В то время в Синоде шла «борьба за преобладание» — именно так назвал свою повесть, посвященную данным событиям, Николай Семенович Лесков. Эту борьбу развернул обер-прокурор Стефан Дмитриевич Нечаев, занявший сей пост в 1833 году. До него, после Голицына, с 1817 года обер-прокурором был князь Петр Сергеевич Мещерский. При нем в Синоде, как сказано у Лескова, «в каждом угле расстилались тишь, гладь и Божия благодать», «строго соблюдалась тишина и порядок, почти как во время народного церковного богослужения». С приходом Нечаева все резко изменилось. По-своему это был незаурядный человек. Он навел порядок в канцеляриях, провел ревизии в духовных консисториях, начал разрабатывать устав духовных консисторий, установил контроль над финансами Синода, много делал для улучшения духовно-учебных заведений и положения белого духовенства, подготовил присоединение униатов к православной церкви. Как историк Стефан Дмитриевич прославился своими трудами по исследованию истории Куликовской битвы, много сделал для увековечивания памяти героев этого сражения, именно его стараниями на поле Куликовом была воздвигнута величественная колонна в виде колокольни, увенчанной златоглавым куполом и крестом.
Приход нового обер-прокурора совпал с переездом Синода в здание на Сенатской площади, творение великого архитектора Карла Ивановича Росси. Прежде Нечаев вел себя по отношению к Филарету весьма почтительно, но теперь почему-то решил показать, что обер-прокурор Святейшего синода — фигура гораздо более важная, чем митрополиты, включая и Петербургского, и Московского. Филарет к тому времени считался уже столпом в Синоде, и вскоре на него появился жандармский донос, как полагают, организованный самим обер-прокурором. Владыка направил оправдательное письмо государю и неожиданно вызвал недовольство царя именно тем, что сам себя оправдывал.
Следующий удар пришелся против Андрея Николаевича Муравьева, которого после выхода в свет его «Путешествия по святым местам Востока» почитали как благочестивого православного писателя. К тому же назначенный в Синод государем и продвигаемый всячески Филаретом, Муравьев со временем обещал сам стать обер-прокурором, и Нечаеву нужно было повалить соперника. Начали поступать доносы на Андрея Николаевича.
Зимой 1836 года, находясь в Петербурге, святитель Филарет чувствовал охлаждение к нему в обществе, вызванное интригами обер-прокурора. Старался не замечать происходящего. 18 января в Императорской академии наук он прочитал записку «О русской риторике XI века», которая и по сей день входит во все хрестоматии по риторике.
Борьба обер-прокурора за превосходство в Синоде внезапно окончилась, когда у Нечаева сильно заболела жена, ее отправили лечиться в Крым, там ей стало хуже, Стефан Дмитриевич вынужден был оставить дела и отправиться к супруге, быть при ней, покуда она умирала, а его должность 25 мая 1836 года передали товарищу министра народного просвещения графу Николаю Александровичу Протасову.
— Вот теперь-то и наступит конец света! — говорили синодалы, потому что тридцатисемилетний лейб-гусарский полковник Протасов имел репутацию «шаркуна и танцора».
Есть легенда, что Протасов, получив обер-прокурорское назначение, приехал к генерал-адъютанту Чичерину и сказал:
— Поздравь меня! Я — министр, я — архиерей, я — черт знает что!
Киевский митрополит Филарет (Амфитеатров), узнав об этом, остроумно заметил:
— Справедливо только последнее.
Филарет в Петербурге отсутствовал. Будь он в городе, возможно, ему удалось бы добиться назначения Муравьева. «Хотя смещение Нечаева и могло быть угодно Филарету, который не забывал обид и, конечно, помнил, как Нечаев сначала оклеветал его через жандармов, а потом подвел хитростью в немилость у государя, но что касается просьбы о назначении совершенно неподходящего к синодским делам гусара, то весьма трудно допустить, чтобы Филарет на это согласился», — пишет Лесков. Назначению Протасова способствовала императрица, которой он очень нравился. А петербургский митрополит Серафим (Глаголевский) не посмел воспрепятствовать, поскольку в свои семьдесят с лишним лет сделался весьма робким.
Об отношении Протасова к Филарету есть свидетельство Муравьева, что он «не имел к нему доверенности по старым наговорам о мнимом его мистицизме и что всего страннее, о про-тестанстве, когда по его единственному катехизису училась Православию вся Россия». Шлейф давнишнего покровительства Филарету со стороны расплодившего на Руси протестантов сумасброда Голицына так и тянулся за митрополитом Московским.