Новая испанская экономика в Индиях зависела от старой индейской экономики в части продуктов питания – особенно зерна, овощей и птицы, которые производили в основном индейцы – и в части почти всех рабочих рук. В первой половине века после завоевания все испанцы привыкли к чрезвычайно большому количеству рабочих рук. Они составляли планы амбициозных строительных проектов и осуществляли их с той же жестокой решимостью, которую они проявляли в ходе самого завоевания. В более поздние годы этого века развитие рудников вызвало огромный спрос на труд рудокопов. Часть этого спроса удовлетворял ввоз рабов-негров, но большую часть работ выполняли индейцы. Другие отрасли промышленности – шерстяное ткачество, сахарное производство, судостроение и т. д. – все больше и больше применяли полуквалифицированный труд индейцев. По мере роста спроса на рабочие руки в испанской промышленности стала быстро убывать численность индейского населения, источником которых она была. У этого были две причины. Первая – ущерб, наносимый полям индейцев домашними животными. Крупный рогатый скот, пасущийся на открытых пастбищах, несмотря на неоднократно принимаемые законы и усилия колониальных судов защитить собственность индейцев, заходил на неогороженные деревенские поля. Изгороди из близко посаженных кактусов – столь заметная черта сельских регионов Мексики в наши дни – были ответом индейцев на эти нашествия, но ответом запоздалым и неэффективным. Распространение скотоводства было главной причиной вымирания населения в Центральной Мексике, а чрезмерное стравливание пастбищ – одной из причин распространения почвенной эрозии. В Перу рогатого скота было гораздо меньше, но овцы и свиньи, подрывая картофельные грядки, создавали аналогичные условия во многих высокогорных регионах. Крестьяне-хлебопашцы, которые видели, как их посевы раз за разом вытаптывают огромные стада пасущихся животных, могли избежать голодной смерти, только перебравшись в отдаленные и менее привлекательные края или найдя работу в испанских поселениях. Однако в городах их ожидала еще более серьезная опасность – опасность заражения инфекционными болезнями. Оспа пришла в Мексику с армией Кортеса и вместе с тифом, которым заражались, когда пили озерную воду после разрушения акведуков, истощила сопротивление защитников Теночтитлана. После этого европейские болезни, к которым у индейцев не было иммунитета, сокращали местное население с ужасающей скоростью. Крупные эпидемии прошли в 1520-х гг. сразу же после завоевания, в 1540-х и еще раз в 1570-х гг. Скученность рабочих на рудниках порождала инфекцию, которую затем шахтеры приносили в свои родные деревни. Хорошо подтвержденное документами исследование дает следующие приблизительные цифры численности населения для Центральной Мексики: 1519 г. – 11 млн человек, 1540 г. – 6 427 466 человек, 1565 г. – 4 409 180 человек, 1597 г. – 2,5 млн человек. Другие авторы разнятся в своих оценках; а для Перу вообще нет подробной информации для сравнения, но все признают тенденцию к сокращению населения. Общинное сельское хозяйство во многих регионах разрушилось. Древние ирригационные системы были заброшены, и многие районы, особенно на прибрежной равнине Перу, вернулись к исходному состоянию, превратившись в пустыню. Сокращение населения шло на протяжении более ста лет приблизительно до середины XVII в., когда появились какие-то явные признаки его восстановления.