Таким образом, исходя из буквального толкования пп. 2 п. 3 ст. 170 и п. 8 ст. 162.1 Налогового кодекса РФ, суммы НДС, ранее правомерно принятые налогоплательщиком к вычету, не подлежат восстановлению и уплате в бюджет реорганизованной (реорганизуемой) организацией.
Однако трактовки данных норм закона Минфином России, налоговыми органами и судами зачастую носят взаимоисключающий характер.
Так, в письме Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 29.06.2012 г. № 03-07-11/17766
излагается мнение, согласно которому на основании пункта 8 статьи 162.1 Кодекса суммы налога на добавленную стоимость по товарам (работам, услугам, имущественным правам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, принятые к вычету реорганизованной организацией, не восстанавливаются при их передаче правопреемнику. Поэтому при использовании правопреемником товаров (работ, услуг), полученных от реорганизованной организации, для осуществления операций, не подлежащих налогообложению, норма данного пункта 8 статьи 162.1 Кодекса не действует.В письме Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 22 апреля 2008 г. № 03-07-11/15567
указывается, что передача основных средств реорганизуемой организацией правопреемникам объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость не признается. При этом пунктом 8 статьи 162.1 Кодекса предусмотрено, что при передаче указанных основных средств, при приобретении которых суммы налога на добавленную стоимость были приняты реорганизованной (реорганизуемой) организацией к вычету в порядке, установленном главой 21 Кодекса, соответствующие суммы налога не подлежат восстановлению и уплате в бюджет реорганизованной (реорганизуемой) организацией. Кроме того, на основании пункта 9 статьи 162.1 Кодекса суммы налога на добавленную стоимость, подлежащие возмещению в соответствии со статьей 176 Кодекса, но не возмещенные реорганизованной (реорганизуемой) организации, возмещаются правопреемнику (правопреемникам) в общеустановленном порядке.Из письма Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 07 августа 2006 г. № 03-04-11/13568
следует, что статьей 162.1 Кодекса установлены особенности применения налога на добавленную стоимость при реорганизации организации. Так, согласно пункту 8 данной статьи Кодекса при передаче правопреемнику товаров (работ, услуг, имущественных прав), в том числе основных средств и нематериальных активов, при приобретении (ввозе) которых суммы налога на добавленную стоимость были приняты реорганизованной (реорганизуемой) организацией к вычету в порядке, предусмотренном данной главой Кодекса, соответствующие суммы налога восстановлению и уплате в бюджет реорганизованной (реорганизуемой) организацией не подлежат.Норма пункта 3 статьи 170 Кодекса в отношении вышеназванных операций не применяется, и суммы налога на добавленную стоимость, ранее правомерно принятые к вычету, при передаче основных средств, нематериальных активов и иного имущества правопреемнику при реорганизации юридических лиц восстанавливать не следует.
Таким образом, при реорганизации в указанных формах организации не должны восстанавливать суммы НДС, ранее правомерно принятые к вычету по приобретенным основным средствам их правопредшественниками, при передаче их правопреемникам.
Вместе с тем, по мнению специалистов Минфина России, в случае если правопреемник в дальнейшем будет использовать полученное имущество для не облагаемых НДС операций, то он должен будет восстановить суммы налога, которые ранее были приняты к вычету реорганизованной организацией.
Согласно письму Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 30.07.2010 г. № 03-07-11/32369
на основании подпункта 2 пункта 3 статьи 170 главы 21 «Налог на добавленную стоимость» Налогового кодекса Российской Федерации (далее – Кодекс) суммы налога на добавленную стоимость, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе по основным средствам, подлежат восстановлению в случае их дальнейшего использования для осуществления операций, указанных в пункте 2 данной статьи Кодекса, за исключением передачи основных средств и (или) иного имущества правопреемнику (правопреемникам) при реорганизации юридических лиц.В соответствии с пунктом 4 статьи 58 Гражданского кодекса Российской Федерации при выделении из состава юридического лица одного или нескольких юридических лиц к каждому из них переходят права и обязанности реорганизованного юридического лица в соответствии с разделительным балансом.
Таким образом, в случае дальнейшего использования правопреемником имущества, полученного при реорганизации организации, для осуществления операций, не облагаемых налогом на добавленную стоимость, суммы этого налога по такому имуществу, принятые к вычету реорганизованной организацией, подлежат восстановлению правопреемником в общеустановленном порядке.