Время шло. Флоренский опубликовал письма отца Серапиона и свою статью о нём «К почести вышнего звания», напечатал «Данные к жизнеописанию» архимандрита. Но главный труд Машкина всё не появлялся в печати. Даже из тех немногих, кто знал об этом труде, никто бы, наверное, не спохватился, если бы написавший в 1908 году кандидатское сочинение, в 1912-м — магистерскую диссертацию, а в 1914-м — на их основе книгу из двенадцати философских писем «Столп и утверждение Истины» сам Флоренский в одном из примечаний к «Столпу» не обмолвился: «Не могу не выразить своей радости, что бо́льшую часть мыслей письма второго и, отчасти, третьего с четвертым я могу опереть на авторитет архимандрита Серапиона (Машкина́). В излагаемом тут виде очень многие идеи взяты из его рукописей, но какие именно — пусть читатель, интересующийся вопросами идейной собственности, сам определит, когда появятся в свет подлинные сочинения о. Серапиона. Что же до меня, то мысли покойного философа и мои оказались настолько сродными и срастающимися друг с другом, что я уже не знаю, где кончается „серапионовское“, где начинается „мое“, тем более, что общность наших отправных точек и знаний неизбежно вызывала однородность и дальнейших выводов». В примечании также говорилось о знакомстве с отцом Серапионом и о судьбе его рукописи. Тем самым Флоренский ненароком породил во флоренсковедении так называемый «машкинский вопрос».
Некоторые из современников заподозрили Флоренского в плагиате: кто-то в плагиате идей, а кто-то в буквальной выдаче работы Машкина за свою. Так, в рецензии на «Столп» архимандрит Никанор (Кудрявцев) писал: «…важно решить вопрос об истинном творце „Столпа“. — Тот ли он, чьё имя красуется на обложке книги, увенчано магистерскими лаврами, осыпано цветами похвал и от чьего лица ведётся всюду речь в „Столпе“, или это другое лицо?!» Критика тревожило, что рукопись Машкина не обнародована, а Флоренский при этом защитил диссертацию и издал объёмный философский труд. В доказательство плагиата автор рецензии, знакомый с текстом Машкина только по фрагментам из отзыва профессора А. И. Введенского, приводит сходство заголовков («О духовной Истине» — магистерская диссертация Флоренского; «О нравственной достоверности» — кандидатское сочинение Машкина) и подзаголовков работ двух учёных («Опыт системы христианской философии» — Машкин; «Опыт православной теодицеи» — Флоренский), а также отдельные словесные сходства («достоверность удостоверяет» — Флоренский; «воля может оволеваться» — Машкин), которые, впрочем, мерещились исключительно отцу Никанору.
Ещё дальше в «машкинском вопросе» уже в наше время зашла Р. А. Гальцева. В постмодернистском духе, который ставит под сомнение существование всего, даже самих постмодернистов, она предположила, что отец Серапион (Машкин) — это своего рода Оссиан, придуманный Флоренским, или в крайнем случае реальный человек, жизнь которого Флоренский мифологизировал, затеяв литературную мистификацию с якобы найденной рукописью. По мнению Гальцевой, идя на это, Флоренский преследовал две цели. Во-первых, он создал принципиально иной тип письма и философствования, предполагающий, словно коллаж, соединение всего и вся. И якобы, чтобы не стать изгоем среди современников, обезопасился преемством от «мифического» Машкина. Во-вторых, размышляет Гальцева, Флоренскому, чтобы очистить для себя пьедестал, необходимо было низвергнуть крупнейшие философские авторитеты, в первую очередь Канта и В. С. Соловьёва. И таким ниспровергателем должен был стать именно «придуманный» им Машкин. Ведь он, в отличие от Канта, не «кабинетный философ», а его стремление к «цельному знанию» гораздо сильнее, чем у Соловьёва.
Такое умение вкладывать в чужие слова ложные смыслы поразительно. Даже поверхностного знания биографии и наследия Флоренского достаточно, чтобы понять его отношение к Канту, которого он переводил, о котором писал статьи, которого с пиететом цитировал во многих работах. А ради Соловьёва он после гимназии стремился в Петербургский университет, был активным участником общества памяти философа, его последователем в «софиологии», что нашло отражение в том числе и в «Столпе».
Подобно Шолохову, не опускавшемуся в вопросах авторства «Тихого Дона» до самооправданий, Флоренский никак не реагировал на обвинения в плагиате, зная, что оправдывается только виноватый. В дневниках Флоренский благодарил отца Никанора за то смирение, которое ощутил благодаря ему: «Меня столько хвалили, что пора и поругать. Нехорошо лишь, что статья написана с нескрываемой злобой; этого последнего обстоятельства я не понимаю, ибо, право же, не нахожу в себе вины перед о. Никанором, который уже неоднократно и в Академии, и вне её делал на меня разные нападения. Но я постарался вчера от души помолиться об этом человеке».