В своей практике руководства идеологической работой А. А. Епишев утверждал принципы комплексного подхода к коммунистическому воспитанию советских воинов. В армии и на флоте получают широкую известность такие его работы, как «Могучее оружие партии. Некоторые вопросы партийно-политической работы в армии и на флоте» (1973 г.), «Идеологическая борьба по военным вопросам» (1974 г.), «Идеологическая работа в современных Вооруженных Силах» (1978 г.), «Идеям партии верны» (1981 г.), «Актуальные вопросы партийно-политической работы в армии и на флоте» (1984 г.). В них обобщается опыт организационно-партийной и идеологической работы в Вооруженных Силах применительно к новым условиям, с учетом происходящих в армии и на флоте изменений, возрастающей агрессивности империализма. Аргументированные суждения автора по целому ряду вопросов партийного строительства, обучения и воспитания воинов помогали командирам, политработникам, партийным и комсомольским активистам строить свою работу с личным составом на научной основе.
В 70-е годы все большую важность приобретало глубокое осмысление военными кадрами проблем войны и армии в условиях вероятного развязывания силами империализма ядерной войны. В штабах, политорганах, учреждениях, на кафедрах сталкиваются различные мнения о сущности возможной мировой войны, о содержании советской военной науки, призванной разрабатывать на прочной основе марксизма-ленинизма назревшие теоретические проблемы советского военного искусства. В Главном политическом управлении многое делалось для того, чтобы творческая дискуссия не замыкалась в рамках научных абстракций, а помогала глубоко исследовать назревшие военные теоретические проблемы. Строгую оценку получали попытки некоторых товарищей под видом связи с жизнью поставить под сомнение истинность отдельных положений марксистско-ленинского учения о войне и армии. Четкая позиция А. А. Епишева по дискуссионным вопросам способствовала творческому развитию теории.
Генерал-полковник Д. А. Волкогонов рассказывает: «В 1976 году готовилась научно-практическая конференция руководящих военных кадров, посвященная актуальным задачам развития советского военного искусства. Случилось так, что тезисы доклада, с которым на конференции предстояло выступать Министру обороны СССР Маршалу Советского Союза А. А. Гречко, поступили в ГлавПУ буквально накануне конференции. В отделах познакомились с ними и высказали ряд замечаний, направленных на уточнение некоторых формулировок, определений оценочного порядка. В тезисах, в частности, отождествлялись понятия «война» и «вооруженная борьба», нечетко анализировалось соотношение марксистско-ленинского учения о войне и армии и советской военной науки. Алексей Алексеевич сам познакомился с тезисами и согласился с высказанными в отделах замечаниями. Но ему было хорошо известно, что тезисы в таком виде уже размножены и разосланы членам коллегии Министерства обороны, а также многим другим военачальникам. Как быть? Алексей Алексеевич идет к докладчику и настоятельно просит внести в тезисы принципиальные поправки, изменения. Говорят, разговор был долгим. В конце концов А. А. Гречко согласился с мнением начальника ГлавПУ».
Принципиальная позиция характеризовала А. А. Епишева во всем, что касалось военно-исторической науки. Он принимал самое непосредственное участие в создании и становлении Института военной истории Министерства обороны СССР. Много раз встречался Алексей Алексеевич с научными работниками института, ориентируя их на комплексное исследование актуальных проблем развития армии и флота. В выступлении на партийном собрании коммунистов института в феврале 1977 г. начальник ГлавПУ подчеркивал: «Институт становится головным военно-теоретическим научно-исследовательским центром Вооруженных Сил. Неизмеримо расширяется круг его задач, фактически охватывающий основные проблемы советского военного строительства, исследование важнейших оперативно-стратегических, социально-политических и военно-исторических проблем».
К слову, уже когда А. А. Епишева не стало, в Институте военной истории проводилось совещание военных, историков, посвященное повышению качества военно-исторической работы в Советских Вооруженных Силах. Участники его обменивались мнениями о том, как повысить теоретический уровень исследований, как добиться, чтобы в военной истории полностью восторжествовали правдивость, объективность. Встал вопрос и о причинах застойных явлений, затронувших и военно-историческую науку. Генерал-лейтенант в отставке Н. Г. Павленко попытался связать эти причины с деятельностью отдельных руководителей, в том числе был назван и А. А. Епишев. Ряд присутствующих товарищей, возражая против такой трактовки вопроса, попросили выступающего привести хотя бы один-два конкретных факта в подтверждение своих слов. Как и следовало ожидать, весомых фактов товарищ Павленко не привел.