Главной силой антикоммунистической оппозиции в Боснии были созданные в марте 1941 года в Сараеве бригады «Молодых мусульман», движение которых носило панисламистский характер и стремилось найти modus vivendi между необходимостью технической модернизации и потребностью сохранить культурную самобытность. После войны «Молодые мусульмане» были разгромлены коммунистической госбезопасностью как противники нового порядка – прежде всего политики секуляризации, проводимой режимом маршала Тито. В 1945–1950 годах суды в Мостаре, Сараеве, Тузле и Зенице приговорили к смертной казни пятерых активистов «Молодых мусульман» (Мустафу Бусуладжича, Хосана Бибера, Халида Кайтаза, Нусрета Фазлибеговича, Омера Ступача), других же – к многолетней каторжной тюрьме.
Движение возродилось в атмосфере прогрессирующей либерализации 1980‐х. Его развитию способствовала поддержка Хусейна Джозо – лидера исламской общины. В 1970 году Джозо основал журнал «Возрождение» («Препород»), в котором публиковал «Молодых мусульман». Главным идеологом движения стал Алия Изетбегович, который в 1970 году написал «Исламскую декларацию», после чего был объявлен националистом и антикоммунистом. Фрагменты этого труда опубликовал в 1972 году журнал «Календарь» («Таквим»), издававшийся объединением улемов (мусульманских священнослужителей) Боснии и Герцеговины (полный текст документа был опубликован только в 1990‐м). В «Декларации» Изетбегович обращал внимание на застой мусульманского общества и его притеснение в Советском Союзе и западных странах. Он призывал единоверцев к нравственному обновлению во всех сферах жизни.
В 1978 году в одной из старинных сараевских мечетей, Табачки Месджид, организовался неформальный политический клуб, целью которого были дискуссии на политические темы, в особенности о положении мусульман в Боснии и положении приверженцев ислама в мире в целом. Главным инициатором был имам Хасан Ченгич, связанный с движением «Молодых мусульман». Клуб действовал до 1982 года, когда его закрыли новые власти исламской общины из опасения испортить отношения с режимом.
В 1983 году Хасан Ченгич и четыре других деятеля движения «Молодых мусульман» (Эдхем Бичакчич, Омар Бехмен, Исмет Касумагич и Хусейн Живалич) приняли участие в тегеранском съезде единства суннитов и шиитов. Это послужило коммунистическим властям предлогом к новым нападкам на «Молодых мусульман» и обвинению их в «мусульманском национализме». В том же году 13 самых видных деятелей группы были арестованы и приговорены к тюремному заключению на так называемом Сараевском процессе (18 июля – 19 августа 1983 года). Подсудимым было предъявлено обвинение в создании «контрреволюционной организации» и «распространении фундаментализма», критике религиозной политики коммунистической Югославии по отношению к приверженцам ислама, расцениваемой ими как дискриминационная, а также в установлении нелегальных контактов с Исламской Республикой Иран. Алия Изетбегович был осужден на 14 лет тюрьмы, Омар Бехмен на 15, Хасан Ченгич на 10, Эдхем Бичакчич на 7, Хусейн Живалич на 6 лет.
В тюрьме в Фоче Изетбегович написал книгу «Ислам между Востоком и Западом», в которой определил статус боснийских мусульман и пробовал согласовать демократические ценности Европы с суннитским учением. Из тюрьмы Изетбегович был освобожден в 1988 году.
После смерти Тито внутри Союза коммунистов Югославии вновь столкнулись два направления – централистское и федералистское. В общественно-политической жизни Югославии 1980‐х с новой силой возродились националистические идеи, что не прошло также мимо многонациональной Боснии и живущего там сербского меньшинства. Одним из главных идеологов «Великой Сербии» был молодой социолог из Сараева Воислав Шешель, впоследствии лидер крайне правой Сербской радикальной партии. В 1984 году он направил в орган компартии газету «Коммунист» статью, призывавшую к пересмотру границ республик федерации. По его мнению, мусульмане не представляют собой отдельной нации, поэтому Босния должна быть разделена между Сербией и Хорватией. За это он был осужден на 8 лет тюрьмы, но в 1986 году оправдан Верховным судом.
Оппозиционные тенденции возникали и внутри партийных организаций Боснии и Герцеговины. За критические высказывания из Союза коммунистов в разное время были исключены видные коммунистические функционеры Пашага Манджич, Авдо Хумо и их сторонники.