Сохранение единства Германии и нации и предотвращение попыток утверждения суверенитета земель были целью Эберта с момента создания Веймарской конституции и оставались таковой в течение всего периода его правления. Для достижения этой цели он готов был использовать любые допускавшиеся рамками конституции средства. Он много ездил по стране, пытаясь укрепить республиканское самосознание граждан и устранить потенциальные конфликты между государством и землями.
Но силы реакции становились все активнее. К правому террору присоединились мятежи левых в Руре, Баварии, Гамбурге. Путчи и террор стали почти обыденными явлениями в Германии. 24 октября 1922 г. рейхстаг продлил полномочия президента
Эберта еще на три года. В условиях нестабильной политической ситуации парламент отказался от предусмотренных конституцией всенародных выборов президента.
И все же Эберт сохранил единство страны и не дал Германии рухнуть в пучину анархии и террора. Он сумел вместе с Густавом Штреземаном положить конец разрушающему экономическую жизнь страны пассивному сопротивлению оккупации Францией Рура. Наконец, он добился окончательной стабилизации валюты в конце 1923 г. и начавшейся затем медленной стабилизации республики.
Постепенно в стране начался экономический и политический подъем, подкрепленный новым внешнеполитическим курсом Штреземана. Но с конца 1923 г. Эберт все больше оказывался в политической изоляции. Продление срока его полномочий в октябре 1922 г., казалось, подтверждало политический вес Эберта, но на самом деле президент все больше становился формальным главой государства. За свою борьбу за сохранение республики в 1923 г. Эберт заплатил снижением своего политического влияния в империи и в собственной партии. СДПГ под различными предлогами отказывалась взять на себя правительственную ответственность. Эберту не оставалось ничего иного, как создавать коалиции буржуазных партий.
Личному авторитету Эберта в его собственной партии и в широких кругах рабочих это нанесло значительный ущерб. Рабочий класс потерял многие завоевания революции, а политическая позиция СДПГ ослабела. Социал-демократы были разочарованы тем, что Эберт, заявивший в инаугурационной речи об исполнении своей должности вне каких-либо партий, но являвшийся «сыном рабочего сословия», не оправдал их надежд, которые они связывали с новым государством. Усилилась критика его курса на социал-демократических съездах. При этом не принималось во внимание, что Эберт, если он желал действительно быть президентом всего народа, а не представителем одной партии, неизбежно должен был прикрывать своим именем многое из того, чему он как социал-демократ противился.
Начиная с основания республики и до образования первого чисто буржуазного правительства в 1920 г., Эберт обладал большим влиянием на правительственные решения, но с течением времени это влияние постепенно снижалось. Создание и сохранение коалиций, основанных на широкой парламентской основе, всегда было целью Эберта. С его точки зрения, участие СДПГ в правительстве было необходимо для стабильности республики, только так можно было гарантировать представительство социальных и экономических интересов рабочего класса. Но если СДПГ отказывалась от участия в правительстве, то он был вынужден работать с представителями буржуазных партий. Так начался путь превращения Веймарского государства в исключительно буржуазную республику. Эберт и далее оставался президентом, который исполнял свои конституционные обязанности и назначал кабинеты, но теперь он нес ответственность уже за решения чисто буржуазных кабинетов. Его стремление к надпартийности, привлечению максимального количества политических сил приводило к тому, что он все чаще поддерживал решения кабинетов, боясь спровоцировать правительственный кризис. Даже в таких направлениях, как военная политика и международные отношения, которым Эберт уделял особое внимание, он не представлял собой, как было задумано создателями конституции, противовеса правительству, а стал, скорее, частью исполнительной власти. По его мнению, силовая позиция президента, закрепленная в конституции, должна была стать не инструментом установления президентской системы, а гарантом парламентской системы.
Во время своего президентства Эберт постоянно подвергался нападкам и оскорблениям со стороны правых сил. Против него в прессе было выдвинуто даже обвинение в государственной измене за то, что в январе 1918 г. он выступил посредником между правительством и бастующими рабочими берлинских военных заводов. Хотя в декабре 1924 г. редактор газеты, опубликовавшей этот материал, Ротхардт был осужден за клевету, в глазах реакционеров это не смыло с Эберта клеймо изменника. Он глубоко страдал от клеветнических оскорблений и от своей растущей изоляции в народе, которому хотел служить. Эти обстоятельства, повлиявшие на его душевное состояние, могли способствовать его кончине. Он умер 28 февраля 1925 г. после неудачной операции аппендицита, запущенного из-за судебного процесса.