В Баварии многое определялось изначально твердыми позициями, занятыми в вопросе осуществления тридентских реформ герцогской властью. В лице Альбрехта V
(1550–1579) явился строгий и непреклонный властитель, в первые годы своего правления симпатизировавший мягкой и средней линии «умеренного католицизма», но вскоре начавший бескомпромиссную борьбу с противниками церкви. Именно по прямой инициативе герцогской власти были осуществлены важнейшие мероприятия. В 1568 г. тридентские постановления стали обязательными к исполнению для профессоров Ингольштадского университета, в 1569 г. — для всех учителей, духовенства и служащих. Тогда же Альбрехт издал мандат о цензуре всей печатной продукции, издававшейся на территории его владений, и организовал первую крупную визитацию церковных владений и имущества после начала Реформации (1569–1570). Фактически деятельность церковных учреждений была поставлена под прямой контроль герцогской власти. Другой особенностью Баварии были изначально слабые позиции протестантов. Сельское и городское население в массе (за редкими исключениями) осталось в лоне католицизма, и больших симпатий к протестантизму здесь не наблюдалось. Реформация нашла поддержку лишь у некоторой части дворянства (графы Ортенбург), хотя и ее стремления были ограничены в основном изменениями в обрядности, а не в области догмы («движение за чашу для мирян», «Kelchbewegung», т. е. за право принимать причастие под обоими видами). В таких условиях герцогской администрации не стоило больших усилий консолидировать ландтаг в борьбе с ересью: в 1564 г. Альбрехт получил поддержку сословий и разгромил оппозиционную дворянскую фракцию. По обвинению в нарушении ленных обязательств и измене графы Ортенбург подверглись опале, а их владения заняли герцогские войска. Немногие убежденные последователи Лютера должны были оставить Баварию. Еще одной характерной чертой был большой удельный вес светских надворных учреждений, курировавших церковь. Решающим шагом в этом отношении стала организация по распоряжению герцога в 1570 г. т. н. «Церковного совета» (de facto функционировавшего с 1556 г.) — высшего коллегиального и консультативного органа при князе по церковным вопросам.Решения совета были обязательны к исполнению духовными инстанциями, включая диоцезы-сателлиты (Фрайзинг, Регенсбург, Аугсбург). Светские власти выступали в Баварии главным локомотивом католической Реформации. Напротив, епископат в баварских землях зачастую еще не был готов к активному восприятию принципов тридентских нововведений. Вялость, апатичность, граничившая с откровенным саботажем герцогских начинаний, характеризовали поведение баварского духовенства. Во многом скрытое противодействие было вызвано нежеланием следовать в фарватере интересов светской власти, боязнью епископата лишиться остатков прежней средневековой самостоятельности. Будучи верным сыном Старой Церкви, высший клир, однако, шел в хвосте контрреформационных начинаний.
Контрреформация эпохи Альбрехта V оказалась успешной: к началу правления его внука Максимилиана I (1598–1651) земли мюнхенских Виттельсбахов преобразовались в надежный плацдарм католицизма в Империи.