Впрочем, и на этот раз вскоре остро встала проблема инвестиций, работы в Панаме остановились. Бюно-Варилья начал истово искать нового крупного инвестора уже за пределами родной страны. И в конечном счете это дело взяло в свои руки не европейское государство, а Соединенные Штаты Америки. Неутомимый Филипп Бюно-Варилья, как ураган, примчался в США для лоббирования панамского проекта, и дело получило совсем другой оборот. Усилия, которые предпринял энергичный француз, чтобы убедить американские власти и общественное мнение в преимуществе продолжения французской инициативы, позже принесли ему славу одного из самых известных и эффективных лоббистов в политической истории США, а заодно и репутацию хитрого и нечистого на руку авантюриста. В ход шли и восхваления Панамского перешейка и французского опыта, и доверительные беседы с политиками, и теплые взаимоотношения с прессой. В итоге Бюно-Варилья своего добился: в 1902 г. США купили имущество новой Компании Панамского канала и все права на продолжение его строительства. Был разработан новый договор, по которому вся полоса земли, по которой проходил канал, изымалась из-под суверенитета республики Колумбии. Города Колон и Панама объявлялись свободными портами. Охрана канала возлагалась на правительство Республики Колумбии. Правительство США обязывалось единовременно выплатить правительству Республики Колумбии жалкую сумму в 10 млн долларов и затем ежегодно выплачивать небольшую денежную компенсацию в 250 тыс. долларов. Этот договор уже 18 марта 1903 г., через месяц после приобретения прав на канал, был подписан обоими правительствами и представлен на ратификацию их сенатам.
Однако вскоре процесс застопорился из-за сложных отношений США с Колумбией, не проявившей особую уступчивость при ратификации нового договора о строительстве и управлении каналом. Сенат Колумбии под давлением народных масс, возмущенных кабальными условиями, отверг договор, требуя обеспечения своего суверенитета над зоной канала и желая получить за представляемую концессию большую компенсацию. Отказ сената Колумбии вызвал бурю возмущения среди правящих кругов США. Президент Теодор Рузвельт предлагал не церемониться со случайными владельцами нужной Америке территории и расправиться с ними по своему усмотрению. Пустив в ход подкуп и нажим, американские предприниматели Уолл-стрита через свою агентуру 4 ноября 1903 г. устроили «панамскую революцию». При поддержке США и не без активной помощи интригана Филиппа Бюно-Варильи Панаме удалось отделиться от Колумбии. Так возведение межокеанского канала поставило второй рекорд. Никогда — ни до, ни после этого — специально под коммерческую сделку не создавалось независимое государство. Оценивая впоследствии значение деятельности Бюно-Варильи в решении панамских проблем, Теодор Рузвельт заявлял: «Я взял Панаму, потому что Бюно-Варилья преподнес мне ее на серебряном блюде».
Вновь образованная республика Панама, включающая 84 тыс. км², в том числе и зону прохождения будущего канала, объявила себя независимой от Колумбии, и во главе ее стали проамериканские прожженные дельцы. Т. Рузвельт немедленно предписал командирам американских военных судов, стоящих в Колоне и тихоокеанском порту Мексики — Акапулько, не допускать высадки на берега Панамы колумбийских войск, направляющихся туда для подавления «революции». Американская дирекция Панамской железной дороги также отказалась перевозить для этой цели колумбийских солдат. Всего через неделю после «революции» США поспешили формально признать независимость и самостоятельность Республики Панамы.
Участник первой панамской аферы, авантюрист Филипп Бюно-Варилья, лично вручил первому президенту Панамы Герреро вместе с деньгами флаг будущего государства. Говорят, что он был придуман самим Бюно-Варильей за бокалом бурбона в цветах американского флага и сшит в Вашингтоне женой француза. Взамен ловкий парижанин был назначен полномочным министром нового государства. В этом качестве он и подписал 18 ноября 1903 г. договор о постройке канала на еще более выгодных условиях для США, чем тот, который был ранее отвергнут сенатом Колумбии. Знаменательно, что в качестве официальной панамской печати под ним была поставлена печать США. «Печатью бесчестия» назовут ее потом латиноамериканцы. Руководство Панамы вскоре ратифицировало этот договор, который даже не перевели на испанский. 26 февраля 1904 г. территория, прилегающая к каналу, в 1422 км² с населением 14,47 тыс. человек была присоединена к США и названа «Зоной Панамского канала». Республика Колумбия не рискнула на войну с американцами и была вынуждена признать свое поражение.