В конце 1822 года в Благовещенской церкви появился новый прихожанин Иван Крюков, сорок лет проживший в колониях Российско-Американской компании. Своими рассказами он вдохновил молодого батюшку искать апостольского служения на Аляске. А когда иркутский епископ Михаил получил указание Святейшего синода о том, что на Алеутские острова нужно послать священника, отец Иоанн решился отправиться туда и 7 мая 1823 года выехал из Иркутска вместе с семьей. Он изучал язык островитян, обучал алеутов столярному, плотницкому, слесарному и кузнечному делу, изготовлению кирпича и каменной кладке. Построив храм, он стал постепенно приучать своих новых друзей к христианству. Он переводил православные молитвы на алеутский язык, а потом начал переводить Евангелие от Матфея.
Проведя десять лет на алеутском острове Уналашка, отец Иоанн в 1834 году был переведен на Аляску — в Михайловский собор Новоархангельского порта, расположенного на западном берегу острова Ситка. Здесь продолжилось его апостольское служение. На Ситке отец Иоанн устроил школу для новообращенных и их детей, где обучал их Закону Божию, грамоте и разным ремеслам, сам составлял учебники. На островах он написал «Опыт грамматики алеутско-лисьевского языка», а теперь так же рьяно взялся за изучение колошенского и кадьякского языков обитателей Аляски.
В 1839 году батюшка Иоанн приехал в Петербург, где ему необходимо было провести беседы с высшим церковным начальством о необходимости материальной поддержки его апостольским делам. Его тепло встретили и в Санкт-Петербурге, и в Москве, его работы готовились к публикации, успешно шел сбор средств…
25 ноября 1839 года отца Иоанна постигло страшное горе — в Иркутске внезапно скончалась его супруга. Кто мог лучше утешить горестного священника, чем святитель Филарет Московский, находившийся тогда в Петербурге на очередной сессии Святейшего синода! Встретившись с отцом Иоанном, владыка стал горячо убеждать его в том, что смерть Екатерины Ивановны есть несомненный знак Божий.
— Пришло время, отец Иоанн, принять монашество. Такой просветитель, как вы, должен быть архиереем.
Беседы с Филаретом сильно повлияли на батюшку. Покуда он готовился к принятию монашеского пострига, ездил молиться в Троице-Сергиеву и в Киево-Печерскую лавры, Филарет хлопотал об устройстве его детей. В итоге дочери отца Иоанна поступили в Патриотический институт, а сыновья — в Санкт-Петербургскую духовную семинарию.
Все это время отец Иоанн постоянно молился святителю Иннокентию Иркутскому, и когда 29 ноября 1840 года в Петербурге митрополит Филарет совершал постриг, он назвал новоявленного монаха Иннокентием. На другой день инок Иннокентий был возведен Филаретом в сан архимандрита. Вскоре с архимандритом Иннокентием по совету Московского Златоуста встретился государь император. Николай сообщил ему о новом назначении — епископом вновь созданной по решению Святейшего синода епархии. 15 декабря 1840 года Филарет совершил архиерейскую хиротонию, и Иннокентий стал епископом Камчатским, Курильским и Алеутским.
10 января 1841 года Филарет благословил Иннокентия, и тот отправился из Петербурга на другой конец бескрайней Российской империи. По пути он заехал в Москву, потом в Троице-Сергиеву лавру, передал от Филарета письмо архимандриту Антонию: «Примите, отец наместник, подобающим образом преосвященного Иннокентия Камчатско-Алеутского и образом от обители благословите. Он уполномочен брать с собою потребных ему людей и желающих служить при нем. Если у нас найдется желающий и ему угодный, не будем скупы. И не останавливайтесь за перепискою со мною. На многое не отвечаю еще Вам, потому что простуда не позволяет долго держать на земле ноги, а лежащий писать еще не выучился.
Мир Вам и братии.
СПб. Января 10. 1841».
11 марта епископ Иннокентий приехал в Иркутск, а 27 сентября сошел на берег своей епархии. В 1842 году епископ Иннокентий начал на Ситке сооружение Миссионерского дома с Благовещенской часовней. Сейчас это здание — старейшая постройка на Аляске.
Так по слову Филарета начался новый этап апостольского служения замечательного светильника православной веры, коему суждено будет после смерти Московского Златоуста занять его место на московской кафедре! Но до этого события впереди было еще четверть века. Разделенные друг с другом немыслимыми расстояниями, Филарет и Иннокентий продолжали дружить, постоянно переписываясь. В трудные минуты жизни Иннокентий всегда искал у Филарета духовной поддержки и получал ее.
Находясь зимой 1840/41 года в Петербурге, московский митрополит присутствовал при переходе в православие невесты цесаревича. Принцесса Максимилиана-Вильгельмина-Августа-София-Мария Гессен-Дармштадтская, помолвленная с наследником Александром Николаевичем еще в апреле, приехала в Петербург и 5 декабря 1840 года была миропомазана и наречена великою княжною Марией Александровной. На другой день праздновались именины Николая I, и в сей день Мария Александровна и Александр Николаевич торжественно обручились. В письме архимандриту Антонию Филарет так описал это событие: