В 1548 году на финском вышел в свет иллюстрированный гравюрами перевод Нового Завета, который Агрикола осуществил вместе с Мартти Тейтти и Симо Выборжцем, двумя другими финскими студентами Лютера и Меланхтона в Университете Виттенберга в 1536–1539 годах. Новому Завету Агрикола предпослал два вступительных слова: первое рассказывало о богословских вопросах, второе – о сложении самого Нового Завета и об этапах христианизации Финляндии: всех финноязычных племен, ее населявших. Соответственно, говорил Агрикола и о тех разных диалектах, на которых, кроме латыни, молились жители страны.
Библия на финском полностью была напечатана лишь в 1642 году: над ней трудились уже последователи Агриколы по заказу Густава II Адольфа, а сам он вместе с помощниками – среди них известен биограф-соперник Агриколы, будущий епископ Выборга Паавали Юстен, – успел переложить на финский псалтырь и собрание текстов Ветхого Завета. Сборник Агриколы о Страстях Христовых читали в церквях на Страстной неделе, для священников подготовил он также требник и служебник.
Во вступлении к Давидовой псалтыри он перечислил языческих богов карелов и жителей Хяме, действуя как первый финский этнограф. Наравне с героем карело-финских рун древнейшим шаманом-великаном Антеро Випуненом упоминал он и богатыря Калева, по версии Агриколы, прародителя других богов – бога грома Укко и богиню воздуха Илматар. Этот список был наполовину вымышленным: всего языческих богов фигурировало по 12 человек, чтобы их потом легко мог заменить соответствующий апостол, так как лютеране с особым тщанием искореняли народные верования.
Наступили жесткие времена проповедников и реформаторов. Агрикола печатно не передает пастве молитв Богородице, а только Отцу, Сыну и Святому Духу. Уходят в прошлое готические чудные девы Хаттулы. Но в Финляндии в XVI–XVII веках еще сохранялись народная культура церковных праздников и элементы литургического эстетизма, свойственные католической мессе и упраздненные лютеранами в других местах: росписи и скульптура, праздники в День архангела Михаила и Рождества Богородицы, праздничные ярмарки в Дни святого Генриха, облачения священников (Агрикола носил епископскую митру и служил мессы в праздник Рождества Девы Марии). Лишь в 1670-е годы туркуские епископы Исаак Ротовиус и Юхана Гезелиус существенно усилили «постный» дух Реформации и борьбу с язычеством. Ротовиус, один из переводчиков Библии и создателей Туркуской академии, запретил цветные облачения на церковных службах; а Гезелиус, основатель типографии в Турку и автор первой в Швеции латинской энциклопедии по философии и математике, приказал уничтожить все скопившиеся в архивах записи народных заговоров.
В самый разгар Реформации Агрикола был рукоположен сначала каноником капитула, а потом первым лютеранским епископом Турку и оказался вынужден тратить жизнь на защиту церковного имущества и владений от покушений королевской администрации. Поначалу от епархии требовали перечислять в королевскую казну содержание одного писца в год, но потом король начал проводить масштабные реквизиции. Густав I Васа, с одной стороны, Агриколе покровительствовал – назначил в 1554 году епископом и через три года включил его в дипломатическую миссию, направленную в Москву на мирные переговоры после неудачной попытки шведов захватить берега Невы (эта поездка в Московию обернулась для ученого смертью). С другой стороны, король жестко контролировал и ограничивал его власть образованного человека и духовного лидера: своим повелением король уволил Агриколу с поста ректора школы и разделил Туркуское епископство на два, вычленив Выборгскую епархию. Таким образом, у Агриколы как у епископа Туркуского было меньше паствы и доходов, чем у его католических предшественников. В 1544-м между королем и Агриколой произошло первое серьезное столкновение, когда Агрикола отказался послать выпускников своей школы в королевские писцы: он явно хотел для них не бюрократической, а гуманитарной карьеры. Даже Новый Завет Агриколе пришлось печатать на собственные средства, не получив на это королевской субсидии. Вообще в 1540-х годах король начал было реформировать Церковь и государство с помощью немецких бюрократов – кризисных управляющих, но это явилось причиной восстания, тогда король вынужден был выслать немцев и слегка ослабить хватку так, что Церковь, лишившись государственной власти, все же сохранила собственное устройство и внутреннюю независимость.