Наконец владыка получил литографированный перевод и мог с ним ознакомиться. Некоторым облегчением стало для него то, что труд отца Герасима и впрямь оказался заслуживающим многой критики. «И перевод нехорош, а особенно худы приделанные к нему замечания или введения, противные достоинству священных книг и уничтожающие в них пророчества о Христе», — такую оценку дал Филарет переводу. Плохо было то, что Протасов и послушные ему члены Синода продолжали травлю и Филарета Московского, и даже Филарета Киевского. «Смотря на сие дело так, как оно теперь открылось, здесь смотрят не столько как на простой недосмотр или недоумение, что делать, сколько как не прикрытие неправославного дела, на получение экземпляров сего перевода и непредставление их начальству немедленно, — писал Филарет Антонию и далее горестно сетовал на то, что теперь его мечта о продолжении перевода Библии как никогда далека от осуществления: — Для уничтожения вреда, уже сделанного, и для удовлетворения нужде, конечно, надлежало бы доставить правильное пособие чтению Ветхого Завета с разумением. Но худой перевод сделал еще более страшною мысль и о хорошем переводе, которой некоторые и прежде боялись. Даже мысль издать славянский перевод с объяснительными примечаниями встречают недоумением и опасением. Один Господь может помочь людем Своим, да не страждут гладом слышания слова Божия и да не прельщаемы будут ложною пищею».
Понимая, что нескоро теперь придется снова ставить вопрос о переводе Библии, Филарет решил в сей момент добиться хотя бы издания всей Славянской Библии с объяснительными примечаниями. Он имел разговор об этом с киевским митрополитом, и тот поддержал его. Каким-то образом их беседа дошла до сведения Протасова, и тот не постеснялся спросить Филарета Московского, был ли такой разговор.
— Да, был, — признался святитель.
— В таком случае прошу изложить суть ваших бесед на бумаге, — приказал Протасов.
28 февраля 1842 года владыка Филарет написал проект, начинавшийся словами: «Ложное, несообразное с достоинством Св. Писания и вредное понятие о пророчествах и некоторых книгах В. Завета, которое выразилось и более или менее распространилось посредством литографированного перевода, требует врачебного средства. Одни запретительные средства не довольно надежны тогда, когда любознательность, со дня надень более распространяющаяся, для своего удовлетворения бросается на все стороны, а тем усильнее прорывается на пути незаконные, где не довольно устроены законные. Посему нужно позаботиться о доставлении правильного и удобного пособия к разумению Св. Писания».
Далее он по пунктам предлагал издавать истолкование священных книг, положив в основание греческий текст семидесяти толковников, в особых случаях и еврейский текст, толкования писаний Ветхого Завета в Новом Завете, толкования Святых Отцов; «сделать издание всей Славянской Библии, приспособленное к удобнейшему употреблению и разумению», объяснить все непонятные слова и выражения, «в пророчествах кратко указать на главнейшие события», «на некоторые тексты, особенно вредным образом злоупотребляемые лжеучителями, сделать краткие предохранительные истолкования, например, текст: суть скопцы, иже скопиша себе царствия ради небесного, истолковать так, чтобы скопец, раскрыв Библию для защищения своего учения, нашел тотчас опровержение»; и, наконец, «издать Славянскую Библию с означением над каждою главою ее содержания, а на конце приложить словарь невразумительных слов, с истолкованием оных, который, впрочем, надобно признаться, трудно сделать удовлетворительным, потому что темнота не всегда состоит в слове, а часто в составе слов, которые порознь невразумительны, и потому, что читателю утомительно часто перекидываться от текста к словарю».
Получив сей документ, обер-прокурор прочитал его митрополиту Серафиму, и тот назвал намерения обоих Филаретов излишними и опасными. Протасов потребовал, чтобы Серафим письменно выразил свое суждение, после чего понес императору проект Филарета вместе с мнением Серафима. Император 7 марта высочайше одобрил резолюцию петербургского митрополита, потребовал дознания, кто именно из духовных лиц виновен в распространении переводов Библии, и приказал усилить «меры к охранению книг Священного Писания в настоящем их виде неприкосновенно».
Филарет снова сильно простудился, но 10 марта, превозмогая болезнь, вынужден был прибыть в Синод, где ожидалось объявление воли императора. Но к середине заседания ему стало совсем худо, и он покинул здание на Сенатской площади как раз накануне объявления решения царя. Оно и хорошо, иначе бы с ним мог случиться удар, потому что все сходилось к тому, что виноватее всех были он и митрополит Филарет Киевский. В своем дневнике Московский Златоуст написал: «Болезненность заставила меня прежде времени выехать из С<вятейше-го> С<инода>, и тем Бог сохранил меня от слышания несколько трудного».