Министр финансов, считавший сохранение Панамской компании делом государственной важности, внес в палату депутатов законопроект о льготном режиме погашения ее долгов, но на этот раз депутаты проголосовали против. Это означало конец для деятельности компании. Вскоре суд департамента Сена по гражданским делам сначала назначил в нее временных управляющих, а 4 февраля 1889 г. официально объявил о ее банкротстве и ликвидации. М. В. Барро писал, что к этому моменту «расход предприятия превосходил миллиард франков, но можно сказать положительно, что больше трети этого капитала ушло неизвестно куда. Расход на рекламу, несомненно, представлял чудовищную цифру в пятьдесят миллионов, но это все-таки не миллиард. Стоимость работ, произведенных ко времени краха, и машин определена проверочной комиссией в 450 млн, итого — 500, но все же и это не миллиард, а половина. После этого справедливо будет заключение, что панамское предприятие, имевшее целью прогресс человечества, было на самом деле какой-то язвой, заражавшей организм Франции.
От ошибки к ошибке, от преступления к преступлению — такова вкратце история Панамского канала».
В процессе ликвидации компании выяснилось, что на ее балансе не осталось ликвидных активов, за исключением гигантской недокопанной канавы и кучи ржавеющей техники в сельве Центральной Америки. Крах столь масштабного предприятия повлек за собой разорение тысяч мелких инвесторов (ведь только небольшая доля ценных бумаг принадлежала юридическим лицам). Общее же число физических лиц, пострадавших в результате банкротства компании, составило около 700 тысяч. Именно по этой причине компания являлась народной, а ее банкротство потрясло всю Францию и имело для страны немалые негативные экономические и политические последствия. На протяжении нескольких лет компания забирала в среднем до 200 млн франков народных сбережений в год, и все они пошли прахом, поскольку при ликвидации у нее практически не оказалось ценностей хотя бы для частичной уплаты долгов держателям облигаций, не говоря уж об акционерах. Французские экономисты считают, что эта катастрофа существенно подорвала во Франции конца XIX века склонность к сбережению, являющуюся важнейшим фактором экономического роста.
Скандал разразился в 1891 г., за год до предполагаемого окончания строительства. Лессепс неожиданно заявил, что канал все-таки должен иметь шлюзы и плотины. Подобного поворота событий обманутая в лучших ожиданиях общественность не потерпела.
Затем началось расследование, выявившее грандиозную коррупцию. Хотя прямого воровства и расхищения достоверно установлено не было, выявились факты расточительства, халатности, некомпетентности и коррупции в высших эшелонах власти. Из всех денег, собранных компанией (1,3 млрд франков), 104 млн составили расходы на услуги банков и 250 млн были выплачены в виде процентов по облигациям и их погашения в срок. Руководители компании обвиняли подрядчиков в завышении цен и недобросовестности: им было выплачено около 450 млн франков, но доля реально выполненных работ в общей смете не превышала одной трети. Кроме того, для того чтобы спасти строительство канала, руководство компании многократно подкупало французских чиновников, парламентариев, журналистов, а также их колумбийских коллег. Делалось это через посредников и агентов, которые имели доступ в высшие сферы государства и секретно передавали деньги нужным людям. Главные посредники были алчными авантюристами, не стеснявшимися в средствах. Они собирали компрометирующие документы, чтобы шантажировать получателей взяток. Возник криминальный список таких лиц, фамилии части из них стали известны, другая часть скрывалась за непонятными кодами. Все это привело к сенсационным разоблачениям, политическим интригам и скандалам во Франции, которые стали причиной падения трех правительств. В аферах, связанных с Панамским каналом, оказались замешаны не только различные высокопоставленные чиновники, 510 депутатов парламента и сам президент палаты депутатов Бюрдо, но и многие министры, включая бывшего министра Байго, взявшего взятку в 300 тыс. франков, и будущего премьера Жоржа Клемансо. В связи с этим по шокированной Франции прокатилась волна самоубийств «заинтересованных лиц».