После Аугсбургского мира реставрация католицизма следовала с нараставшей энергией в отдельных духовных владениях. Существенным успехом контрреформы стал исход Страсбургской соборной распри
. В годы правления страсбургского епископа Иоганна фон Мандершайда, решительного католика, были предприняты первые серьезные попытки реформировать церковные структуры диоцеза, для чего в 1579 г. были приглашены иезуиты. В 1583–1584 гг. это привело к первым серьезным конфликтам с протестантами: епископ вознамерился тогда удалить из рядов соборного капитула евангелических каноников и лишить их церковных доходов. После смерти же Мандершайда в 1592 г. вспыхнула ожесточенная борьба за кафедру между протестантскими членами капитула, поддерживаемыми страсбургскими лютеранами («Академия» Якоба Штурма), и католической партией. Обе стороны не имели решительного перевеса и потому обратились к соседним княжеским Домам: католики — к Лотарингцам и Виттельсбахам, протестанты — к Гогенцоллернам. Сын герцога Лотарингского Карл, уже будучи епископом Меца, оказался самым реальным претендентом от католической партии. От протестантов главным кандидатом стал сын бранденбургского курфюрста Иоганн Георг. Но нерешительность самих евангелических сословий Империи, прежде всего Саксонии и Бранденбурга, связанных сложными династическими и территориальными интересами и, кроме того, не желавших дестабилизации положения внутри самой Империи, сыграло на руку католическому претенденту. Пользуясь выгодами создавшегося положения, император Рудольф II, укрепивший свой авторитет победами на турецком фронте, смело вмешался в страсбургский конфликт и в 1599 г. в конце концов добился торжества католического дела. Герцог Лотарингский получил предварительный ленный индульд на епископские земли и в 1599 г. был введен в епископский сан. Страсбургский диоцез превратился в больверк католицизма в Эльзасе.
Эрнст Баварский, курфюрст и архиепископ Кёльна стал верным защитником католицизма на берегах Рейна. Портрет из так называемого «семейного альбома Виттельсбахов». Вторая половина XVI в.
В Кёльне
вторично в 1582 г. усилиями Гебхарда Трухзесса фон Вальдбурга протестанты, на сей раз реформаты активнее, чем лютеране, пытались ввести Реформацию. Но и здесь императору удалось быстро и жестко остановить протестантское наступление. Архиепископ в 1582 г. отказался добровольно сложить с себя духовный сан и объявил свободу обоих вероисповеданий даже для каноников капитула. Император использовал, с одной стороны, право имперской экзекуции на поддержание духовной оговорки, с другой — мощь баварских герцогов, вмешавшихся в конфликт в защиту притязаний Эрнста, сына Альбрехта V на архиепископский трон. Эрнст был только что назначен наместником Испанских Нидерландов и опирался на прямую испанскую вооруженную помощь. В Кёльн была организована совместная испано-имперская интервенция, и Гебхард был изгнан за пределы диоцеза. Ландтаг архиепископства уже в феврале 1583 г. отказался поддерживать своего патрона.Вместе с тем особенности каждого конкретного случая до сих пор затрудняют создание итоговой картины рекатолизации. По степени употребления насильственных мер диапазон представляется весьма широким: от откровенных репрессий
в имперских городах (Гмюнд, 1579; Кёльн, 1583–1587; Роттвайль, 1593; Ахен, 1598) и светских владениях (Австрия) до сравнительно умеренных форм вытеснения протестантизма (герцогство Бавария, маркграфство Баден-Баден, епископство Аугсбург, архиепископство Майнц). С другой стороны, имелись свои отличия в моделях Контрреформации в духовных и светских владениях ввиду специфики организации институтов власти, а также в динамике преобразований. Например, реставрация и укрепление католицизма в землях мюнхенских Виттельсбахов и Габсбургов существенно отличались между собой, равно как и борьба с протестантизмом в кёльнских и зальцбургских архиепископствах.При всем том судьбоносное значение для будущего католической церкви имел исход борьбы в крупнейших светских владениях. После Аугсбургского мира здесь многое, если не все, зависело от конфессиональной ориентации самих правящих династий
. Классическими моделями Контрреформации в светских княжествах стали Бавария и Австрия.