В отличие и в противовес Веттинам, нашедшим границы своего территориального могущества, стали крепнуть к концу XVI в. позиции Гогенцоллернов
. Династический раздел в конце XV в. сделал возможным становление трех ветвей этого Дома: старшей бранденбургской, средней ансбах-байройт-кульмбахской (или франконской) и младшей прусской как отпочковавшейся от франконской. В годы Реформации виден очевидный конфессиональный раскол в рядах семьи: если старшая ветвь в лице курфюрста Иоахима I Нестора (1499–1535) и его младшего брата кардинала и архиепископа Майнцского и Магдебургского Альбрехта (1513–1545) еще держала сторону Старой Церкви, то прусская линия, представленная последним католическим гроссмайстером Немецкого ордена из Дома Гогенцоллернов Альбрехтом I Старым (1510–1568), уже в 1525 г. одной из первых княжеских династий в Империи приняла лютеранство. Впрочем, религиозный мезальянс в семье был преодолен с восшествием на курфюршеский престол в 1538 г. Иоахима II, усилиями которого была введена евангелическая Реформация в бранденбургских землях. После смерти этого государя Бранденбург следовал в русле классической имперской политики лютеранских князей. В деятельности Иоганна Георга Эконома (1571–1598) и его старшего сына Иоахима Фридриха (1598–1608) мы видим неизменную комбинацию верности имперскому престолу, умеренного конфессионального курса по отношению к единоверцам и реформатам и тесной династической связи с соседними евангелическими Домами, прежде всего с Веттинами. Стиль правления обоих являл типичные для конца XVI в. патриархальные черты, не обременительные для подданных и не таившие опасности резких поворотов в политике. Положение изменилось с восшествием на престол Иоганна Сигизмунда (1608–1619), тяготевшего к реформатской конфессии и придавшего новый импульс бранденбургской политике. Курфюрст завершил некоторые из начатых его предшественниками преобразования в системе административного управления и решительно поддерживал наиболее радикальные силы немецкого протестантизма, прежде всего Пфальц. Ещё в последние месяцы жизни Иоахима Фридриха, весной 1608 г., позиция бранденбургских и пфальцских депутатов блокировала работу рейхстага в Регенсбурге и в конце концов обеспечила его провал. В 1613 г. Иоганн Сигизмунд отважился ввести кальвинистское вероисповедание при собственном дворе, что вызвало кризис в отношениях с подданными, но сохранило кальвинизм в курфюршестве в качестве семейной конфессии Гогенцоллернов. Радикализм Иоганна Сигизмунда на имперской арене влек одновременно кризис в отношениях с сословиями, недовольными, особенно в лице дворянства, кальвинистскими нововведениями и финансовой политикой своего государя: причина, побудившая наследника курфюрста-конвертанта Георга Вильгельма (1619–1640) вернуться к патриархальному и консервативному стилю правления предшественников.Но не только религиозная эволюция маркировала позиции Дома. С конца XVI в. все более отчетливой становилась территориальная консолидация, развивавшаяся в унисон с расширением наследственных земель в Империи. Вслед за старой германской историографией здесь следует отметить укрепление двух полюсов династического ландшафта: восточного, в Пруссии
, и западного, рейнско-вестфальского.