Эпигенетика

— База данных по геномуDrosophila http://www.flybase.net

— ENSEMBL-портал геномного анализа!), melanogaster http://www.ensembl.org/Drosophila_

X. laevis

— Информационная база данных http://www.xenbase.org/

Мышь

— Информатика генома мыши http://www.informatics.jax.org

— Ресурс по штаммам мышей http://jaxmice.jax.org/index.html

— Проект Бейлора по геному мыши http://www.mouse-genome. bcm.tmc.edu/

— ENSEMBL — pecypc по мыши http://www.ensembl.org/Mus_musculus/index html

Человек

— Портал ресурсов по геному человека http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide_human/

— ENSEMBL — портал ресурсов по геному человека http://www.ensembl.org/Homosapiens/index.html

— GDB — база данных по геному человека http://www.gdb.org

Приложение 2. Модификации гистонов и литература

Гистон Н2А

Сайт | Модель | Энзим | Функция | Ссылка

K5ac | Hs, Sc | Tip60, p300/CBP, Hat1 | Активация транскрипции | Yamamoto and Horikoshi, 1997; Kimura and Horikoshi, 1998; Verreault etal., 1998

K9bio | — | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и в клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

K7ac | Sc | Hat1 Esa1 | Активация транскрипции | Suka et al., 2001

K13bio | — | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

K119ub1 | Dm. Hs | dRing, RING IB | Polycomb-сайленсинг, Реакция на УФ-повреждение | Wang et al., 2004; Kapetanaki et al., 2006

S121ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. | Теломерный сайленсинг | Wyatt et al., 2003; Harvey et al., 2005

T125ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. Теломерный сайленсинг | Wyatt et al., 2003

K126bio | Hs | HCS биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b, Chew et al., 2006

K126su | Sc | Репрессия транскрипцииБлокирует ацетилирование и убиквитинирование гистонов | Nathan et al., 2006

K127bio | Hs | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

S128ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. Теломерный сайленсинг | Downs et al., 2000; Redon et al., 2003; Wyatt et al., 2003; Downs et al., 2004

K130bio | Hs | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

Дополнительные модификации Н2А:

S1ph, К4ас, K13me, K15ас, K21ас, K36ас, K74me, K75me, R77me, K95me, T120ph, карбонилирование Н2А (Pantazis and Bonner, 1981; Song et al., 2003; Alhara et al., 2004).

Гистон Н2В

Сайт | Модель | Энзим | Функция | Ссылка

К5ас | Hs | — | Активация транскрипции | Puerta et al., 1995; Galasinski et al., 2002

S10ph | Sc | Ste20 | Апоптоз | Ahn et al., 2005

S14ph | Hs, Mm | Mst1/krs2 киназа | Апоптоз. Соматическая гипермутация и рекомбинация с переключением классов | Ajiro, 2000; Cheung et al., 2003; Odegard et al., 2005

K16su | Sc | — | Репрессия генов | Nathan et al., 2006

K17su | Sc | — | Репрессия генов | Nathan et al., 2006

S33ph | Dm | CTK | Активация транскрипции | Maile et al., 2004

K120ub | Hs | — | Прогрессия по клеточному циклу в сочетании с SAGA для транскрипционной активации посредством метилирования H3, мейоз | Robzyk et al., 2000; Sun and Allis, 2002; Kao et al., 2004

K123ub | Sc | Rad6(E2)Brel(E3)-ub1 | Теломерный сайленсинг путем снижения метилирования гистонов по H3K4 и H3K79 | Emre et al., 2005

Дополнительные модификации Н2В:

E2am, K5me, K6su, K7su, K11ac, K12ас, K15ас, K16ас, K20ас, K23me, K24ас, S32ph, K43me, K85ас, R99me, K108ас, K116ас, Kарбонилирование Н2В, биотинилирование Н2В (Rouleau et al., 2004).

Гистон Н3

Сайт | Модель | Энзим | Функция | Ссылка

R2me | Hs Mm | CARM1-me2a | Экспрессия генов | Chen et al., 1999; Schurter et al., 2001

T3ph | Hs At | Haspin | Центромерная функция митотического веретена | Polioudaki et al., 2004; Dai et al., 2005

K4me | Sc | Setl-me3 | Сайленсинг rDNA, теломерный сайленсинг. Активация транскрипции | Briggs et al., 2001; Roguev et al., 2001; Nagy et al., 2002; Bryk et al., 2002; Bernstein et al., 2002; Santos-Rosa et al., 2002