Как это часто бывает, грандиозное приобретение превратилось в большую беду и для самого Юхана, и для шведов и поляков еще на сто пятьдесят лет. По существу, будучи герцогом, он оказался гораздо более влиятельным, чем его брат-король. Интересы короля Эрика и герцога Юхана схлестнулись, и первой жертвой стал обвиненный в государственной измене Юхан. Шведские аристократы делились на хозяйственников и фриков, и если Эрик был ярким представителем фриков, то Юхан столь же твердо проявлял прагматизм: если Эрик воевал за Ревель, то Юхан купил владения в Ливонии при посредничестве Сигизмунда Августа. Эти его действия были расценены как измена, потому что на деньги, отданные польскому королю, претендовал король Эрик, которому они были нужны для ведения войны. Катерина Ягеллонка всего-то с полгода обустраивала замок в Турку, и вот 12 августа 1563 года он сдался войскам короля Эрика XIV. А Катерина Ягеллонка вместе с Юханом отправилась в заточение в шведский замок Грипсхольм. Полагают, что Иван Грозный послал Эрику просьбу освободить Катерину и отправить ее в Москву. В заключении в Грипсхольме Катерина родила троих детей, из которых выжили двое: будущая герцогиня Финляндская Анна и будущий король Швеции и Польши Сигизмунд III.
Не прошло и четырех лет, как судьба шведского королевского дома поменялась самым драматическим образом. Эрик XIV, подобно Ивану Грозному, панически боялся измены родовитых дворян. В годы его правления лет за шесть было замучено более трехсот человек. Впрочем, король мог и вернуть свое расположение придворному, подвергнутому преследованиям и пыткам. Так, дипломата Нильса Свантессона Стуре прямо из застенка, покрытого ранами, провезли в соломенной короне по улицам Стокгольма, как тогда обычно поступали с теми, кого намеревались отправить на эшафот. Однако король «простил» его, чтобы послать свататься к очередной благородной невесте. В 1567 году в припадке ярости Эрик XIV повелел в тюрьме королевского замка в Упсале убить его отца Сванте Стуре-младшего, правителя Эстонии во время Ливонской войны 1562–1564 годов, вместе с самим Нильсом и братом его Эриком, и заодно с ними еще двоих высокородных дворян, которых облыжно обвинили в измене. Стоит напомнить, что Стуре не только принадлежали к самым родовитым и заслуженным аристократам Швеции, но и являлись родственниками короля.
В этот день, посещая заключенных, Эрик сначала был милостив и со слезами на глазах просил Сванте Стуре о примирении, но, выйдя из камеры, встретил своего секретаря Ёрана Перссона, который играл при нем роль Малюты Скуратова (с важным отличием: он был палач-интеллектуал, один из учеников Меланхтона, наряду с Агриколой). От Перссона король услышал сплетню о том, что сторонники его брата Юхана, сидящего в Грипсхольме, подняли восстание. Эрик обнажил шпагу и немедленно вернулся в тюрьму, Нильса заколол сам, затем бросился в камеру к Сванте Стуре. Он сказал, что теперь вынужден убить и Сванте Стуре, так как, прикончив его сына, не надеется на его прощение. Убийства попытались сохранить в тайне: замок закрыли, и стража, как в сталинских тюрьмах, принимала у родственников еду для убитых узников. Вскоре страшные новости облетели город и достигли Стокгольма. Аристократии это очень не понравилось, возник заговор. Но король еще полтора года продолжал сохранять власть, пока не решил в июле 1568 года провести церемонию коронации Катарины Монсдоттер. Теперь уже врагом его оказался другой сводный брат – принц Карл Васа, который не явился чествовать коронованную цветочницу. Эрик велел взять Карла под арест, и тогда наконец противники непредсказуемо яростного короля решились действовать: в сентябре 1568 года он был низложен, а Юхан, просидевший в заключении пять лет, освобожден и в 1569-м коронован на престол Швеции как Юхан III.