 июля. События развивались в такой последовательности: во втором часу ночи Мирович поднял по тревоге прибывших с ним караульных солдат для охраны крепости, поставив их в ружье во фрунт, велел арестовать коменданта крепости, отправиться к казарме, где содержался узник, и открыть стрельбу по охранявшим ею караульным солдатам. Между ними завязалась перестрелка. Когда Мирович решил усилить огневую мощь и велел притащить шестифунтовую пушку, солдаты, охранявшие Иоанна Антоновича, прекратили сопротивление. Мирович ворвался в каземат и обнаружил там мертвое тело — офицеры выполнили инструкцию никому не выдавать узника живым.
К офицерам Чекину и Власьеву, возглавлявшим караульную команду, Мирович обратился со словами упрека: «За что вы невинную кровь такого человека пролили?» Власьев и Чекин ему ответили: «Какой он человек, мы не знаем, только то знаем, что он арестант. А кто над ним что сделал, тот поступил по присяжной должности».
Так трагически на 24-м году закончилась жизнь императора, томившегося в заточении с младенческого возраста. Он, словно тень, следовал за тремя государями, доставляя им немало хлопот. Насколько опасен был Иоанн Антонович царствовавшим государям, следует из того, что все они — Елизавета Петровна, Петр III, Екатерина II — стремились лично удовлетворить свое любопытство.