По мнению Галилея, истина записана не в текстах Аристотеля, а в величайшей книге природы, написанной языком математики. Именно применяя математические рассуждения, человеческий разум уподобляется божественному. Хотя божественный разум неизмеримо превосходит разум человека, поскольку способен посредством мгновенного усмотрения, интуиции открыть все истины природы целиком и сразу, однако человеческий разум с помощью математики познает пусть только некоторые истины, но столь же совершенно, как и разум божественный. "Истина, познание которой дают нам математические доказательства та же самая, какую знает божественная мудрость". Тем самым Галилей выступает против типичного для античности "разведения" математики и науки о природе. Галилей убежден, что применение математики совершенно необходимо для изучения как раз природы, для отыскания за видимостью, кажимостью первичных качеств природных объектов. Для этого нужно прибегнуть, говоря современным языком, к теоретической, мысленной конструктивизации действительности, к введению в ткань науки идеализации, позволяющей увидеть объект, природный процесс в упрощенном, но не искаженном нашими чувствами виде. Примером успешного применения такой мысленной конструктивизации, требовавшей выхода за пределы чувственности, обыденного наблюдения, является обоснование Галилеем закона инерции и принципа относительности движения.
Наконец, обыденному наблюдению физики Аристотеля Галилей противопоставляет эксперимент. В научном эксперименте как раз и находит свое проявление принцип конструктивизации, поскольку осуществление эксперимента возможно лишь при условии выделения и фиксации отдельных свойств в чистом виде, т.е. создания идеализированной модели исследуемого объекта. Иными словами, у ученого появляется возможность не просто пассивно следовать свидетельствам чувств, но задавать вопросы природе, основываясь на исследовании выделенных свойств в ходе эксперимента, т.е. в ходе активного предметно-практического воздействия исследователя на изучаемый объект. Тем самым ломается характерная для античности установка, согласно которой мудрым считался тот, кто не принимал участия в практическом преобразовании действительности, а только созерцал ее как бы со стороны.
Эксперимент проводится Галилеем широко, планомерно, систематически для подтверждения или опровержения того или иного теоретического положения (достаточно указать на галилеевские эксперименты, связанные с изучением свободного падения тел). Все это приводит к тому, что эксперимент становится неотъемлемым компонентом научного познания. Галилей фактически впервые в истории научного познания использует полноценный научный метод, гармонически соединяющий теорию, эксперимент и математику. В самом деле, Галилей в своих исследованиях сочетает теоретический анализ, математические рассуждения, вычисления и доказательства, измерения, наблюдения и эксперимент. Так, теоретические и математические доказательства, развернутые им в "Диалоге" в защиту гелиоцентрической системы, он старается подтвердить эмпирическими данными, полученными в результате наблюдения звездного неба с помощью им самим сконструированного телескопа. Аналогично, широко применяются Галилеем эксперимент, измерения, математические и теоретические рассуждения и при исследовании других проблем естествознания: свободного падения тел, движения Земли, скорости света, колебаний маятника, условий всплывания тел и т.д.
Иными словами, формирование научного метода не останавливается на стадии философского обоснования его возможности. Возможность нового метода была превращена в действительность в трудах основоположников естествознания. Окончательное завершение процесса становления нового метода, новой системы познания, т.е. классической науки, связано с именем Ньютона, который был творцом первой обширной плодотворной системы теоретической физики, по выражению А. Эйнштейна. С этого момента наука, плодотворно развив заимствованный у философии опыт теоретического исследования, стала изучать действительность своими собственными теоретическими средствами. Теоретическая самостоятельность науки по отношению к философии является необходимым условием завершенности ее метода, ее познавательной системы, эффективность которой была впоследствии блестяще подтверждена. Именно при этом условии мы можем утверждать, что сложилась вполне зрелая, сформировавшаяся система науки и научного метода, что отношения философии и науки постепенно в ходе последующего исторического развития становятся отношениями самостоятельных и в то же время активно взаимодействующих между собой партнеров.