Севрюгин давно знал Стародубцева, и поначалу губернатор пытался использовать авторитет бывшего члена ГКЧП в своих целях. Какое-то время они вместе работали над аграрной реформой в области, но их пути быстро разошлись. Если Севрюгин, попытавшись избраться в народные депутаты РФ весной 1993-го, проиграл какому-то майору, то Стародубцев в конце 1993 года решил баллотироваться от области в Совет Федерации, который в первом своем составе был избираемым, и прошел в него. Победа гэкачеписта стала для Севрюгина и личным унижением, и свидетельством того, что он не контролирует область. Кроме того, Стародубцев и без того популярный политик, теперь еще обрел и официальный мандат, с правом направлять запросы власти. Севрюгин отныне видел в нем своего соперника и начал со Стародубцевым открытую борьбу. Было развалено АПО «Новомосковское», чтобы лишить его опоры и ресурсов. Через областную думу попытались протащить законопроект о том, чтобы запретить баллотироваться в губернаторы лицам старше 65 лет — документ был прямо направлен против Стародубцева, которому в декабре 1996-го как раз столько и исполнилось. В подконтрольной печати публиковались статьи против председателя колхоза имени Ленина. Название одной из них было примечательно — «Кошка бросила котят».
Став членом Совета Федерации (находясь еще под судом по делу ГКЧП!), Стародубцев вновь вышел на политическую арену. Суд закончился ничем, поскольку в феврале 1994-го Госдумой была объявлена амнистия, которую после колебаний Стародубцев принял по уговору Валентина Варенникова. К тому времени он был переизбран председателем Аграрного союза России (затем он был переименован в Агропромышленный), а с января 1995-го являлся членом ЦК КПРФ.
Все это время он продолжал заниматься своим колхозом, который должен был выживать в трудное время дикого рынка, да еще при том, что администрация вставляла палки в колеса по политическим соображениям. Победившие «демократы» требовали прекратить дотирование сельхозпроизводителей, называли аграрный сектор «черной дырой» российской экономики, пытались распустить колхозы и совхозы. Стародубцев был вынужден активно участвовать в дискуссиях, отбивая нападки на коллективный сектор.
В декабре 1995 года противникам Стародубцева удалось не пропустить его в Госдуму. Поскольку он входил в первую тройку списка Аграрной партии, ему не позволили зарегистрироваться по одномандатному округу как независимому кандидату, и он не смог от него баллотироваться. В итоге список Аграрной партии не набрал положенных пяти процентов. Правда, от округа все равно прошел не кандидат, выдвинутый администрацией, а поддержанная Стародубцевым Жанна Лозинская.
Летом 1996-го Стародубцев принял активное участие в избирательной кампании Геннадия Зюганова на пост президента России, выезжал в регионы для поддержки на выборах кандидатов от КПРФ на губернаторских выборах. Но главным в этом году была подготовка к выборам губернатора Тульской области в марте следующего года. Николаю Севрюгину, понимавшему, что его не изберут ни в коем случае, удалось оттянуть выборы на максимально длительный срок. К тому времени он уже поссорился и с администрацией в Кремле, и с большинством местной элиты. С должности его не снимали только потому, что, во-первых, он приложил все силы для того, чтобы во втором туре президентских выборов летом 1996-го в Тульской области победил Ельцин, а во-вторых, поскольку понимали, что кого ни назначь на его место — все равно победит Стародубцев.
Рассказывают, что Виктор Черномырдин, тогдашний глава правительства, звонил Стародубцеву и предлагал ему возглавить область — ход, который в следующем году был реализован в Кемеровской области, где подобным образом был назначен губернатором Аман Тулеев. Но Стародубцев отказался принимать власть из рук Кремля.
Избирательная кампания 1997 года — первые губернаторские выборы за историю Тульской области выдались жаркими. Местная элита была расколота — помимо губернатора на них пошли и мэр областного центра, и бывший председатель областной думы, и первый заместитель Севрюгина, и крупнейшие местные предприниматели, за одним из которых стоял Газпром, и он мог сорить деньгами, поражая туляков.
Для КПРФ не было вариантов, кого выдвигать, — Стародубцев, носитель легендарного имени, был безальтернативен в этом смысле. Можно сказать, что не партия его привела к власти, а он ее. Следует учесть и такой важный фактор, что его колхоз успешно работал, несмотря на все трудности, и в этом плане выгодно отличался от большинства предприятий области, дышавших на ладан.