Совсем иначе рисуется Контрреформация в наследственных владениях Габсбургов. В отличие от Баварии в Австрии после Аугсбургского мира не наблюдалось ни твердости в осуществлении тридентских реформ на герцогском престоле, ни слабости в рядах протестантской оппозиции. Особенностью Австрии было довольно раннее развитие реформационного движения, так что уже с конца 20-х гг. XVI в. многочисленные лютеранские общины усеяли собой всю долину Дуная. Протестантизм нашел там поддержку в рядах дворянства и горожан, причем именно дворянство выступало главной силой преобразований. После династического раздела в Доме Габсбургов 1564 г. эрцгерцогу Карлу
(1540–1590), которому отошли т. н. Внутренняя Австрия, Штирия, Каринтия, Крайна, и императору Максимилиану II, стоявшему близко к немецкому протестантизму и сохранившему за собой Нижнюю и Верхнюю Австрию с Веной, пришлось использовать тактику компромисса с многочисленными протестантскими фракциями сословий. Герцогская власть шла на существенные уступки. В 1568 г. император разрешил дворянам-протестантам своих австрийских земель свободное отправление евангелического культа. Более того, в целях упорядочения религиозных дел по распоряжению Максимилиана в Австрию был приглашен ростокский теолог Давид Цитпреус (1531–1600), трудившийся над созданием единой для протестантских чинов Австрии формулы веры. В 1571 г. она была признана сословиями как не противоречащая Аугсбургскому исповеданию и опубликована в качестве основы для организации австрийской евангелической церкви. Тогда же Максимилиан подтвердил свободу вероисповедания актом Религиозной Ассекурации. В Штирии эрцгерцог Карл вынужден был таким же образом в 1572 г. даровать свободу вероисповедания местному дворянству, исключая, правда, города и «местечки» (Грацская Религиозная Пацификация).Уступка позволила протестантам резко расширить свое влияние, превратив ландтаг фактически в форум религиозной оппозиции. На ландтаге, состоявшемся в 1578 г
. в Бруке на Муре, Карл, уступая давлению протестантов, легализовал евангелическую конфессию в Каринтии и Крайне и, кроме того, разрешил отправление ее в городах. Это был пик успеха евангелической Реформации в наследственных землях. Положение осложнялось внешними обстоятельствами: Карл и Максимилиан нуждались в деньгах рыцарства, необходимых для войны с турками, что побуждало их идти на уступки в вопросах веры. В таких условиях контрреформационные шаги не могли инициироваться ослабленной княжеской властью, следовать «сверху». В Австрии борьба с протестантизмом организовывалась «снизу», преимущественно кипучей деятельностью Общества Иисуса и созданием новых учебных учреждений. В 1573 г. был организован иезуитский коллегиум в Граце, превращенный в 1586 г. в университет, ставший главной кузницей обновленных богословских и административных кадров. В 1587 г. последовало создание Реформационной комиссии, призванной надзирать за состоянием имущества католической церкви и одновременно разработать и организовать очищение Австрии от «ереси». В рядах комиссии работало немало представителей нового поколения борцов с протестантизмом. Однако только лишь с восшествием на престол в 1590 г. сына Карла, энергичного Фердинанда (1571–1637), ставшего позже императором, дело реставрации пошло более быстрыми темпами. Историки говорят о т. н. «второй волне Контрреформации», начавшейся при Фердинанде с середины 90-х гг. и завершившейся в 1600–1601 гг. полной победой над протестантизмом.В Нижней и Верхней Австрии ситуация также изменилась после смерти Максимилиана в 1576 г., в годы правления его сыновей Эрнста
(1576–1595) и Матфея (1595–1612). Оба князя последовательно и энергично действовали в русле осуществления тридентских преобразований. Острейшим моментом противостояния с протестантами стали события крестьянского восстания в землях «мельничной четверти» в 1594–1597 гг., нашедшие отзвук в сопредельных областях. Крестьянское и в массе своей антикатолическое движение было самым тяжелым испытанием на прочность католицизма в Австрии, но перед лицом общей опасности князь, светские чины и церковь продемонстрировали единство и непреклонность в достижении общего умиротворения. Вместе с подавлением крестьянских выступлений закатилась и звезда австрийского протестантизма.Еще одним отличием от баварской Контрреформации стала решительная позиция, занятая австрийским епископатом, ярким представителем которого стал епископ Винер-Нойштадта Мельхиор Клезль
(1553–1630).