6 сентября 1941 года Эйно Карху явился в Медвежьегорский военкомат. Его тут же зачислили в армию. Он прошел ускоренные курсы санинструкторов и был направлен на Свирский участок фронта. Там ему пришлось испытать немало страшных минут, так как в его обязанности входило оказание помощи раненым. Но к финнам и карелам на фронте относились с недоверием, их отправляли в «трудовую армию». Так Эйно попал в Вологодско-Костромской край, где и прослужил на аэродромных работах почти до конца войны.
Из армии Эйно Карху демобилизовался в конце 1945 года и поехал в Киргизию, так как еще весной 1944 года получил известие о том, что его родные живут там. Но родители уже умерли. И он приехал в Сортавалу. Осенью 1946 года Эйно Карху поступил на русское филологическое отделение Петрозаводского университета. Послевоенные студенты были очень разношерстны и разновозрастны. Из школьного запаса знаний многое уже подзабылось за годы войны, и с правописанием у многих было неладно. Поэтому к вступительным экзаменам прибавился еще диктант. Эйно Генрихович рассказал со смехом, что лучшими знатоками русского правописания оказались два финских парня, одним из которых был он.
1946/47 учебный год был для Эйно Карху нелегким. Студентам полагалась по хлебным карточкам норма третьей категории, и они, в сущности, жили впроголодь. Когда Эйно приезжал в Сортавалу к сестре, Катри плакала, увидев исхудавшего брата. В 1947 году положение немного улучшилось, потому что ему удалось, одновременно с учебой, устроиться преподавателем в ремесленное училище, и он стал получать продуктовые карточки более высокой категории. Весной этого же года для Эйно Карху нашлась еще работа — он взялся переводить на русский язык военную повесть Антти Тимонена «От Карелии до Карпат». Редактировал перевод известный писатель Михаил Зощенко. И повесть была опубликована в журнале «На рубеже», а затем вышла отдельной книгой.
В 1947 году в университете открылось финно-угорское отделение, и Эйно Карху перевелся на это отделение. На курсе было всего три студента. Кафедрой руководил приезжавший из Ленинграда видный языковед профессор Д. В. Бубрих. Уже тогда Эйно Карху начал интересоваться литературой Финляндии, но и лекции Бубриха он тоже слушал с большим удовольствием, так как профессор был хорошим лектором. Особенно заполнился ему цикл лекций об истории финноугроведения.
Весна 1950 года для Эйно Карху оказалась исключительно продуктивной. Декан факультета Иваи Иванович Кяйвяряйнен пришел к мысли, что его земляк Эйно Карху в текущем году, то есть на год раньше срока, может завершить свою учебу. И Эйно за два месяца сдал десяток экзаменов и зачетов, а также написал дипломную работу о творчестве Алексиса Киви, которую, кстати, опубликовал затем в качестве послесловия к своему же переводу романа «Семеро братьев».
Осенью того же 1950 года Эйно Генрихович Карху поступил в аспирантуру и начал работать над кандидатской диссертацией по финляндской литературе 1840-х годов и по карело-фиискому эпосу «Калевала». Защита диссертации на тему «Из истории финляндской литературы и журналистики 40-х годов XIX в.» состоялась в 1956 году. В 1965 году Э. Г. Карху стал доктором филологических наук. Почти тридцать лет, с 1960 по 1988 год, он бессменно руководил сектором литературы в Институте ЯЛИ, а затем ушел с должности заведующего, чтобы более сосредоточенно продолжать свои исследования.
Число опубликованных научных работ Эйно Генриховича весьма велико: десяток монографий и около двухсот статей. Его первая крупная монография «Финляндская литература и Россия. 1800-1850» была подготовлена к печати в 1958 году, но вышла в свет только в 1962. За нею последовала «Финляндская литература и Россия. 1850-1900», изданная в 1964 году. Эти исследования подготовили почву для появления книги «Финская литература о рунопевцах XIX века», которая была издана в 1979 году на финском языке в Финляндии. В 1972 году вышли на русском, а в следующем году на финском языке «Очерки финской литературы начала XX века». Все эти работы, составившие — в финском варианте — три тома общим объемом 1275 страниц, показывают, насколько глубоко автор изучил и прочувствовал финско- и шведскоязычную литературу Финляндии, и не только литературу, но и всю культуру в целом, и понял, какое значение она имеет в обществе.