Если в Баварии борьба с протестантизмом лишь временами находила отзвук на ландтаге, где большинство сословных групп поддерживало идею реставрации, то иначе складывалось положение в Австрии, где как раз большинство дворянства выступало на стороне евангелической Реформации. Для местной герцогской власти важнее было взломать единый фронт протестантской оппозиции, в первую очередь дворянства, и лишь потом перейти к физическому вытеснению протестантизма. Не рискуя прибегать к открытой конфронтации, Фердинанд и Матфей использовали весь арсенал своих правовых полномочий, прежде всего раздачу титулов и аноблирование, обусловливая их переходом в католическое вероисповедание. Дополнительный толчок был задан хаосом крестьянских восстаний 1594–1597 гг., вынуждавших протестантское рыцарство теснее блокироваться с католическими властями. В итоге был достигнут впечатляющий перелом: к началу XVII в. подавляющее большинство дворянских семейств оказалось в лоне католицизма. Только на этом решающим этапе были предприняты репрессивные меры против остатков протестантского населения в городах. В 1601–1602 гг. большинство его покинуло австрийские владения. С 1588 г. стала обязательной форма католической присяги горожан, а в 1598 г. были отменены все постановления Брукской пацификации. Евангелический приход отныне ограничивался лишь кругом нескольких дворянских фамилий.
Различия двух представленных моделей Контрреформации отнюдь не исчерпывали весь спектр нюансов, имевшийся в различных уголках Империи. Весьма разным было соотношение светской и духовной инициатив. Баварская модель, основанная на решающим влиянии светских князей, была рецептирована в ближайших землях, например в маркграфстве Баден-Баден, где изначально жесткий диктат княжеской власти выступал главным проводником рекатолизации. Этому немало способствовал фактор прямого патронажа Виттельсбахов: будущий маркграф Филипп I Баден-Баденский был племянником Альбрехта V и воспитывался при мюнхенском дворе, привнеся в свои земли готовые формулы реставрации. Но в ряде случаев наблюдалась и решающая инициатива духовенства. В Тироле, по мнению Г. Р. Шмидта, мы сталкиваемся с совершенно уникальным примером, когда энергичная деятельность прелатов по осуществлению тридентских постановлений привела фактически к полной ликвидации светского патронажа.
В целом, однако, реставрация в духовных владениях, особенно тех, которые лежали на границе протестантских земель, шла сравнительно медленно и со сбоями в отличие от крупных светских территорий.