Остальное время Стародубцев работал над проектом постановления ГКЧП о чрезвычайных мерах по спасению урожая и в выработке политических решений участия не принимал. Проектом написанного им постановления никто не воспользовался. Из Кремля Стародубцева на своей машине вывез Владимир Кашин, его старый знакомый, на тот момент секретарь ЦК компартии РСФСР по селу. Переночевав у своей сестры Лидии, он для безопасности перебрался в Подмосковье к своему знакомому, но за ним уже следили, звонки отслеживали, и 23 августа он был арестован. Торжествующий телеведущий Александр Гурнов сообщил зрителям, что еще один гэкачепист задержан и более угрозы ни для страны, «ни для сельского хозяйства не представляет».
Пребывание в Матросской Тишине оказалось для Стародубцева самым коротким из всех членов ГКЧП, менее десяти месяцев. Он вышел на свободу 5 июня 1992 года. Этому предшествовала кампания за его освобождение. Уже 25 августа 1991 года, через два дня после его ареста, его колхозники направили обращение к Борису Ельцину с просьбой об освобождении своего председателя из-под стражи. А уже 2 ноября с аналогичным призывом обратились 57 народных депутатов РСФСР. Обращения в защиту Стародубцева росли как снежный ком. В отличие от других членов ГКЧП он воспринимался общественным мнением в первую очередь как успешный хозяйственник, случайно попавший в политическую историю и заслуживающий потому снисхождения и другого обращения. К тому же в памяти были свежи воспоминания о заключении братьев Стародубцева.
На этом фоне сочувствия и желания помочь как досадные казусы выглядели поспешные августовские решения правлений Крестьянского союза СССР и Аграрного союза России об освобождении Стародубцева от председательства в них. В декабре 1991 года обе организации отменили свои решения, «реабилитировав» Стародубцева.
В тюрьму приезжали руководители и специалисты его хозяйства, так что он держал руку на пульсе всех дел в колхозе и продолжал руководить им из тюрьмы. В начале мая 1992 года Стародубцев написал обращение к генпрокурору Валентину Степанкову, в котором уведомил его, что собирается объявить голодовку в знак протеста против своего неправомерного содержания под стражей. Адвокат Стародубцева, передавший это обращение лично Степанкову, услышал от генпрокурора обещание в ближайшее время выпустить заключенного. «Демократическая» власть не хотела делать из него мученика, Стародубцев-заключенный был ей невыгоден.
Период жизни после ГКЧП у Стародубцева был самым насыщенным по сравнению с его коллегами. Если они были раздавлены случившимся и уже более не поднялись, то Василий Александрович прожил отпущенные ему двадцать лет максимально насыщенно. Он не раз говорил, что умрет в седле, что покой не для него. Так и случилось.
Когда Стародубцев приехал в родной колхоз, на следующий день после освобождения из тюрьмы, то увидел совсем другую страну. Распался СССР, начались радикальные гайдаровские «реформы». У людей была выбита почва из-под ног. Сумасшедший рост цен, инфляция, безработица стали повседневной реальностью, за которыми последовали закрытие предприятий, задержки с выплатой зарплат и пенсий. Долгожданный рынок обернулся людям самым звериным своим оскалом. После горбачевских катастрофических «реформ» последовали не менее катастрофические «реформы» Гайдара — Ельцина. Россия была обречена дважды пережить самый неудачный выбор пути.
На областном уровне Стародубцева также ожидала изменившаяся ситуация. Губернатором Тульской области стал Николай Севрюгин, такой же аграрий, как и он. В советские времена он был директором совхоза, начальником райсельхозуправления, первым секретарем сельского райкома, и как вершина карьеры — начальником областного сельхозуправления. Но в начале 1980-х, еще при Юнаке, Севрюгин был переведен на более низкую должность за хозяйственные прегрешения. Во время перестройки он стал кем-то вроде местного Ельцина — бывший партийный чиновник, обратившийся в «демократа».