Со временем оппозиционная деятельность против строя, навязанного коммунистической властью Югославии, распространилась за границы республики. Важную (хотя в самой Македонии и подвергающуюся сомнению) роль в диссидентском движении сыграл Драган Богдановский, сторонник так называемой максималистской тенденции, предполагающей создание объединенной Македонии. Находясь в эмиграции, он стремился создать в Европе, США и Австралии македонские политические организации (в Париже, например, он основал «Македонский народный фронт»). В 1976 году югославская госбезопасность похитила Богдановского в Париже. Его доставили в Македонию и осудили на 13 лет тюрьмы за антигосударственную деятельность. По выходе на свободу Богдановский вновь действовал в эмиграции. Его считают духовным отцом учрежденной в Македонии 17 июня 1990 года правой Демократической партии за македонское национальное единство (ДПМНЕ).
В начале 1990‐х, в ходе прогрессирующего упадка социалистической системы, в Македонии начались судебные процессы по реабилитации деятелей, казненных в коммунистической Югославии. Среди них были как коммунисты, так и противники системы, стремившиеся к суверенности Македонии и объединению ее частей.
Вскоре после выборов 1990 года македонский парламент принял декларацию о суверенитете Республики Македонии (25 января 1991 года). Первым президентом независимого государства стал Киро Глигоров, а власть осуществляла экс-коммунистическая партия Социал-демократический союз Македонии, правившая до 1998 года и вновь в 2002–2008 годах. 8 сентября 1991 года, через несколько месяцев после выхода Хорватии и Словении из федерации, в Македонии прошел референдум о независимости. Из принявших в голосовании 71 % граждан республики 95 % высказались за суверенитет Македонии. Парламент утвердил это решение и 17 сентября 1991 года провозгласил независимость.
Выход Македонии из состава югославской федерации произошел, в отличие от остальных республик, без кровопролития. С начала 1992 года Македония отозвала всех своих депутатов из парламента и президиума федерации, а также дипломатов-македонцев, представлявших Югославию за рубежом. В результате успешных переговоров с Белградом было достигнуто соглашение о выводе с территории республики югославских войск (с 15 апреля 1992 года). Македонское правительство приняло военные объекты и взяло на себя охрану государственных границ.
Была возрождена символика древнего государства Александра Великого. Образ античного властителя должен был поддерживать и утверждать непрерывность существования независимой Македонии. На национальном флаге было размещено солнце с 16 лучами – символ древней династии, найденный в 1977–1978 годах в гробнице Филиппа II Македонского в Вегрине (Греция).
В том же 1992 году Македония предприняла усилия для признания своего суверенного статуса на международном уровне и включения в структуры ООН и Евросоюза. Международные институты потребовали конституционных гарантий, гарантий отсутствия территориальных претензий к соседям, а также принятия решения об изменении названия государства. Позиция Греции, которая не хотела принять название «Республика Македония», затрудняла нормализацию международной ситуации вокруг страны. 8 апреля государственный суверенитет Македонии был признан под временным названием – Бывшая Югославская Республика Македония, а изменение символа на государственном флаге позволило снять в 1995 году эмбарго на вступление Македонии в международные структуры, наложенное греческим правительством. В 2018 году греко-македонский спор был решен компромиссом: по соглашению с Грецией республика приняла новое название – Северная Македония. Это соглашение было утверждено общемакедонским референдумом и закреплено решениями македонского и греческого парламентов, вступившими в силу с 12 февраля 2019 года.
Политическая жизнь современной Северной Македонии определяется двумя крупными партиями – Социал-демократическим союзом Македонии, политическим преемником македонских коммунистов, и правой умеренно националистической ВМРО – ДПМНЕ, действующей, как правило, в блоке с партиями, представляющими албанское национальное движение.
Литаврин Г. Г. Прошлое и настоящее Македонии в свете современных проблем // Македония: проблемы истории и культуры. М., 1999.
Македония. Путь к самостоятельности: Документы. М.: Радуга, 1998.
Митревска Я., Сельцер Д. Г. Дезинтеграционные процессы в СФРЮ и Социалистическая Республика Македония. (1985–1990 гг.) // Вестник Тамбовского ун-та. Серия «Гуманитарные науки». 2012. № 2.
Шкарич С. Политическая система Македонии в 1945–1953 гг. (Взгляд из XXI века) // Россия (СССР) и Македония: история, политика, культура, 1944–1991 гг. М.: Ин-т славяноведения РАН, 2013.
Ачкоска В., Жежов Н. Репресиите и репресираните во новата македонска историја. Скопје, 2005.
Богдановски Д. Мојата борба за Македонија. T. 1 / ред. М. Иваноски, З. Тодороски. Скопје, 2014.
Идеологија и литература // Синтези. 2005. № 2.