Уже в 1762 г. Екатерина предполагала обновление кадров государственного аппарата. Сохранились ответы её сподвижников, которым императрица предложила дать оценку работы высших чиновников. М. Н. Волконский от задания уклонился, объявив, что, находясь всю жизнь на военной службе, «у штатских дел людей узнать случаю мало имел». Опытный И. И. Неплюев, напротив, дал отзывы о президентах и вице-президентах коллегий. Так, по его мнению, возглавлявший Ямской приказ генерал Л. Овцын и президент Берг-коллегии И. Шлаттер находились на своих местах, глава Камер-коллегии Д. И. Кочетов являлся явно «неспособным», а президенты Юстиц- и Ревизион-коллегий Ф. Кнутов и Б. Щербачёв «не имеют репутации дельного человека».[1945]
Екатерина прислушалась к этим отзывам, поскольку наиболее «неспособные» чиновники в дальнейшем были сменены.В 1762 г. уволили только бывшего камердинера Петра III А. де Брессана с должности президента Мануфактур-коллегии; его заменил пострадавший вместе с Бестужевым в 1758 г. В. Е. Адодуров. В следующем году императрица готовила секуляризационную и сенатскую реформы и не спешила с назначениями: в Сенат вернулся только П. Г. Чернышёв, младшие братья которого заняли руководящие места в военном и адмиралтейском ведомствах.
А. С. Козловского на посту обер-прокурора Синода сменил директор Московского университета И. И. Мелиссино. Коллегию экономии возглавил энергичный племянник Н. И. Панина Б. А. Куракин.
Замены начались с второстепенных ведомств (см. Приложение, таблица 1). С. Ф. Протасов стал новым начальником Соляной конторы. Преобразованную в коллегию Медицинскую канцелярию возглавил камергер А. И. Черкасов, Судный приказ — статский советник А. Афросимов. Зато начался плавный уход ключевых фигур двух предшествовавших царствований: в январе полную отставку получил бывший глава Тайной канцелярии А. И. Шувалов, в июне — дотоле бессменный Н. Ю. Трубецкой; в августе 1763 г. в долгосрочный отпуск отправился канцлер М. И. Воронцов.
Уход М. М. Голицына, Н. Ю. Трубецкого и М. И. Воронцова означал смену руководства в трёх «первейших» коллегиях. Вместо Трубецкого в апреле 1763 г. в Военную коллегию был назначен вице-президентом 3. Г. Чернышёв. Последнему Екатерина преподнесла урок: в декабре опрометчиво попросившийся в отставку генерал тут же получил её и был принят обратно только после униженных объяснений. Вслед за президентом на протяжении 1763 — начала 1764 г. сменился и состав коллегии: в отставку ушли аншеф С. Ф. Волконский и генерал-лейтенанты В. И. Лопухин и С. И. Караулов.[1946]
В это же время Екатерина осуществила (очевидно, в качестве ответа на такую же акцию Петра III) массовое чинопроизводство в армии: на протяжении 1762–1763 гг. пожаловала 11 генерал-аншефов, 16 генерал-лейтенантов и 42 генерал-майора.[1947]Морское ведомство формально возглавил наследник, произведённый в декабре 1762 г. в генерал-адмиралы. Реально же главным лицом в Адмиралтействе стал сделанный в марте 1763 г. вице-адмиралом придворный и дипломат И. Г. Чернышёв; протоколы коллегии показывают, что именно он объявлял присутствующим императорские повеления.[1948]
Контр-адмирал Ф. С. Милославский в 1763 г. стал сенатором. В 1763 г. были отправлены в отставку контр-адмирал Н. Г. Лопухин и генерал-кригскомиссар В. И. Ларионов; в 1764 г. — вице-адмирал С. М. Мещерский. В 1764 г. скончались командующий флотом адмирал А. И. Полянский и вице-адмирал П. Г. Кашкин, в 1765 г. вышел в отставку адмирал И. Л. Талызин.[1949]Была решена судьба канцлера М. И. Воронцова. Уже весной 1763 г. он жаловался в письмах племяннику Александру, что не допущен видеть «очи её величества». В августе старый дипломат был с почётом отправлен в длительный отпуск за границу, не только сохранив звание канцлера, но и добившись от казны уплаты его долгов и покупки его дома. После назначения Панина «старшим членом» Коллегии иностранных дел Воронцов к делам более не вернулся и окончательно ушёл в отставку в 1765 г.
Одновременно начались первые перестановки среди местного начальства (см. Приложение, таблица 2). Потеряли свои посты замеченные в неприкрытых злоупотреблениях смоленский губернатор И. 3. Аршеневский и его белгородский коллега Г. И. Шаховской. В Смоленск были отправлены генерал-аншеф В. В. Фермор и генерал-майор М. С. Козловский. В Москву вместо назначенного Петром III А. Б. Бутурлина был послан другой фельдмаршал — П. С. Салтыков, а в Оренбург — Д. В. Волков. Появились новые губернаторы в Сибири (генерал-майор Д. И. Чичерин), Архангельске (генерал-майор Е. А. Головцын) и Астрахани (генерал-майор Н. А. Бекетов).
Переломным для нового режима стал 1764 г. Он ознаменован не только церковной реформой, устранением шлиссельбургского конкурента Екатерины и гвардейскими волнениями; именно тогда состоялись массовые перестановки в системе управления. В рамках реформы Сената в нём появились новый генерал-прокурор и значительное пополнение из 14 человек (см. Приложение, таблица 3).