В 1949–1950 годах, вскоре после прихода к власти коммунистов, Бибо был исключен из состава Академии наук и лишился преподавательского поста. Его хотели вынудить уйти на пенсию. В 1951 году ему удалось устроиться библиотекарем в Будапештском университете. Там его застало начало *венгерской революции 1956 года.
2 ноября 1956 года Крестьянская партия, возрожденная в дни революции под названием Партии Петёфи, делегировала его вместе с Ференцем Фаркошем в коалиционное правительство Имре Надя. На рассвете 4 ноября, получив сообщение о вторжении советских войск в Будапешт, Бибо отправился в парламент, но застал там лишь нескольких политиков из Партии мелких землевладельцев и кардинала Миндсенти, примаса Венгрии. При приближении советских частей собравшиеся политики и кардинал были вынуждены бежать из здания, в парламенте остался только Бибо. Там он написал два текста: «Призыв» и «Проект компромиссного решения венгерского вопроса». «Проект» был вывешен в городе во многих местах, а *Центральный рабочий совет Большого Будапешта
принял его как политический манифест и основу для переговоров с Кадаром.Аналогичный текст («Проект решения проблемы») Бибо составил в декабре 1956 года и при посредничестве Арпада Генца передал его послу Индии в Москве Кумару П. С. Менону, находившемуся в дни революции в Будапеште.
Весной 1957 года в «Записках» он описал свой революционный опыт. 8 сентября 1957 года «Записки» опубликовала австрийская газета «Прессе».
23 мая 1957 года Бибо был арестован и 2 сентября 1958 года, после 15‐месячного следствия, приговорен вместе с Арпадом Генцем к пожизненному заключению за «заговорщическую деятельность с умыслом на свержение народно-демократического государственного строя».
Был освобожден в 1963 году по всеобщей амнистии. Нашел работу в библиотеке Статистического управления, где трудился до 1971 года. В 1967 году направил письмо Жан-Полю Сартру, а в 1969 и 1970 годах Яношу Кадару, призывая освободить революционеров, остававшихся в тюрьмах несмотря на амнистию, поскольку они числились уголовниками с приговором за «неопределенное число покушений на убийство». На свои письма он ни от кого ответа не получил.
Выйдя на свободу, Бибо не был склонен к компромиссам, на которые пошло большинство интеллигентов, связанных с революцией. В связи с этим власти не соглашались на публикацию его работ, а фамилия Бибо до 1980‐х была известна только в близких к оппозиции кругах. Умер в Будапеште.
Его интеллектуальное наследие было востребовано большинством венгерских политических групп (как «народно-национальных», так и «либеральных»), а также литературной средой, далекой от марксистских взглядов, но дистанцирующейся и от оппозиционной активности. Свидетельством тому стала изданная подпольно через полтора года после его смерти *«Книга памяти Бибо»
, в которой приняли участие 70 авторов.После 1981 года многие труды Бибо, которые не могли быть официально напечатаны, были опубликованы в подпольных журналах и издательствах – *«Беселё»
, «Венгерский Октябрь» («Magyar Október»), «Венгерский наблюдатель» («Magyar Figelő»), *АБЦ. С лекцией Бибо «О смысле социального развития», записанной на магнитофонную ленту, в 1980–1982 годах познакомились слушатели *Свободного понедельничного университета; за публикацию этой лекции на страницах популярного у молодежи официального журнала «Меняющийся мир» («Mozgó Világ») сотрудников редакции уволили, а номер журнала с лекцией Бибо был конфискован. Репринт этого номера опубликовало в апреле 1985 года издательство АБЦ.О бедствиях и убожестве малых восточноевропейских государств. (Главы из книги) / пер. Н. Надь // Венгры и Европа: Сб. эссе / сост. В. Середа и Й. Горетич; предисл. и коммент. В. Середы. М.: НЛО, 2002; То же на венг.: A kelet-európai kisnépek nyomorúsága. Budapest, 1946.
«О смысле европейского развития» и другие работы / пер. Н. Надь, Т. Лендел; послесл. А. Стыкалина. М.: Три квадрата, 2004. – Рец.: Уланов А. От истерики к ответственности // Дружба народов. 2005. № 10.
Еврейский вопрос в Венгрии после 1944 года / пер. М. Цесарская; послесл. С. Митурича. М.: Три квадрата, 2005; То же на венг.: Zsidókérdés Magyarországon 1944 után. Budapest, 1948.
Bibó István összegyűjtött írásai / red. I. D. Zoltán. Budapest, 2016. (Собрание сочинений).
Etika és büntetőjog. Budapest, 1938.
A magyar demokrácia válsága. Budapest, 1945.
Harmadik út: politikai és történeti tanulmányok. London, 1960.
Válogatott írásai szemelvények / összeál. P. Kende. Paris, 1979.
Összegyűjtött munkái / összeál. I. Kemény, M. Sárközi. Т. 1–4. Bern, 1981–1984.
Válogatott tanulmányok / összeál. T. Huszár. Т. 1–4. Budapest, 1986–1990.
Democracy, Revolution, Self-Determination: Selected Writings. Boulder; New York, 1991.
Demokratikus Magyarország. Válogatás Bibó István tanulmányaiból. Budapest, 1994.
Bibó István / összeál. S. Szilágyi. Budapest, 2001.