Одновременно выступал как независимый публицист и писатель. Наряду с романами о повседневной жизни в ГДР, такими как «Модная прическа» и «Конец трусости», публиковал труды, посвященные проблемам мира, правам человека в мире и в Европе и эссе об ответственности интеллигенции. Фукс дружил с польским поэтом Адамом Загаевским – переводчиком Райнера Кунце. Совместные выступления с восточноевропейскими диссидентами и поддержка их деятельности способствовали интеллектуальному обмену с Польшей и другими странами Восточной Европы. Примером может служить выступление Фукса и других восточногерманских диссидентов (в том числе Юрека Беккера и Вольфа Бирмана) против введения *военного положения
в Польше в декабре 1981 года.Штази не прекратило преследовать Фукса и за границей. В «Протоколах допросов» запечатлено полученное им прощальное предупреждение: «В будущем не пытайся с нами бороться. Достанем тебя повсюду, даже на Западе. Автомобильные крушения случаются везде». Это не было только словами: ГДР объявила «гражданина ФРГ Юргена Фукса» в розыск, а генеральный прокурор выдал санкцию на его арест. Восточногерманская разведка следила в Западном Берлине за «вражеским агентом» Фуксом.
В 1983 году против Фукса были применены специальные методы *деструкции
. Ночные телефонные звонки, поддельные заказы товаров и услуг, за которыми следовали неожиданные поставки и счета, создавали вокруг Фукса и его семьи на, казалось бы, безопасном Западе атмосферу психического террора. В октябре 1986 года возле их дома взорвалась бомба, спрятанная в багажнике автомобиля. Следствие, проведенное по этому делу западноберлинским Ведомством защиты государства, не дало результатов. Не удалось также установить, что за «неизвестные лица» постоянно пытались проникнуть в его автомобиль. В архивах Штази хранятся досье на Фукса, который обозначен оперативными кличками Пегас (в период его жизни в ГДР) и Оппонент (после 1982 года).После перелома 1989 года Фукс участвовал в исследованиях прошлого ГДР и открытии дел Штази. В 1992–1993 годах был научным сотрудником *«Ведомства Гаука»
, занимающегося архивами спецслужб ГДР. Был одним из самых суровых критиков бюрократических ограничений деятельности «Ведомства Гаука» и отказался от дальнейшей работы в нем. В 1996 году стал одним из инициаторов создания *Фонда изучения диктатуры СЕПГ.Свои последние труды писатель, психолог и бывший оппозиционер посвятил изучению тоталитарного наследия обеих немецких диктатур, его значения и последствий. Одновременно Фукс указывал на нарушения прав человека, угрозы для демократии в западных общественных системах.
Лауреат нескольких премий, в том числе литературных.
Во второй половине 1990‐х у Фукса обнаружили редкую форму рака крови, которую диагностировали и у других оппозиционеров, бывших узников Штази в 1970‐х. До сих пор не опровергнуто предположение, что его преждевременная смерть стала последствием радиоактивного облучения во время пребывания в тюрьме.
Gedächtnisprotokolle. Reinbek, 1977.
…und wann kommt der Hammer? Psychologie, Opposition und Staatssicherheit. Vernehmungsprotokolle. Reinbek, 1978; Berlin, 1990; То же на фр.: Souvenirs d’interrogatoires. Paris, 1978.
Tagesnotizen. Reinbek, 1979.
C’est toujours le męme mur… [Интервью] // L’Alternative. 1980. № 4/5.
Pappkameraden. Reinbek, 1981.
Der strenge Tourist aus Hamburg oder Ein Kolumnist rettet Polen // Verantwortlich für Polen / hrsg. H. Böll, F. Duve, K. Staeck. Reinbek, 1982.
Lettre ouverte au mouvement de la Paix en Europe de l’Ouest // L’Alternative. 1983. № 21.
Bombardement ou dialogue. La réponse d’un pacifiste à André Glucksmann // L’Alternative. 1984. № 30.
Einmischung in eigene Angelegenheiten. Gegen Krieg und verlogenen Frieden. Reinbek, 1984.
Fassonschnitt. Reinbek, 1984.
Das Ende einer Feigheit. Reinbek, 1988.
Gäste kommen und gehen oder Der Verkauf der Landeskinder. Berlin, 1989.
Der «Operative Vorgang» Fuchs: Pegasus, Spinne, Qualle, Apostel; «Zersetzung» bis in den Tod; «Aktion Gegenschlag» im Namen des Friedens // Landschaften der Lüge, Schriftsteller im Stasi-Netz: Teil I–IV // Der Spiegel. 1991. № 47–51.
Unter Nutzung der Angst. Die «leise Form» des Terrors – Zersetzungsmaßnahmen des MfS. Berlin, 1994.
Locker, locker, lieber Zeitgenosse! oder Die «überschattete» Demokratie // Horch und Guck. 1995. № 17.
Bearbeiten, dirigieren, zuspitzen // Zersetzung der Seele – Psychologie und Psychiatrie im Dienste der Stasi / hrsg. K. Behnke und J. Fuchs. Hamburg, 1995.
Dissidenten, Präsidenten und Gemüsehändler: Tschechische und ostdeutsche Dissidenten, 1968–1998 / hrsg. D. Liebermann, J. Fuchs und V. Wallat. Essen, 1998.
Magdalena: MfS, Memfisblues, Stasi, die Firma. Berlin, 1998.
Die nach hinten gedrehten Arme // Horch und Guck. 1999. № 26.
Schriftprobe. Frühe Gedichte / Vorgelegt von E. Kratschmer. Weimar, 2000.