Прочитав письмо, Филарет не дал ему решительно никакого ходу, поскольку вообще презирал всякие анонимки. Зачем скрывать свое имя, ежели ты уверен в собственной правоте и настроен бесстрашно бороться со всем, что способно повредить православию? А если ты боишься назваться, стало быть, таишь в себе какое-то лукавство. Филарет не знал, что точно такие же письма, слово в слово, получили двое других высших архиереев — митрополит Петербургский Серафим (Глаголевский) и митрополит Киевский Филарет (Амфитеатров). Первый по своей немощи даже не удосужился прочесть письмо или прочитал, но не имел сил решить, что с ним делать. А вот второй отправился к обер-прокурору Протасову, вручил ему письмо, один экземпляр герасимовского литографированного перевода и свою приписку: «При самом поверхностном обозрении сего нечестивого творения нельзя не видеть с глубоким прискорбием, какое важное зло для православной Церкви и Отечества нашего может произойти от распространения его в духовных учебных заведениях и в народе». Протасов тотчас начал тайное расследование с целью выяснить, не получили ли таких же анонимных писем другие архиереи. Выяснилось, что и Филарет Московский, и Серафим Петербургский также стали адресатами послания. Обер-прокурор строго потребовал объяснений с их стороны, почему они, подобно Филарету Киевскому, не донесли ему о владимирской анонимке.
Митрополит Серафим оправдался своим тяжелым болезненным состоянием и умолял в письме обер-прокурора, «чтобы никто ни под каким видом и предлогом не отваживался посягать на переложение Священного Писания, долженствующего оставаться в том виде, в каком оно принято нами от наших благочестивых предков и доныне служило залогом нашего благоденствия».
Филарет Московский ответил рапортом от 11 февраля 1842 года: «Получив в одном из трех экземпляров известный Святейшему Синоду из Владимира неподписанный донос о существовании неправильного перевода некоторых книг Ветхого Завета с примечаниями, далеко уклоняющимися от истинного разума слов Божия и толкования святых отец, немедленно почувствовал себя озабоченным в отношении ко вверенной ему епархии, чтобы не населялись плевелы…» Далее он сообщил, что отдал распоряжение провести дознание в академии, но такое, чтобы не вызывать лишнего шума. Эти распоряжения он отдавал в письмах архимандриту Антонию: «Помнится, и от Вас слышал я о литографированном переводе некоторых книг Ветхого Завета. Из Владимира прислан против него донос, и дело едва ли не откроет имена всех, к кому он из Петербурга послан. Не хорошо ли было бы, если бы имеющие сие издание не по требованию, а сами представили оное начальству, как такое, в котором оказались немаловажные неправильности? Мне еще до сих пор не случилось рассматривать сей перевод, кроме кратковременного взгляда, но погрешности, указанные в доносе, важны». И в другом письме: «Поелику открылось, что послушник Бегемотов купил незаконно литографированный и неправославный перевод некоторых книг Ветхого Завета, а из сего открывается потребность предусмотрительного внимания на братию Лавры по сему предмету, то наместнику Лавры поручается тщательно дознать, нет ли у кого из братии сей книги; и, если сие откроется, изъяснить незаконность сего и расположить, не ожидая формального изыскания, представить книгу для представления ко мне и для препровождения куда следует».
Обер-прокурор был вне себя. Николаю Александровичу, наконец, представилась возможность распекать сильного московского митрополита, выставить его виноватым в бездействии по поводу крамольного перевода Библии. Возможно, к этому-то времени и относится едкое замечание владыки Филарета по поводу гонений со стороны Протасова, уже ставшего генералом, числящимся в списках все того же лейб-гвардии Гусарского полка:
— Шпоры генерала цепляются за мою мантию.
Высказывание дошло до ушей самого Протасова, и тот в бешенстве докладывал о словах Филарета государю. Николай Павлович разделил гнев Николая Александровича, но когда обер-прокурор удалился из его кабинета, царь подошел к окну и, барабаня пальцами по стеклу, усмехнулся:
— А ведь хорошо сказано!
Остроумное выражение вмиг стало крылатым в архиерейской среде. Отныне всякий раз, чувствуя какое-либо притеснение со стороны светской власти, церковные иерархи спешили с улыбкой произнести: «Шпоры генерала цепляются за мою мантию».
Вместо того чтобы разумно и спокойно уладить дело, Протасов продолжал раздувать скандал. Филарет писал Антонию: «Трудны скорби церковные. Волны восстают, и тишины за ними не видно. Иона, своеволием виновный в буре, обличен, — но буря не хочет оставить в покое сущих в корабле. Молитвами да помолимся Тому, Кто запрещает ветрам и морю».