Мэдисон сразу же понял, что лишение президента права единоличного смещения создаст "двухголовое чудовище" и лишит президента возможности эффективно контролировать свою администрацию. Несмотря на разговоры в Конгрессе о том, что президент получит королевские полномочия, летом 1789 года Мэдисон опасался монархии гораздо меньше, чем посягательств законодательной власти на исполнительную. "В нашем правительстве, - говорил он, - меньше необходимости защищаться от злоупотреблений в исполнительном департаменте. ...потому что это не сильная, а слабая ветвь системы".119 Доверяя Вашингтону, Мэдисон упорно боролся за право президента и только президента снимать с должности всех, кто назначен на исполнительные посты. Как никто другой, он привел членов Палаты представителей к принятию идеи сильного и независимого президента, который несет полную ответственность за то, чтобы законы исполнялись добросовестно.
Но Сенат не так легко убедить в независимости президента. Он играл определенную роль в процессе назначения и ревностно оберегал свои прерогативы. Многие сенаторы просто полагали, что, поскольку они дали согласие на назначение должностных лиц исполнительной власти, они также должны были дать согласие на их смещение. Другие сенаторы, однако, опасались, что Конституция провалится из-за отсутствия исполнительной власти, и поэтому были готовы признать исключительную ответственность президента за смещение должностных лиц. Они ссылались на пример английского короля, утверждая, что президент должен обладать по крайней мере теми же полномочиями, что и английская корона. Сенат разделился по этому вопросу поровну; только после решающего голоса вице-президента Адамса он уступил право президента смещать чиновников исполнительной власти без его совета и согласия.120
Последствия столь близкого голосования были огромны: от него зависела будущая природа президентства. Действительно, как отметил Мэдисон в Палате представителей, решения Конгресса по этому вопросу об отстранении "станут постоянным изложением Конституции; а от постоянного изложения Конституции будет зависеть гений и характер всего правительства".121 Если бы Сенат мог претендовать на право утверждать смещение президентских назначенцев, чиновники исполнительной власти стали бы зависеть от воли Сената, и в Соединенных Штатах возникло бы нечто похожее на английскую систему ответственности кабинета перед парламентом.122
Никто так остро не осознавал важность создания прецедентов, как Вашингтон. "Многие вещи, которые сами по себе и в начале кажутся малозначительными, могут иметь большие и долговременные последствия, если они будут установлены в начале работы нового правительства", - предупреждал он. По его словам, лучше сделать все правильно в самом начале, чем потом пытаться что-то изменить "после того, как это подтвердится привычкой".123
Особенно его волновали отношения между президентом и Сенатом. Он представлял себе роль Сената в предоставлении советов и согласий на назначения и договоры как роль совета, аналогичную той, к которой он привык в качестве главнокомандующего, и поэтому предполагал, что большая часть советов и согласий будет даваться устно. Сенат был более неуверен в том, что будет иметь дело с президентом лично, опасаясь, что тот будет ошеломлен. Президент Вашингтон был готов признать, что назначения можно проводить в письменном виде, но он считал, что в вопросах договоров устные переговоры между Сенатом и президентом "незаменимо необходимы".124
В августе 1789 года президент обратился в Сенат, чтобы получить его совет и согласие на договор, который он заключал с южными индейскими племенами. Адамс, председательствовавший на заседании, торопливо зачитал каждый раздел договора, а затем спросил мнение сенаторов. Из-за уличного шума некоторые сенаторы не расслышали, что им зачитали, и попросили зачитать договор еще раз. Затем сенаторы начали обсуждать каждый раздел договора, при этом Вашингтон нетерпеливо поглядывал на них. Некоторые из них чувствовали себя запуганными. Наконец один из сенаторов предложил передать договор и все сопроводительные документы, которые привез с собой президент, в комитет для изучения. В Вашингтоне началось то, что сенатор Маклей назвал "жестокой яростью". В отчаянии президент воскликнул: "Это сводит на нет все цели моего приезда сюда". Он успокоился, но когда он наконец покинул зал заседаний Сената, его подслушали, сказав, что "будь он проклят, если когда-нибудь снова туда придет". Через два дня он все же попытался это сделать, но ни президенту, ни Сенату не понравилась эта личная конфронтация. Роль Сената в заключении договоров была отменена.125 Когда в 1793 году президент издал свою Прокламацию о нейтралитете, он не потрудился спросить согласия Сената и тем самым еще больше утвердил исполнительную власть в качестве доминирующего органа в ведении иностранных дел.
Самым важным министром в новой администрации был секретарь казначейства Александр Гамильтон.