Неудачная попытка открыть дверь кальвинизму в короткое правление Христиана I
(1586–1591) прекрасно иллюстрировала историческую неизбежность не только раз сделанного конфессионального выбора, но и ориентации на имперский центр. Опираясь на поддержку части склонной к кальвинизму бюргерской элиты, Христиан попытался осуществить реформу церкви в курфюршестве и сблизиться с кальвинистами-радикалами на имперской арене. Главными советниками курфюрста в этих начинаниях стали уроженец Брауншвейга Андреас Паулль, надворный духовник Иоганн Зальмут, но роль первой скрипки играл занявший в 1589 г. пост канцлера купеческий сын Николай Крелль. Стараниями Крелля удалось наладить диалог с пфальцскими кальвинистами, прежде всего с пфальцграфом Иоганном Казимиром: речь шла о создании широкого политического альянса протестантских сил. В самой Саксонии реформированию в кальвинистском духе подверглись столичные университеты, княжеские школы, консистории и надворный суд. В 1590–1591 гг. была даже подготовлена к новому изданию лютерова Библия, прокомментированная в части разделов с реформатской точки зрения придворными богословами. Однако нововведения вызвали резкое противодействие со стороны княжеской семьи, лютеранского дворянства и подавляющего большинства горожан. Сословно-княжеский компромисс оказался под угрозой распада. Впрочем, скорая смерть самого курфюрста, последовавшая в сентябре 1591 г., повлекла быстрое крушение реформ и реставрацию лютеранской ортодоксии. Крелль был арестован и после десятилетнего заключения обезглавлен (1601). В регентство вдовы Христиана Софии Бранденбургской (1591–1601), а затем в правление сыновей — Христиана I (1601–1611) и Иоганна Георга I (1611–1656) — прежний курс на тесное сотрудничество с католическим престолом был восстановлен, быть может, даже с приливом свежих сил.Положение также осложнялось династическим расколом 1485 г., когда возникли Эрнестинская и Альбертинская ветви Дома, конкуренция между которыми гасила энергию внешней экспансии. Эрнестины
, берущие свое начало от курфюрста Эрнста (1464–1486), владели до 1547 г. курфюршеской шапкой и имели наследственные земли преимущественно на западе в Тюрингии, Альбертины — потомки Альбрехта Мужественного (1464–1500) имели опорой Майссенскую Марку с центром в Дрездене, т. е. восточный анклав родовых владений. Катастрофа 1547 г. повлекла отказ Эрнестина Иоганна Фридриха Великодушного от курфюршеских прав в пользу дрезденского родственника Морица, ставшего первым альбертинским властителем курфюршества Саксонии (1547–1553). В руках у дрезденской ветви отныне были сосредоточены помимо Марки герцогство Саксен-Виттенберг и некоторые владения в Тюрингии.Если Альбертины вплоть до 1656 г. следовали праву первородства, введенному еще Георгом Бородатым (1500–1539), то Эрнестины практиковали наследственные разделы, что привело к скорому распаду их тюрингинского массива. Сыновья скончавшегося в 1554 г. Иоганна Фридриха Великодушного — Иоганн Фридрих Средний и Иоганн Вильгельм, правда, не всегда последовательно, стремились в целом к пересмотру итогов 1547 г. в конфликте с альбертинскими курфюрстами. Иоганн Фридрих сделался одним из главных союзников в мятежном движении франконского рыцаря Вильгельма фон Грумбаха, за что поплатился имперской опалой в 1567 г. и передачей наследства младшему брату. В свою очередь, Иоганн Вильгельм Веймарский, избегая прямого конфликта с Дрезденом, поощрял лютеранскую ортодоксию в своем Йенском университете в пику виттенбергскому «филиппизму» и пытался играть роль главного защитника «неизменной Аугсбургской конфессии». В 1572 г. в результате семейного раздела единый блок эрнестинских владений распался и возникло три родственных герцогства: Саксен-Веймар, Саксен-Кобург
и Саксен-Эйзенах. Лишь с переходом герцогских регалий в Веймаре к Фридриху Вильгельму I (1573–1602), бывшему до 1586 г. под курфюршеской опекой, наметилась стабилизация отношений Эрнестинов с Дрезденом. Острые грани сглаживались регентством Фридриха Вильгельма в курфюршестве (1591–1601) вследствие малолетства детей скончавшегося в 1591 г. курфюрста Христиана I. В свою очередь, Альбертины в лице курфюрстов Христиана II (1601–1611) и Иоганна Георга I (1611–1656) осуществляли опеку над наследниками скончавшегося в 1605 г. Иоганна Веймарского (1603–1605) и второго сына Фридриха Вильгельма Иоганна Филиппа. Впрочем и здесь возникали острые моменты, главным из которых стал т. н. спор за «альтенбургское наследство» (1611–1613), по итогам которого Дрезден сумел добиться испомещения в Альтенбурге, оспаривавшемся веймарской родней, Иоганна Филиппа, бывшего потом в тесном союзе с саксонским курфюрстом. Владетельный ландшафт Эрнестинов все более мельчал, вытесняя наследников Иоганна Фридриха Великодушного из рядов наиболее могущественных имперских княжеских династов и вместе с тем дробя некогда единый массив родовых земель.