Николай II перевел на другую работу министра внутренних дел Святополка-Мирского и петербургского градоначальника Фулона. Новым столичным генерал-губернатором стал Дмитрий Трепов, вскоре превратившийся во всесильного дворцового коменданта и вошедший в кровавую историю словами, сказанными в октябре 1905 года во время всеобщей всероссийской забастовки: «Холостых залпов не давать и патронов не жалеть». В первую очередь Трепов 19 января послал к царю фальшивую делегацию из конторщиков разных петербургских фабрик и заводов, которые высказали самодержцу написанные в Департаменте полиции просьбы пожелания от якобы имперских рабочих. Вся держава пересказывала и комментировала слова Николая II рабочим, которые рабочими не являлись: «Знаю, что не легка жизнь рабочих. Многое надо улучшить и упорядочить, но имейте терпение. Вы сами по совести понимаете, что следует быть справедливыми к вашим хозяевам и считаться с условиями нашей промышленности. Но мятежною толпою заявлять мне о своих нуждах преступно. Я верю в честное чувство рабочих людей и непоколебимую преданность их мне и потому прощаю их вину им».
Верноподданных объявили преступниками и простили им их вину, которой не было. Ряды имперских революционных партий быстро росли и на державу также неостановимо накатывалась первая революция.
С начала 1905 года державу начала охватывать протестная горячка. А Спиридович писал: «то там, то здесь совершались террористические акты против представителей власти. Стреляли члены разных революционных партий, говорили и у нас в Киеве, что надо бы подстрелить кого-нибудь, надо бы бросить куда-либо бомбу». Революционеры-эмигранты возвращались в империю и атаковали самодержавие. Все ждали, что сделает уже знаменитая Боевая Организация Партии социалистов-революционеров и она не заставила себя долго ждать.
Азеф предложил Центральному Комитету ударить по вождям придворной реакционной партии, двум старшим дядям Николая II, ближайшим и наиболее влиятельным его советникам, всегда принимавшим в штыки любые реформы и нововведения. Великий князь Владимир Александрович командовал войсками, расстреливавшими рабочих у Зимнего дворца 9 января, великий князь Сергей Александрович реакционерствовал генерал-губернатором в Москве. Их революционная казнь должна была стать предостережением действовавшему царю. К Владимиру в Петербурге был добавлен еще и Трепов, в Киеве боевики собирались атаковать Клейгельса. Все три террористических акта в главных имперских городах должны были быть совершены одновременно, что колоссально бы увеличило их значение и державный резонанс.
Азеф разделил Боевую Организацию на три группы. В Петербург должны была ехать группа сына смоленского купца и хладнокровного взрывника Михаила Швейцера, в составе Дулебова, Ивановской, Леонтьева, Барыкова и других десяти товарищей. Три боевика во главе с Давидом Боришанским поехали в Киев убивать Клейгельса. Савинков с Каляевым, Моисеенко и Дорой Бриллиант отправился в Москву на охоту за Великим князем Сергеем Александровичем. Предполагалось установить за всеми тремя целями наружное наблюдение, установить маршруты и привычки, определить удобное место и взорвать на улице. Все планы покушений разрабатывали Азеф, Савинков и Швейцер. Азеф подготовил паспорта всем своим любимым боевикам и продумал доставку бомб в империю из динамитной парижской лаборатории. К началу декабря 1904 года все три отряда благополучно прибыли в Петербург, Москву и Киев, Савинков и Швейцер с английскими паспортами. Многие террористы, ехавшие дорогим первым классом, благополучно провезли много динамита просто под одеждой. В империи начиналась зима и боевики были тепло одеты.
Азеф остался за границей, договорившись с боевиками, что приедет к ним на завершающем этапе подготовки убийства. Он с товарищами проанализирует собранные сведения и утвердит планы покушений. Все террористы осень берегли своего любимого командира и старались уберечь его от опасности. Одновременно с этим Азеф писал множество докладов-отчетов своему полицейскому начальству, которые оно признало особо ценными. Азеф подробно писал обо всех событиях революционной жизни в Европе и в империи, обо всех акциях революционных партий, кроме партии социалистов-революционеров. Данные о подготовке террористических актов Азеф, конечно давал, но наводил ими полицию на ложный след, в сторону от своей Боевой Организации. Ему всегда нужно было много денег, и он сообщил в Департамент полиции, что Центральный Комитет партии эсеров утвердил главным покушением атаку Николая II: «Покушение на Его Величество готовится, для меня это не подлежит никакому сомнению. Центр тяжести Боевой Организации находится в Одессе».