По окончании войны аппарат коммунистической власти, опирающейся, как во всей Югославии, на госбезопасность, быстро и успешно расправился с противниками нового порядка. Осуществление репрессивной политики по отношению к жителям республики было возможно, в частности, и из‐за выраженного преобладания офицеров-сербов над македонцами в республиканских органах госбезопасности. Жертвами нового порядка стали многие македонские коммунисты, имевшие собственный взгляд на государство. Носители иных, нежели официальные, взглядов объявлялись профашистами или проболгарскими коллаборационистами. За пропаганду идеи объединения всех македонцев под эгидой Болгарии были осуждены на смерть сразу же после войны Димитр Чкатров и Димитр Гюзелов.
Принятие властями республики каких-либо решений в вопросах автономии было невозможно без консультаций с Белградом. Поэтому потерпела поражение и попытка создать автокефальную Македонскую Православную церковь в марте 1945 года. Поддержка этой инициативы Методием Андоновым-Ченто, председателем президиума АСНОМ, вызвала разгромную критику из Белграда. Замысел расценили как стремление к отделению республики и разрыву связей с Сербским патриархатом, что, по мнению идеологов и охранителей нового режима, подрывало нерушимый принцип «братства и единства» народов Югославии.
Действия Андонова-Ченто не раз расценивались в Белграде как неприемлемые. Стремясь ослабить зависимость от федеральной власти, он протестовал против террора, развязанного коммунистическим аппаратом, – прежде всего против массовых бессудных казней. Он требовал также от центральных властей признать право на самоопределение и возможность отделения республик, открыто осуждал идею централизованного союзного государства, которая, по его мнению, нарушала суверенность Македонии, гарантированную на I сессии АВНОЮ. Полемические выступления Андонова-Ченто привели к отстранению его властями коммунистической Югославии от политической деятельности в республике. Прокуратура сфабриковала материалы по обвинению его в шовинизме и преступлениях против собственного народа и государства. В 1946 году его приговорили к 11 годам каторжной тюрьмы. Реабилитация (как и по делам других осужденных тогда деятелей) состоялась на новом процессе в 1990 году, через много лет после его смерти.
Позиция коммунистических властей в Белграде сказалась также на кодификации македонского литературного языка. Некоторые члены созданной в 1944 году Комиссии по выработке македонской языковой нормы, алфавита и орфографии были репрессированы. В процессе работы над установлением языковой нормы столкнулись два подхода. Часть членов комиссии, например Георгий Киселинов, противилась введению в алфавит знаков из сербской кириллицы. Протестовал также известный поэт Венко Марковский, который высказывался за создание особого македонского алфавита. В 1945 году победили сторонники использования букв, близких к сербской кириллице.
Недовольство и разочарование в связи с неполноценным статусом македонской республики в структурах Югославии, а тем самым в ограничении возможности самостоятельно решать свою судьбу приводили к возникновению союзов и объединений, выступающих за независимость, таких, например, как Демократический союз Республики Македония. Создававшиеся после войны новые группы объединяли деятелей разной политической ориентации и часто обращались к традициям возникшей еще в XIX веке Внутренней македонской революционной организации (ВМРО). К этому названию присоединялись различные дополнения. Так, возникла ВМРО-Правда. Была создана также группа «Демократический фронт Македонии – Илинден-1903», обращенная к патриотическим традициям антитурецкого восстания 1903 года, вошедшего в историю под названием Илинденского. Власть рассматривала эти организации как антигосударственные, так как, по ее мнению, они выступали против македонского народа и югославского государства, а членов организаций – как врагов народа, за что давали многолетние тюремные сроки.