Столкнувшись со вспышкой, эпидемиологи поначалу рассуждали в рамках традиционного подхода и исходили из того, что холеру завезли из-за границы, а источником, вероятно, стало какое-то судно, прибывшее из Азии и сбросившее зараженные балластные воды в прибрежной полосе. Однако вычислить судно, которое могло завезти болезнь в Америку, не удалось. Более того, эпидемиологические данные исключали вероятность, что такая вспышка могла возникнуть в результате одного события. Тогда она бы вспыхнула в одном регионе Перу и уже оттуда распространялась дальше, как происходит в случае классической холеры. А тут заболевание возникло одновременно в шести городах: Пьюре, Чиклайо, Трухильо, Чимботе, Чанкае и Лиме, расположенных на протяжении почти тысячи километров перуанского побережья.
Дальнейшие геномные исследования показали, что перуанский патоген родом из Африки и в Перу попал в 1970-е гг., во время масштабной иммиграции африканцев. Подтвердилось и то, что в перуанских водах тоже присутствует африканская форма
В январе 1991 г. в перуанских водах для вибриона сложились идеальные условия – лето и непрекращающийся Эль-Ниньо. В жару вибрионы размножаются быстро, а люди, стремясь утолить жажду, пьют больше воды – и чистой, и неочищенной. Перетекание патогена произошло, когда рыбаки продавали на берегу улов. Вибрионы, присутствовавшие в организмах моллюсков и рыб, попали в город, завершив цикл «человек – окружающая среда – человек». Затем патоген начал распространяться другим способом – от человека к человеку. Сырая рыба и морепродукты оказались троянскими конями, внутри которых таился холерный вибрион – так он добрался до населения Лимы и других городов. В тот момент подозрение главным образом пало на севиче – блюдо из сырой рыбы, маринованной в соке лайма и приправленной луком, перцем чили и травами. Это блюдо составляло основу рациона, потому что рыба стоила дешевле мяса и курятины и служила основным доступным источником белка. Министерство здравоохранения запретило продажу севиче и призывало перуанцев не готовить его дома.
В течение следующего года из 22-миллионного населения холерой заболели 300 000 человек, хотя болезнь была хорошо изучена и ее можно было не только предотвратить, но и лечить с помощью пероральной регидратации. Проблема заключалась в том, что перуанские города страдали от нищеты, перенаселенности и антисанитарии, как Лондон, Париж, Неаполь и остальная Европа в XIX в., что и делало их столь благоприятными для классического холерного вибриона. К такому недвусмысленному сравнению прибег столичный новостной журнал
Инфраструктура перуанской столицы была перегружена из-за роста городов. Население Лимы увеличилось до 7 млн человек, из которых 4 млн проживали в трущобах, где не хватало ни места, ни воды, ни канализации. Газета
К несчастью, на протяжении 1980-х гг. бедность в Лиме росла экспоненциально, в то время как перуанская экономика пребывала в состоянии, которое пресса характеризовала как «свободное падание». Сократилось промышленное и сельскохозяйственное производство, число безработных и частично занятых возросло до 80 %, гиперинфляция достигла 400 % в год, а реальная заработная плата сократилась вдвое. Люди повсеместно недоедали и голодали, а инфекционная заболеваемость, в частности туберкулезом и гастроэнтеритом, резко выросла. Ситуацию сильно ухудшала и непрерывная партизанская война, подогреваемая экономическим кризисом. Война, происходившая в условиях пароксизма насилия с обеих сторон, велась перуанской армией против двух хорошо организованных, но враждебных друг другу революционных сил: маоистской партии «Сияющий Путь» (